物語の舞台「クレストランド」では、バトルで負けた敗者は勝者に決して逆らえない「ロードファイト」と呼ばれる非道なる掟のもと、ビーダーたちは殺伐とした争いの日々を過ごしていた。
主人公「御代カモン」は「クレストランド」南エリアに住む、明るく元気でビーダマンが大好きな男の子。
だが、同居する姉の「アオナ」以外、家族のこともビーダマンのことも、過去の記憶を失っていた。
ある日、カモンはビーダマンショップ「B－ジャンク」の店主「ゴギョウ」の所に宅配に行き、そこでビーダマン「ガルバーン」と出会う。
過去の記憶は戻らないままだが、なぜか懐かしさを感じるカモン。
そしてこの日から「ガルバーン」をパートナーに、再びビーダマンを始めるのであった。
一方その頃、 WBMAは謎のベールに包まれた「クレストランド」のビーダマンの実態を調査するため、「白銀スバル」達をクレストランドへ派遣させる。
スバル達を通して「ロードファイト」ではなく「クロスファイト」を広めることが目的だ。
「クロスファイト」のビーダーたちとの熱いバトルを通じて、ビーダマンの真の楽しさを理解し始める「クレストランド」のビーダーたち。
カモンも失ったビーダマンの記憶を次第に思い出し、クレストランドの『ビーダマン』を正しい道に導いていくため、熱いバトルを繰りひろげていく・・。
