第2話「潜入!エリア99」
2003年4月13日放送
クリスの家でテレビをみていたソニックは、仲間のクリームとチャオが軍の研究所につかまっていることを知る。クリスは、科学者の祖父・チャックにそうだんすることに。チャックは、知り合いの軍関係者にれんらくをとり、クリームたちのいる研究所の場所をつきとめる。
 軍の研究施設「エリア99」では、クリームとチーズを科学的にしらべようとしていた。チャックとクリスにエリア99へつれてきてもらったソニックは、中へしのびこむが…。