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フリードたちの仇を取るため、スプリガン12のワールに挑むラクサスだったが、得意とする雷属性の魔法が効かないばかりか、体を蝕む魔障粒子汚染が限界を超えて動けなくなってしまった。一方、ディマリアと対峙するウェンディ、シェリア、シャルルの三人も、絶対不可侵の力を前にその命を奪われそうになっていた。ハルジオン港の奪還は失敗に終わってしまうのか！？

東の脅威へと向かったイシュガルの四天王は、ゴッドセレナひとりによって窮地に追い込まれていた。しかし終局に近づく中で、闘いは思わぬ方向へと一変してしまう。同じ頃、妖精の尻尾（フェアリーテイル）の援軍部隊は、連戦の疲労や傷跡が癒えないまま、各地へとそれぞれの歩みを進めていた。彼らが向かう先に待ち受けているものとは……。

フィオーレの各地で激闘が続く中、マグノリアの「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」ギルド内でも事件が起こっていた。ひとまずの危機が去り、ルーシィは自身の母・レイラの情報を聞き出そうと、ブランディッシュの声に耳を傾ける。しかしそれもつかの間、憎しみと怒りに染まった手が、ルーシィへと迫るのだった！

イグニールから託された執念の炎を右手にまとわせて黒魔導士ゼレフと対峙するナツ。そんな中、死を予感したゼレフが口にしたのは、ナツも知らない彼の出生の秘密･･･。衝撃の事実を突きつけられてなお、ナツはトドメの一撃を振りかぶる。それは家族を守るためか、それとも自身の体に刻み込まれた使命によるものなのか……。

妖精の尻尾（フェアリーテイル）はアルバレス帝国の第一陣をしのいだ！　四方を囲まれている危機的状況は変わらないが、故郷を守るために立ち上がったフィオーレ中の魔導士ギルドが一緒に戦ってくれることになり、メイビスは次の戦いに向けて作戦を打ち出していく。そんな中、ナツはハッピーと共に西の空を駆けていくのだった！

エルザとビスカが強敵を撃破した。しかし、その喜びもつかの間、街の中は新たなトゥエルブ・審判者ワールの脅威にさらされる。応戦するグレイたちを退けてワールが向かうのはカルディア大聖堂。そこにはマグノリアの街全体を魔障壁で守っているフリードがいた。術式が解かれれば西の空の大艦隊から集中砲火を受けることになるが……！？

アルバレス帝国の大軍に四方を囲まれ、さらにマグノリアの街に12（トゥエルブ）の侵入を許してしまった妖精の尻尾（フェアリーテイル）。審判者ワールの兵隊が街を蹂躙する中、ルーシィの前に現れたブランディッシュは彼女との因縁をほのめかす。同じ頃、西の空ではアジィールを相手にエルザがピンチに陥っていた･･･。

ギルドの存亡をかけた、かつてなき強大な敵との戦いを控え、それぞれの一夜を過ごす妖精の尻尾（フェアリーテイル）の仲間たち。そんな彼らをあざ笑うかのように、アルバレス帝国軍が急襲を仕掛けてきた！　突然の攻撃に浮足立つマグノリアの街。先手をとられたフェアリーテイルは、このピンチを乗り切ることができるのか？

約100年前にメイビスとゼレフが起こした「奇跡」は、やがて秘匿されるべき強大な魔法「妖精の心臓」（フェアリーハート）へと進化する。過去の自身の罪により、今後ギルドを戦いに巻き込んでしまうと悔いるメイビスだったが、仲間たちは彼女を温かく包み込む。しかし同じ頃、西の大陸・アルバレス帝国では、イシュガル侵攻に向けて準備が着々と整いつつあった。

最終戦争（ラグナロク）開戦を前に、メイビスが妖精の尻尾（フェアリーテイル）の面々に語るのは、これまでギルドの最高機密として扱われていた、ルーメンイストワールに係ること。それは今から100年以上も昔、ある呪われた少年と少女の出会いから始まる「一なる魔法」の物語であり、ギルド創設の裏側で起こった、悲しき運命の物語でもあった。