転校生・御伽龍児が現れ、城之内や遊戯に対して挑発的な態度をとる。新しいパッケージを開けてのデュエルで、御伽が城之内を倒し城之内は犬扱いされる。怒る遊戯に御伽が挑みかかる。「次はお前だ！」

モクバが海馬と出会う。遊戯たちに合流し、最終ボスを倒す。ゲームに介入しようとしたビッグ５をバーチャル世界の中に閉じ込めてしまう。

モクバと遊戯、城之内の３人に、孔雀舞がパーティに加わった。捕らえられた海馬の情報を求めて旅を続ける一行。生け贄と間違われてモクバが魔物にさらわれる。

海馬瀬人は会社に戻り、ビッグ5と対決。彼らが作ったアドベンチャーゲームを評価するため、バーチャル世界に入った海馬は罠に捕らえられてしまう。モクバは遊戯たちに助けを求める。

少女・レベッカは双六の友人の孫娘だった。ブルーアイズを奪われたと信じ込んでいたのだ。遊戯はレベッカに勝ちを譲る。そこに彼女の祖父が現れ、誤解を解く。新たな友情に結ばれる遊戯とレベッカ。

王国から帰還した遊戯たちは、魂を取り戻した双六を囲んで喜ぶ。そこに少女が現れ、「ブルーアイズを返せ」と双六に迫る。双六のかわりにデュエルを受ける遊戯。

ペガサスを探す遊戯たち。しかし､闇の獏良がペガサスの千年眼を先に奪い取ってしまった。ペガサスの日記を見つけて、一行は秘密を知る。遊戯は闇の力により謎の男シャーディーと邂逅する。

杏子たちの願いが遊戯に届き、ペガサスのマインドスキャンを封じることができた。遊戯はマジシャン･オブ･ブラックカオスを召喚、ペガサスを打ち倒す。ショックのペガサスは消えてしまった。

本田は獏良の力の源・千年リングを棄て、モクバの救出にも成功。しかし、闇の魔力の前に表遊戯が力尽き倒れてしまった。絶体絶命の遊戯。杏子たちは闇の中の遊戯を必死で応援する。

ペガサスの攻撃がはずれた！マインドスキャンの効果を消すために、ふたりの遊戯がマインドシャッフルをしていたのだ！トゥーンワールドを粉砕されたペガサスは、闇のゲームへと遊戯を引きずり込む。