ミレニアムアイの力によって戦略を見透かされている遊戯にはなすすべがない。ペガサスのトゥーンワールドの前に戦意を喪失する。一方、本田は獏良がみせる闇の力に驚愕する。

双六の魂を取り戻すため、海馬とモクバを救うため、そして城之内の妹の手術代のため、遂に遊戯とペガサスのデュエル開始。本田と獏良は海馬兄弟を救い出すため城に潜入する。

遊戯からもらった「時の魔術師」によって、城之内は勝利を確信する。が、タイムマジックには城之内が知らない効果が秘められていた。正々堂々と闘ったふたりは友情を再確認する。

デュエリストとしての意地とプライドをかけて、城之内は遊戯に挑戦する。互いのカード、戦術を知るふたりによる熱い攻防。ふたりの脳裏を様々な思い出がよぎる。

機械デッキのパワフルな攻撃に防戦一方の城之内。キースの戦法を真似ることで活路を見出す。レッドアイズをメタル化し、タイムマシンにより時を超えて召喚し、キースを粉砕する。

城之内は、決勝トーナメントに出場するためのカード「王の右手の栄光」をキースに盗まれていた。それと気づかず、カードを探すが見つからない。城之内の前に舞が現れ、カードを渡す。

ハーピィズとハーピィズペット竜によって追いつめられてしまった遊戯。もう後が無い状況で、カオスの儀式を引きあて、カオス・ソルジャーを召喚する。

遊戯と孔雀舞のデュエル開始。しかし、眼前のペガサスが気になりデュエルに集中できない遊戯を舞が一喝。銀幕の鏡壁、誘惑のシャドウを繰り出す舞の攻撃で、遊戯は絶体絶命の危機に陥る。

決戦前夜、遊戯は祖父双六と海馬兄弟のため打倒ペガサスを心に誓う。本田たちは、ペガサスの秘密を探るため城の中を探索。眠り込んだ城之内は、決勝に参加するためのカードをキースに盗まれてしまう。

ペガサスの｢トゥーンワールド｣になすすべが無い海馬。死闘の末、力尽き、魂の牢獄に封印されてしまう。遊戯は打倒ペガサスを誓う。