世界のカードゲーム人口は数億人を超え、人々の生活の一部として当たり前のようになっていた。
『カードファイト!! ヴァンガード』
世界で最も注目を集めているこのカードゲームを通じて、二人のカードファイター「先導アイチ」と「櫂トシキ」は、世界を救う先導者となった。

それから数年後ー。

幼い頃に両親を亡くし、自身の力のみで生きていこうとする主人公「新導クロノ」
フェンシングの英才教育を受けて育った、クラスの人気者の爽やかイケメン「騎場シオン」
容姿端麗・成績優秀な江戸っ子女子「安城トコハ」
３人の主人公を中心に、新たな物語が動き出す。

誰も見たことのない新クラン「ギアクロニクル」
この幻のデッキをクロノが手にしたことから、それまで交わることのなかった３人の運命が絡み出す！

ありえた未来、ありえた自分を意味する「ジェネレーション」
彼ら３人の未来を待ち受けるものは果たして・・・！？