AD　2031年―。　繁栄を続ける人類の前に、「ハーディアン」と呼ばれる未知の変異生物が確認された。
それから20年。その存在に気付いた者達により結成された国際防衛組織“N.I.D.F.“（Neo International Defence Force）は、燻 京香総司令を中心に、戦闘機ヴァイパーの開発をはじめ、人類の英知を結集させた数々の兵器を拡充し、来るべき“その時”に備えていた･･･。　パイロット候補の哀羽シュウ達は、日々その目撃数が増す「ハーディアン」の調査、そしてその出現に何らかの関係を持つと言う遺物「死者の書」の調査を進めていた。
そして、ついに“その時”が人類に訪れる･･･！！！

突如、世界中でハーディアンの総攻撃を受けた人類。世界各地で想像を絶する激戦が繰り広げられていた。その激しい戦闘の最中、由乃は自分を救うために傷付いた哀羽シュウに、調査のために所持していた伝承の遺物「死者の書」の力を与える。人智を超えた強大な力に、その身をよじる哀羽シュウ！一命を取り留めた哀羽シュウと由乃に、七生、そして亜久里たちが合流する。そして最後に現れたのは、哀羽シュウに銃口を向けるリーダーの狼騎だった…。
一方、由乃の行動を知ったN.I.D.F.の燻総司令は、人類に残された更なる手段を模索し始める…。

由乃に与えられた「死者の書」の力に翻弄される哀羽シュウ。その力はハーディアンの攻撃を退け、シュウ達を生き延びさせることが出来た…。しかし、力により“伝承者”と化したシュウの姿に、狼騎たちは恐怖する…！
　その頃、ハーディアンの攻撃により分断された人類は、各地に点在する生存部隊よりの情報から敵群の中枢部を確認し、抗戦の準備を整え始める。翌朝に迫った一斉攻撃を前に、N.I.D.F.も残存戦力となるコクピットアーマーを中心に、準備を進める。未だ、自分が手にした力に戸惑うシュウに、七生の言葉が突き刺さる！

あるとき突然ハーディアンという未知の変異生物の襲撃を受け、壊滅的な打撃を負う人類。
「死者の書」の力により蘇えった哀羽シュウ、瓦礫に埋まる恋人・由乃…。
N.I.D.F.総司令・京香の真の目的とは何か？メンバーの、そして人類の運命は？
世界崩壊のシナリオがここに集大成を迎える。

人類とハーディアンとの総力戦から半年が過ぎた…。激しく荒廃した世界の中で、生き残った人類は生存の道を探っていた…。そんな中、N.I.D.F.の仲間達とはぐれたシュウは、砂漠の町“ルクソール”でハーディアンに襲われる２人の少女・乃亜とイエラと出会う。シュウがN.I.D.F.の生き残りと聞き、驚く２人。だが、シュウの“伝承者”としての姿に驚きを隠せない…。甲虫型のハーディアンに追われた３人は、砂漠の下に伸びる地下遺跡へと逃げ込む。その迷宮の中で、シュウは新たな力と出会う！

　シュウは、ルクソールで出会った少女・乃亜が、恋人の由乃の妹であることを知る。そして戦いの中で、散っていった姉を悲しみ嘆く乃亜。そしてその裏に隠れされた「死者の書」を巡るかつての仲間の陰謀に、シュウの怒りは激しさを増していく。
　その頃、わずかに生き残った人々が集う乃亜の住む村は、日々続くハーディアンの執拗な攻撃に、新たな生存者達を求めての移動か、徹底抗戦を行うべきか、村民を二分しての決断に迫られていた…。そして村民に、イエラがシュウの力を信じて、ある提案をする…！

