邪悪な意思に支配され、もう一つの人格に代わった「闇のマリク」対「闇の獏良」の「闇のデュエル」が始まろうとしていた。それは失われたライフポイントの分だけ、闇が体の一部を消していくゲームだった！

イシズとのデュエルを制した海馬は、「ラーの翼羽竜」に書かれた古代エジプトの文字、ヒエラティック・テキストを自分が理解できることを知る。それは古代エジプトでも特別な地位にいたものしか解読できなかった文字だった！一方、遊戯と城之内たちはデュエルで倒れた舞を見舞いに行く。そこへ現れたイシズは、古代エジプトの時代から墓守り一族として生きてきたイシュタール家の惨劇を語り出すのだった…。

バトルシティ決勝トーナメント第４戦、海馬瀬人とイシズのデュエルは続く。イシズのカードは海馬の攻撃によってことごとく墓地（セメタリー）に捨てられ、イシズの形勢は完全に不利に見えた。しかしイシズは全く慌てる様子がない。そして海馬がイシズのデッキを完全に破壊したかに見えたその時、イシズはトラップカード「現世と冥界の逆転」を発動、反撃に出る！

バトルシティ決勝トーナメント第４戦は、海馬瀬人と、これまで姿を現さなかった８人目のデュエリストが対戦。そして海馬の前に現れたのはマリクの姉・イシズだった。イシズはレアカードハンター集団・グールズ壊滅のため、自らの持つ幻のレアカード「オベリスクの巨兵神」を大会前に海馬へ預けていた。そしてこの大会は、グールズをおびき寄せるために２人が共謀して開催したものだったのだ。

バトルシティ決勝トーナメント第３戦。孔雀舞はマリクから奪った神のカード「ラーの翼神竜」を召還するが、カードの力を操るための古代神官文字（ヒエラティック・テキスト）を解読することができず、なすすべがない。一方、余裕のマリクは「闇へのいけにえの儀式」始めると宣言し、舞の解読できなかった呪文を唱えて「ラーの翼神竜」を起動。その攻撃によって舞を焼き殺そうとする。

バトルシティ決勝トーナメント３回戦、孔雀舞の記憶から仲間の記憶が失われていく「闇のゲーム」でマリクとの闘いが続く。舞が最も恐れる「孤独」の世界へ追い込まれていく中、遊戯は舞を救おうと千年パズルの力を使って舞の意識の中に入っていく。そして、この孤独が舞の心にある恐怖感から生まれる幻想であり、精神力でそれを乗り越えるよう励ますのだった…。

決勝トーナメント第３戦、マリクの中に潜んでいた残虐な人格と孔雀舞が戦う。遊戯や城之内らは舞を応援しようとするが、意地を張る舞は本心とは裏腹に応援を断ってしまう。するとマリクは、舞が本当は最も恐れている「孤独」をかけた闇のゲームに舞を引きずり込む。

城之内とマリクに扮するリシドの戦いは続く。マリクに命じられ、リシドは聖獣セルケトとライフポイント半分を生け贄に、「ラーの翼神竜」を召還。しかし、リシドの「ラーの翼神竜」はコピーカードだった。このためリシドと城之内は神の怒りの雷に打たれ倒れる。先に立ち上がって勝利したのは城之内だった。そのとき、マリクのなかのもうひとつの人格が目覚める。

一度はリシドを追い詰めた城之内だったが、リシドが召還したモンスター「聖獣セルケト」に自分のモンスターを食べられてしまい、なすすべがない。デュエルが進むにつれセルケトはさらに城之内のモンスターを喰らって攻撃力を吸収、強力になっていく。城之内は負けを覚悟しながらも、ライフがゼロになるまで諦めずに闘うことを宣言。そしてリシドの正々堂々とした闘いぶりから、リシドがマリクでないことを直感する。

城之内とマリクに扮するリシドの戦いは続く。リシドのデッキにはトラップモンスター「アポピスの化身」が隠されていた。城之内は「スケープゴート」を伏せカードにして攻撃を受けきろうとするが、逆にリシドのカウンター攻撃にあい、ライフポイントがわずか２００ポイントになってしまう。弱気になった城之内は、降参寸前にまで追い込まれるが、舞と静香に励まされ、再び戦う勇気を取り戻し…。