レッカたちガイストクラッシャーは、２体のガイスト、ルナティック・ザントマンとコマンダー・ラタトスクの連携攻撃に苦戦していた。しかし、クラマの機転で形勢は逆転。クラッシュに成功する。
一方、GCG本部では、デザドラド全域のガイメタル反応の異常を確認。その原因究明を急いでいたが、その頃イレイザーは、新たな作戦に取りかかろうとしていた。
「もはや敵対組織は不要だ。GCG及びすべてのガイストクラッシャーを消去せよ！」
イレイザーが、古代コロシアムに出現させたガイスト、マキシマム・タウロスをクラッシュするため駆けつけたガイストクラッシャーたちだったが、彼らをさらなるガイスト、ストーン・ゴリライの群れが取り囲む！

突如ナイールの水源、アズワンダムの水がなくなった。それはガイスト、グラトニー・セベクの仕業だったが、一気にガイストをクラッシュすれば、膨大な量の水が放出されダムが崩壊してしまう。ドクター・マグネスとジン太の調査で、特定の高周波をガイストにあてればその危険を避けられることがわかるが、肝心の周波数がわからず必死の実験が続く。
一方、深刻な水不足に見まわれたナイールでは、少ない飲み水を奪う者が現れ、ジプが狙われる。それを助けたのは、何とイズナだった。そんなイズナの前に「謎の人物」が現れる。
「お前が救わねばならないのは、あの子ひとりではないはず。違うか？」
イズナの目的とは何なのか？

重傷のボルカン所長が、万病に効く水が湧き出ているというオアシスで療養することになった。しかし、まだ自由に動くことができないため、ルミネラ博士やヒスイたちがつきそい、レッカが護衛につくことになった。
オアシスに到着したボルカン所長は、医師でもあるヒスイの指示に従い全力で療養に専念するが、そんな中、ロック・アビスの進化型ガイスト、ギザ・アビオスが出現。本部に残ったハヤトたちが迎え撃つ。そして、療養中のボルカン所長の前にはイズナが！ライトニング・ドラグーンをまとい、ボルカン所長に襲いかかるイズナ。それをレッカが止める。
「……たとえどんな理由があろうと……人を傷つけるガイストクラッシャーを……俺は絶対認めない！」
ガイストクラッシャー同士の攻撃が激しくぶつかり合う！

密かにアルーミが呼び出したガイスト、ハリケーン・ジン。ところが、ハリケーン・ジンがアルーミのサモンブレスを巻き込み、自らが起こした竜巻とともに姿を消した。焦って捜索するアルーミだったがサモンブレスは見つからない。実はサモンブレスは、それを価値ある骨董品と勘違いした地元ナイールの観光協会の人々が拾い、別の場所に移動させていたのだ。
あらゆる手段を使い、やっとのことでサモンブレスを見つけたアルーミは、観光ガイドの少年、ジプからサモンブレスを奪い返すと、ハリケーン・ジンを操り攻撃を開始。
「オレたちは……どんなことがあっても街を守る！それがガイストクラッシャーだ！」
ナイールの街と人々を守るために、レッカたちガイストクラッシャーが立ちふさがる！

GCGの緊急記者会見で「イレイザー」の存在が全世界に知れ渡った。この記者会見を見たアルーミは、新たに計画を立て直すため、GCGの現在の様子を探る作戦を考える。
その頃レッカは、アルーミとともにいたイレイザーの黒曜イズナが、かつてはGCGの一員であり、ヒノモトに現れたガイスト、ロック・アビスをクラッシュするときに無茶をし、人々を危険にさらしたことがあるという話を聞いていた。
そんな中、ガイスト、エアロ・グリフォンが出現。ハヤト、クラマ、シレンが迎撃に向かう。
「ガイメタル反応急接近！　ガイストクラッシャーです！」
ルミネラ博士の指示で本部に残ったレッカが立ち向かうが……!?