村を離れたシュウは、乃亜、そしてイエラと共に戦いの旅を続けていた。出会う人々は、その人智を超えた力を振りかざすシュウの姿を恐れた。そしてその力は、不思議な少女をシュウに見せるが、その姿が見えない乃亜達には奇異な目で見られてしまう。そんな状況にシュウは、人間と“伝承者”との狭間の存在を悩み始めていた…。そんなある日、シュウはハーディアンから助けた男より、自分と同じN.I.D.F.を着た人物がいたとの話を聞き、海辺の町サルファハーンへと向かう…。

サルファハーンで、亜久里との悲しい再会と別れをしたシュウ。かつてのN.I.D.F.の仲間との出会いは、シュウにN.I.D.F.配属当時の仲間達、そして恋人・由乃との思い出をフラッシュバックさせていた…。
その頃、ハーディアンからの目を逃れるようにN.I.D.F.の潜水艦に、京香と真崎、そして玲が潜んでいた。シュウと亜久里の再会を知り得ていた京香は、“死者の書”がもたらす新たな“転生者”の出現を、真崎に伝える…。

数少ない生存者が、レジスタンスとして立てこもる要塞。そこは今夜も、ハーディアン達の攻撃を受けていた。冥蟲ベルゼブの群が迫ったその時、人々が「ネクロダイバー」の名を呼ぶと、1人の男がその手に大きな鉤爪を振り下ろした！それは、“伝承者”の力を受け継いだ者の容姿をした、狼騎であった。
一方、ハーディアンに襲われる夫婦を助けたシュウは妻を救われた夫より、自分と同じようにあちこちでハーディアンと戦う別の“救世主”と勘違いされて驚く。しもべのヴァルダは「伝承者は一人…」と、その存在を否定するが…。

廃墟の町でシュウ達は、傷だらけの少年・カズキと出会う。N.I.D.F.の制服を見て反応するカズキを見て、シュウは更なるメンバーの生存に期待する。そんなシュウ達に、新たなハーディアンが襲い掛かる・・・！
自ら先導したハーディアンとの先の戦いで、大事な仲間達を失ってしまった狼騎は、自らの愚かさと、その体に取り込まれたハーディアンの本能に恐れおののく。そんな狼騎に、玲は“本物の伝承者”であるシュウを倒すよう、囁くのであった。

ハーディアンとの戦いを潜り抜けてきたシュウ達は、自分と同じように化け物を倒す力を持つ“ガルナザル”という人物を探して、ハーディアンが巣食うという山を越える旅路を進めていた。
その頃、シュウの仲間であった冬音は、雪原の中を彷徨ううちに行き倒れ、親切な人々に介抱されていた。暫くして、意識を取り戻した冬音が見たのは、介抱された人々の変わり果てた姿。混乱する冬音は、一人取り残された少女を連れてその場を逃げ出す。
冬音はその少女・まゆらに“鈴音（りんね）”という死んだ自分の妹の名前を与えるのであった・・・。

ガルナザルを探して、ついに目的の町にたどり着いたシュウ達。その荒れ果てた町で、ハーディアンに対抗して戦っていたガルナザルと出会ったシュウは、彼の目的がこの地方に異常気象を引き起こしているハーディアンを倒す事にあると知る。
ガルナザルに興味を抱いたシュウは、共に戦いたいと申し出る。暫しの休息を迎えたシュウ達は、町の中で冬音とはぐれていた少女・鈴音と出会い、ハーディアンとの戦いのため、彼女を連れてガルナザルの戦艦・サラディン号へと乗り込む！

新たな街にたどり着いたシュウ達。その街は被害が少ないのに、なぜか住人はその街を捨てて逃げ出す準備を進めていた。シュウ達は、そこでハーディアンによる人間狩りが行われている事を知る。イエラは被害を食い止めるため、ハーディアンの巣への攻撃を提案するが、シュウは３人のしもべたちが探り当てた燻京香の居場所へ向かおうとする。意見が対立したシュウは、イエラ、乃亜と別れて行動をとる。やむなくシュウとは別行動を取った乃亜達が向かう先には、恐るべきハーディアンの影が･･･！