プリンス・カイザが社長を務める竜神コーポレーション。その副社長として謎の男、ハリウッドザフクシャチョウが来日！しかし、その就任の裏ではカイザの信念と大人たちの陰謀がぶつかり合っていた──。ハリウッドザフクシャチョウからデュエマを挑まれたカイザ。ついにD4の頂点に君臨する彼の実力が明らかになる！

イカサマを暴かれたマイハマギャング、マズキとケンドラがガチデュエバトルの優勝賞品を奪って逃走！ウィンたちはパパリンを本部長とする捜査本部を立ち上げ、捜査に乗り出す！みんなが楽しみにしている優勝賞品を奪った二人をこのシラハマの街から脱出させるわけにはいかない！ウィンたちよ、シラハマを封鎖せよ！！

マイハマからやってきたギャングデュエリスト、マズキとケンドラ。デュエマ大会でボウイを不可解な戦術で下した二人に対し、その勝利をイカサマによるものと疑うウィンは仲間たちと共に秘密を暴くべく調査を開始！準決勝でマズキと激突するウィンもまた、彼らが仕掛ける罠の餌食となってしまうのか──！？

プリンス・カイザへの挑戦権をかけた大会「ガチデュエバトル」が開催！ウィンは邪神くんと共に大会に参加することに。大会当日、いじめられっ子を助ける謎の美少女カレンと出会いなんだかいい雰囲気のウィン。大会も順調に勝ち進む中、ウィンに嫉妬の炎を燃やすうんちくは自慢の墓地利用戦術でウィンに勝負を挑む！！

邪神くんが本来の力を取り戻すためには、邪神の一族「アビスロイヤル」の仲間を集める必要があった。ある日、ウィンの友達から漂う魅力的な香りを嗅ぎつけた邪神くんは、その正体を突き止めるためウィンと共に彼らを追いかけることに。邪神くんを惹きつける香りの主は、もしや新たなアビスロイヤルなのか──！？

珍獣チバカブラは実在した！ウィンたちが住むチバに潜むという謎の生物チバカブラが持っていたのは、なんとデュエマのカード！？そのカードに興味を持ったウィンと仲間たちで結成された「チバカブラ捜索隊」一行は、チバカブラとカードの正体を探るべく、チバはシラハマの奥地にあるジャングルへ向かうのだった──。

若きカリスマＩＴ社長であり、「D4」のリーダーでもある無敗の最強デュエリスト、プリンス・カイザ。彼の圧倒的な強さを知り対決を望むウィンの前に、同じく「D4」の一人であるボウイが現れる。カイザとの対決しか頭にないウィンに対し、新たなカードを手にリベンジに燃えるボウイは再び勝負を申し込む！

ウィンに呼び出された後、カードの中へと戻っていった邪神。空腹を満たすために再びカードから飛び出すも、なんだか様子がおかしいようで……。一方、ウィンとボウイの不思議なデュエルに魅せられたウィンの父パパリンも早速ウィンと対決することに！ウィンは生粋のデュエリストであるパパリンに勝利することができるのか！？

新主人公登場！その名は「斬札ウィン」！！デュエマが大好きな彼は、ある日参加した大会で優勝賞品のカードを狙う少年、覚知山ボウイとの戦いに挑む。そこで聞こえてきた謎の声に導かれるままにウィンが召喚したのは、世界の支配を目論む邪神で──！？新たなデュエル・マスターズが今始まる！