ミアレシティに戻ってきたサトシたちは、街中でシトロン・ユリーカの父・リモーネに会う。そこでサトシは、シトロンが実はミアレジムのジムリーダーであることを知るのだが、同時に自分の発明したシトロイドによってジムを乗っ取られてしまったことも知る。シトロイドからジムを取り戻すべく、サトシ・シトロンたちはミアレジムへ潜入し、シトロイドとのポケモンバトルに挑む。

とある町に立ち寄ったサトシたち。ガイドブックを手にしたセレナは、この近辺にカリスマトリマーがいることを知り、絶対に会いたいと意気込んでいた。そこでカリスマトリマーの弟子・ジェシカと出会い、トリミアンが自分の人間性を認めないとトリミングをさせてくれないのだと、悩みを打ち明ける。
そんな中、そこへもう一人のカリスマ(？)トリマー・ムッサリーが現れて、フォッコをトリミングしてくれるという。早速預けてみたものの、実はムッサリーたちの正体は・・・！？

カロス地方ではおなじみのスポーツ「サイホーンレース」の会場であるスミル村の近くまでやってきたサトシ達は、ジュンサーから飛び入り参加ができる日であることを知らされ、サトシもレース参加を決意する。
セレナは、母がサイホーンレーサーであることから、サトシのコーチ役に。
乗り方を覚えたサトシはいよいよレースに臨むが、途中のコースで罠を仕掛けていたロケット団によって、レースがめちゃくちゃになってしまう。

ビオラとのジム戦に敗れたサトシはリベンジをすべく、パンジーの協力も得て対ビオラ対策の特訓を行う。そして再度ジム戦へ挑戦。一度苦戦を強いられたビビヨンに対し、サトシ・ピカチュウがとった作戦とは・・・？

サトシたちはハクダンシティにやってきた。早速ジム戦をとハクダンジムに向かうと、そこには以前一緒に旅をしたエリキテルとポケモンルポライター・パンジーがいた。パンジーはハクダンジムのジムリーダー・ビオラの姉だったのだ。そしていよいよサトシはジム戦に挑むが、ビオラのポケモン達の前に苦戦を強いられてしまう。

サトシたちは旅の途中、ポケモンたちにポケモンフーズを食べさせていた。すると、この間出会ったデデンネに食べられてしまう。そんなデデンネをゲットしようと追い掛けるのだが・・・。

ポケモンセンターでカロスリーグ挑戦の登録を行ったサトシは、最初のジムを目指して出発。その道中、デデンネというポケモンと出会う。どうやら実を欲しがっていたようで、その実をデデンネに差し出した瞬間、ヤヤコマというポケモンに奪われてしまう。

サトシたちはプラターヌ研究所に向かう。研究所にたどり着き、プラターヌ博士の話を聞いていると、その情報を盗み聞きしていたロケット団が研究所に乗り込み、研究所のガブリアスを奪うべく首にリングを取り付けると、理性を失ったガブリアスは暴走をしてしまう。

ポケモンマスターを目指すサトシと相棒ピカチュウは、カロス地方にやってきた。パンジーの妹がジムリーダーをやっているジムに行きたいと早速お願いをするのだが、あいにく留守とのこと。
そこでサトシがとった行動とは・・・？