ジョウトリーグをめざして旅を続けるサトシたち一行。ある日、森のほこらの前で、気絶した少年ユキナリと、傷ついた幻のポケモン“セレビィ”に出遭います。なんと、ユキナリとセレビィは、森で心無いポケモンハンターに追われるうちに、≪時を超える力≫に巻き込まれ、４０年前の世界からタイムスリップしてきたのでした。傷ついた“セレビィ”を救うため、森のポケモンセンターに向かうサトシたちとユキナリ。しかし、ロケット団最高幹部の一人“仮面のビシャス”がセレビィを狙って立ちはだかります。最強メカ“ゲレオス”と“ダークボール”（捕まえたポケモンを邪悪にしてしまう）を使ってサトシたちに襲いかかるビシャス。激しいバトルの中、サトシとユキナリの間には、不思議な友情が芽生えます。しかしついに、ビシャスによってセレビィはゲットされてしまい、サトシとピカチュウは絶体絶命のピンチに。 その時、伝説のポケモン“スイクン”が現れます。果たして、このセレビィをめぐるバトルの行方は…！？ 今年の舞台は、大きなお庭のある海辺のお屋敷。ピカチュウたちは、そこで知り合ったポケモンたちと、かくれんぼをして遊ぶ事に。でも、仲間に入れないヨーギラスがふとした弾みで、芝刈り機のスイッチを入れてしまったからさあ大変！芝刈り機は大きな音を立てて暴れ始めます。ポケモンたちはハラハラドキドキの大慌て。さあみんなも、映画館で一緒にポケモンを探してみませんか？映画初登場のポケモンも隠れていますよ！！