修学旅行から家に帰りほっとするボルト。ところがヒマワリの様子がおかしい。実はヒマワリはおみやげを楽しみにしていたのだが、ボルトはその約束をすっかり忘れていた。
平和と共に近代化が進んだ木ノ葉隠れの里。忍の里とはいえ一般の人が増え、忍の生き方も変わりつつあるそんな時代。
里のリーダー、七代目火影・うずまきナルトの息子であるボルトは、忍者を育てる学校に入学する。周りの生徒達はボルトの事を“火影の息子”として見るのだが、ボルトはもちまえの行動力でそんなレッテルを跳ね飛ばす!
“うずまきボルト”の物語が今、始まる。