ミコトに続きウォーレンスもパワーアップを果たし、焦りを募らせるポロン。一行はドリランド中の職人が集まる街・ギルディアへと到着する。カッコイイ銃を発見したポロンは、鍛冶屋コゴルに銃を売ってほしいと願い出る。しかしその銃は未完成品で、完成させるには七色水晶と呼ばれる石が必要だとコゴルは言う。時を同じくしてミラと名乗る少女もその銃が買いたいと言い出して…

バルデア山脈に向かう途中、ルーラルという村に立ち寄るミコト達。のどかな田舎の村ながら、流通の要でもあるルーラルは、ゴランという盗賊に狙われていた。しかし、そんなゴランの分厚い鎧を、拳ひとつで打ち砕く男がいた。ルーラル村の用心棒、ロガイである。ウォーレンスは、ミコトを守る力を手に入れるため、ロガイの必殺技『禁惚龍々』を学ぼうとするが……。

ボニーと再会したミコト達。3つの秘石のうちの１つ、ボルトストーンを探しにバルデア山脈を目指す。しかし、ひょんなことから一文無しになってしまい、足止めをくらう。仕方なく、資金集めの為、ボニーとミコトは洞窟探検へと向かう。ボニーとの、初めての探検に胸躍るミコト。ハンターとして成長したミコトの姿に目を細くするボニー。だが二人の前に、突如キングモンスターがあらわれ…

水の遺跡を探検し、ミコトはとうとうアクアストーンを手に入れた。しかしそこに現れたのは、またしてもディアガー一味だった。ディアガーはアクアストーンを渡せとミコトに強要。ミコトはディアガーのしてきた事、そして自分が得た様々な経験を振り返り、ディアガーと闘う事を決意するのだった。水の力を持つミコト、そして炎の力を持つディアガー……二人の決戦が今始まる。

水の遺跡にたどり着いたウォーレンス達。神殿を開ける方法に気づいたが、闇タンバリン・ヤーダスにアクアストーンを奪われてしまう。取り返そうとバトルの時、ミコトが駆けつける。ミコト達はヤーダスのタンバリンの不思議なリズムに乗せられて、体が勝手に踊りだす。ピンチに陥るが、ヤーダスの弱点はオヤジギャグだった。ジンのオヤジギャグを使って、隙を作り撃退するミコト。その時、またしてもディアガーが現われた…。

ボニー第２の弟子・ジンの元で修行を続けるミコト。人気ゴンドリエーラにはなるものの、イソウェルの力が使えるようになる気配は無い。いつ使えるようになるのかと問い詰めるミコトに、ジンは親父ギャグではぐらかしてばかり。怒ったミコトは、ジンの元を飛び出してしまう。しかしその背後には魔族の手が忍び寄っていて……
一方、秘石を求め謎ときを進めるウォーレンスらは、同じく秘石を狙うアルビダ一味に遭遇。秘石を巡る壮絶な争奪戦が始まる。

水の町アルセカにやってきたミコト達。しかし、パーンが荒くれ者に絡まれ、一触即発の事態に。だが、酔っ払いのテキトー男が喧嘩に割り込んで、見事、喧嘩を仲裁する。この男こそボニーの第二の弟子、ジンであった。アクアストーン探しをウォーレンス達に任せ、ジンに修行をつけてもらうミコトだが、何故かゴンドラ乗りにさせられて……？

第2のボニーの弟子に会うために、アルセカに向かっているミコト達。途中、天空の遺跡アリベンに立ち寄る。そこでウォーレンスは、「天空の真珠」と呼ばれるお宝中のお宝を発見する。一旦はそのお宝を入手するも、お宝が意外なものに姿を変えてしまい唖然とする一同。加えて、その「無くなったお宝」をめぐり、この遺跡に住む「ラトの一族」と対立することになってしまう。お宝の行方はいかに。

アルセカへと向かうミコト一行は、嫌がるウォーレンスをよそに街へと立ち寄る。苦い顔をするウォーレンス、実はその街は彼の故郷だったのだ。街で出会うウォーレンスの旧友、トニーとヘクター。すぐにミコト達と打ち解け、気さくに会話を交わすようになる。一方ウォーレンスは彼らの口から自分の過去がミコトの耳に入らぬよう孤軍奮闘するのだった。どうしても隠したいウォーレンスの過去とは一体どんなものなのだろうか？

アルセカの町を目指すミコト、ウォーレンス、ポロン、パーンは、旅費を稼ぐために向かった廃墟で、ハンターのレオに出会う。レオの目的は、廃墟に眠る伝説のエクスホリバーを手に入れて冒険王になること。けれども、一緒に探検していたカナとリナは、レオのわがままに手を焼いて去ってしまっていた。ミコト達はひとりぼっちで困っていたレオを道連れに探検を続けるが、まわりのことを考えないレオに振り回されっぱなし。とんでもないハンターを道連れにしてしまったと後悔するのだが…

ミコト達の前にキングモンスターが現われた。ミコトが大きなダメージを受けてしまう。大事な弟弟子を傷つけられ、ブリが激怒。ブリは猛然とキングモンスターに攻撃を仕掛ける。何とか倒したかに見えたが、不意をつかれる。ブリ、ウォーレンス達がピンチのその時、ミコトが皆を庇うように飛び込み、イソウェルの力が発動した。見事、キングモンスターを撃退し、フレイムストーンを手に入れた。しかしその時、ディアガーが現われた…。

ボニーの弟子・ブリリアンに、なんとか認めてもらえたミコト達。早速、秘石を探し『赤い河の渓谷』へと向かう。しかし言い伝えの謎はなかなか解けず、秘石探しは難航。ミコトも、ヘマをして皆の足を引っ張ってしまう。「ボニーは何でこんな子弟子にしたのかしら」と呟くブリリアンに落ち込むミコト……うつむいて歩いているうちに、一同とはぐれてしまう。一方ディアガーは、ミコトの素性を調べるべくスパイを送り込んで……