何もない交差点で人が転んだり、車がパンクしたりする不思議な事件が起こった！妖怪の仕業だと騒ぐぶっちゃけだったが、勝太たちはカード事件である証拠を発見！しかし、カードの持ち主は一体どこに？そして犯人の目的とは！？デュエマ探偵団の、必死の調査が始まる！

カツドンたちチーム・エグザイルの分のアイスを食べてしまい、カツドンと大喧嘩してしまった勝太。謝ろうとしない勝太に怒ったカツドンは、他のクリーチャーと共にストライキを起こす！そんな中、公園に覆面デュエリストのニセモノが出現！？カツドン不在のまま、事件を調べる勝太だが…！？

高原のコテージに泊っていたお客さんが消えてしまう、という事件が発生！塾のテストがあるベンちゃんを除いて、探偵団はコテージ村へと向かう。そこで出会ったのはデュエマ好きの親切な少年だったが…？一方、探偵団のことが気になり駆けつけたベンちゃんは、ロビーから驚きの真実を聞く！！

探偵団に依頼にきたのは、超可愛い女の子！デュエマ大会に勝って、優勝賞品のハワイ旅行をプレゼントしてほしいという。興味のわかない勝太だが、ぶっちゃけ達は女の子にメロメロ！その裏にはクリーチャーの影が！？デュエマ大会の行方やいかに…？

夏休みが始まり、集合場所だった学校に入れなくなってしまった探偵団。探偵事務所を開こうとするレイが目をつけたのは、プリンプリンの家だった！バチバチと火花を散らすレイとプリンプリン！そんな中、兄がチャラいサーファーになってしまったという女の子が相談にきて・・・？

次元リアクターの元へとたどり着いた勝太たち！装置を破壊しようとする勝太だが、ヨミに阻止されてしまう。そして次元リアクターが起動、世界中に大量のクリーチャーが！アウトレイジの書の力を借りて、ヨミにデュエルで挑む勝太！地球の運命を賭けた、勝太とヨミの最終決戦が始まる…！

新たにプロメテウスを仲間に加え、オラクルとの戦いに備える勝太。そんな中、街中にクリーチャーが大量出現！その原因はヨミの操る次元リアクターという装置だった！勝太たちは次元リアクターを止めるため、ヨミの待つオラクルビルへと向かう・・・！

自分を認め、共に戦ってくれたイズモの存在を軽んじたヨミに対し、怒りをあらわにする覆面デュエリスト！ついにヨミと決別、イズモの弔いデュエマが始まった！しかし三神合体で圧倒的な力を見せるヨミの前になす術なし…。果たして意地の一撃は決まるのか！？

イズモとの戦いを終えた勝太のもとに、オラクル軍団の総帥ヨミが現れた。ヨミのために忠誠を誓い、全力でデュエマに挑んだイズモは、ヨミにとってはただの捨て駒にすぎなかった。その言葉を聞き、怒りを覚える勝太。そしてもう一人、ヨミへの怒りをあらわにする人物が…。

カツドンはカツキングとなり蘇った！心強い相棒が再び帰ってきたことで勢いを取り戻す勝太。事件解決も絶好調で、イズモ・ヨミへのリベンジを強く胸に誓う。そしてその時は思わぬ形でやってきた！事件解決のために乗り込んだ館に現れたのはイズモ！勝太の負けられない超決戦が始まる！