トコハには、幼いころから実の姉のように慕い、憧れを抱いているアカネという存在がいた。アカネはドラゴンエンパイア支部で働く有能な職員。トコハとは互いに忙しく、落ち着いて話す機会が減ったことを寂しく思っていた。一方トコハは、ある日アカネが出したクエストの内容を知り、愕然とする。

クロノがカードキャピタル２号店へとやってくると、今まで見かけたことのない美少女の姿が。その少女は可憐な立ち振る舞いで、初対面のクロノにも優しく話しかけてくる。果たしてこの少女の正体は…！？

トコハの誘いにより、ドラゴンエンパイア支部が主催する「ヴァンガードクイズ大会」に、参加することになったクロノとシオン。互いに負けず嫌いな二人は、強烈なライバル心をバチバチと燃え立たせ、数々の競技へと挑む！

ドラゴンエンパイア支部ではクランリーダーである安城マモルとファイトすることが出来るイベントが行われており大盛況。イベントに参加したクロノの前に、不審な動きをする協会のマスコット、ヴァンガ郎くんが現れて…。

いつも愛想が良いとは言えないクロノだが、今日はいつもにもましてご機嫌斜め。トコハをはじめ周りのみんなもそんなクロノの気配を感じ、何があったのかと訝しむ。果たしてクロノの機嫌が悪い理由は…！？

「おばあちゃんの家に忘れてきたカードを自宅まで送って欲しい」という少年のクエストを受けたクロノ。早速そのおばあちゃんの家を訪ねてみるが話が通じず、訳の分からないうちに家の手伝いを押しつけられてしまう。さらにそこに同じクエストを受けた綺場シオンも現れて…。

対戦相手募集のクエストを受けて、待ち合わせ場所であるショッピングモールへと向かうクロノ。
しかしクエストの依頼主は急な用事で来られなくなってしまい、クロノは代理として現れた伊吹コウジという青年とファイトすることに。

葛木カムイとの対戦を通じてヴァンガードの楽しさを知ったクロノは、続いてヴァンガード普及協会から出されるクエストにチャレンジすることに。しかしそこに多度ツネトをリーダーとするチーム「トリニティ・ドラゴン」が現れ、邪魔してくる！

ある日、新導クロノが学校へと登校すると、下駄箱に誰が置いたか分からない謎のカード束と、どこかの場所を示す地図が入っていた。放課後、地図に書かれた場所へと向かうクロノ。そこは「カードキャピタル２号店」というカードショップだった。