ボルカン所長が何者かに襲撃されて数日後、世界中に「ＧＣＧ解散！」という衝撃ニュースが駆け巡った。そのことを証明するように、レッカは鉄鋼町に戻り、ハヤト、クラマ、シレンもまた戦いから離れ、静かな日々を送っていた。
　このＧＣＧの解散騒動の中、イレイザーの幹部、アルーミが、新たにイレイザーに加わった黒曜イズナ（こくよう　いずな）を伴って、砂漠の国デザドラドに現れた。そして４体のガイスト、スカル・バーゲスト、ウォー・ヨルムンガルド、ハングオン・ケートス、ミスト・クー・シーを呼び出し人々を恐怖に陥れようとする。そこに立ちはだかったのは、何とレッカたちガイストクラッシャーだった。　アルーミ、イズナと対峙するレッカたち。だが、ふいにイズナがガイフォンとガイメタルを取り出した。
　「轟け、雷鳴の黒竜！　ライトニングドラグーン、ガイスト・オン！」
ガイストギア、ライトニングドラグーンを身にまとったイズナは――!?

苦戦するボルカン所長たちのもとに、レッカ、クラマ、シレンが駆けつけた。ハヤトと合流したレッカたちは、Ｇ波を追尾する能力を持つエターナル・オーディーンに対抗するため、Ｇ波を抑制する機能があるステルス・アプリを使いガイストの目から逃れる。だが、音を立てたり激しく動けば、たとえ姿は見えなくても居場所を知られてしまう。
そんな中、ルミネラ博士が助手のコハクに現場を任せ、イレイザー捜索のために出動する。
徐々に姿を現してゆくルインとガイストを前に、うかつに動くこともできないレッカたち。そんなレッカたちにコハクから有力な情報が伝えられた。
「これより、エターナル・オーディーン、クラッシュ作戦を開始する！」
レッカたちの反撃が始まった頃、ルミネラ博士もついに、イレイザーのマンガンのもとにたどり着いていた。

アイスガルド山脈の地底湖で、ルインが出現しようとしていた。だが、レッカたちガイストクラッシャーは、激戦のダメージが残っておりすぐに出動することができない。唯一、出動できるのはハヤトのみ。そこでボルカン所長は、少しでもルインの出現を遅らせようとひとつの作戦を考える。
「あのとき……ゼウス事件のときもそうだった……。君は……君たち５人は……」
ひとりで危険な任務を行おうとするボルカン所長だったが、その覚悟を知ったＧＣＧの隊員たちが彼に協力することを願い出る。現地に急行した一行は、行く手を阻むガイスト、ジャスティス・スプリガンのクラッシュをハヤトに任せ、地底湖へと急ぐ。その前に今度は、ガイスト、バイト・アシペンサーが出現！さらにはルインの主であるエターナル・オーディーンまでが現れ……。

ストーンサークル付近の時空間の歪みは、自然発生したタイムゲートではなく、ヤマトガイストによって意図的につくられたタイムトンネルだった!?
残された伝承と目を覚ましたバナ隊長の話から、聖獣たちとヤマトガイストの因縁が明らかになる中、ドクター・マグネスがついにレッカたちのいる時代を導き出した。それは、遠い昔、恐竜たちを絶滅させたといわれる巨大隕石落下の時期と重なるという。このままではレッカたちが巻き込まれる可能性がある！
この緊急事態を伝えるため、さんごのナビロボット、ラビが、再び開いたタイムトンネルを通りレッカたちのところに向かう。
「ストーンサークル……それを活用させてもらう……」
これまでの状況とラビから得たストーンサークルに関する情報をもとにハヤトが考え出した、聖獣を退け、もとの世界に戻る秘策とは!?

ボルカン所長の制止を振り切りタイムゲートに飛び込んだレッカたち。そのタイムゲート付近で、次々とガイストの姿が確認された。実体がないことから、過去に存在したものが何かの作用で現代に映し出されたものだと推測されたが、それは、スパーク・洸・キリンとともに「聖獣」と呼ばれた特別なレジェンドガイストたち、グレイス・凍（とう）・ビャッコ、アース・魁（かい）・ゲンブ、マッハ・迅（じん）・セイリュウ、コロナ・焔（えん）・スザクだった。
「聖獣が……幻影とはいえ、５体そろって姿を現した……。もしかしたら……レッカたちが向かった時代にいるのかもしれない」
その頃レッカたちは、タイムゲートを通って恐竜が闊歩する時代にたどり着いていた。そんなレッカたちの前に戦闘班のひとりが現れる。ところが、彼が突然、攻撃を仕掛けてきた!?戦闘班に一体、何があったのか？