明神リューズとディペンドカードに関する情報を得るため、ユナサン前支部長、神崎ユウイチロウを訪ねることを決意したクロノとタイヨウ。分け入った山奥で二人は、巨大な石像を一心不乱に彫る神崎の姿を発見する。

ユナイテッドサンクチュアリ支部に、「カンパニー」のメンバーである守山ヒロキが現れる。支部長のレンやテツが不在の中、タイヨウが代表としてヒロキにファイトを挑む。

リューズのラボへ突入してから数日後。ラボで目の当たりにした衝撃の光景の余韻を引きずるクロノは、桜並木の下で、ギアクロニクルのデッキを持った謎めいた少年と出会う。

プランＧにより、明神リューズの本拠地を突き止めたクロノたち。伊吹率いる仲間たちと共に突入するも、「カンパニー」と名乗る集団が現れ、その行く手を阻む！

師であるカムイを超えるため、限界以上の力でぶつかっていくクロノと、そんなクロノの熱い想いを真正面から受け止めるカムイ。両者が全てを出し切りぶつかり合ったその時、ギアースクライシスが発動する！

アルティメットステージ最終戦。クロノの前に超えるべき試練の壁となって立ちはだかったのは、クロノをヴァンガードへと導いた先導者であるカムイだった！

アルティメットステージ二回戦。シオンを迎え撃つ櫂のかげろうデッキ！シオンは試練の日々の中で培った全てをこめて、櫂のオーバーロードに挑む！

ついに始まったアルティメットステージ。トライスリーの相手は、伝説のチームＱ４だった！一回戦、ミサキの完全記憶能力を生かしたファイトに対抗するトコハの意外な切り札とは…？

３か月にわたるジェネレーションクエストも遂にクライマックスを迎え、残るはアルティメットステージのみ。一大決戦の舞台を間近に控えたトライスリーの３人は、息抜きを兼ねて出かけた魚釣りで、それぞれの胸の内を語り合う。

トライスリーのGクエストもいよいよ最後の地、ダークゾーン支部！参加者の中にはラミーラビリンスの姿も。最年少支部長江西サトルによるクエストの内容は、「トライスリーを倒せ」！！参加者全員がトライスリーに襲い掛かる！