エネルクスの巨大な空中要塞ゼクスドランを稼働させたジャドーは、ＴＭ砲でタイムゲートを開き、時空を超えて未来のイビルゼッターを大量に呼び出してしまう。だがその頃、カケルたちは依然としてゴートと戦っていた。そんな中、タイムゲートの存在を確認したアルカディアはあることに気づく。それは、実はデスゼノンはおとりであり、ジャドーの真の目的が、未来の暴走ゼッターを呼び寄せ、世界を破滅に導こうとしている事実だった。

ついにデスゼノンを見つけたカケルたちは、真っ向勝負で立ち向かう。だがその強さはすさまじく、シュンスケのＺが破壊されると、逃げられてしまう。コングローダーGX、アヌビアNF、フェアレディＺを失ったアルカディアは、イビルウィルスをまき散らすデスゼノンを阻止するためスーパーイビルバスターの準備に入る。その頃、エネルクスのジャドーは新たな兵器の準備に入り、イレイザー四天王を出動させるのだった。

ソウルイレイザーで記憶を奪われたゴートがデスゼノンで飛び立った後、ジャドーはハルカを裏切り者として監禁し、トーマをゼノンの総統の座に付かせる。一方、解析された未来の自分たちからの応援メッセージに励まされたカケルたちだったが、そんな中、本部に緊急連絡が入る。それは、デスゼノンがイビルウィルスをばらまいたことで、無人ジャイロゼッターが全国で暴走を起こしているというものだった。

ある日、ハルカはどこかに逃げた愛猫クロを探す途中、偶然ゴートの部屋に入ってしまう。そこで目にしたのは、ゴートと自分が写った未来の写真。その真相をトーマに追求すると、実はハルカは未来で死んでしまったゴートの娘だったことが判明する。一方その頃アルカディアでは、ロゼッタグラフィーの解読を急いでいた。最後に一カ所だけ解読できない文字が残っていたが、実はその解読こそが、未来からの重要なメッセージに繋がるキーワードだった。

夏休みもいよいよ最終日となったある日、横浜新都心ではアルカディア学園を開放して花火大会が行われる。カケルたちも楽しみにするイベントだが、花火当日、カケルは夏休みの宿題だった絵日記をなくしてしまったことに気付く。焦ったカケルはりんねたちを巻き込み、あちこち探し回るが、その頃、アルカディア学園には花火大会にかこつけて堂々とトーマとハルカが訪れていた。そして偶然にもカケルの絵日記を拾ったのは、トーマだった。

バーストファイトの活躍もあり、一躍有名になったカケルは街でも人気者に。そんなある日、選ばれしドライバーたちを主人公にしたアクション映画の製作が決定する。出演するのはもちろんカケルたち６人の選ばれしドライバーたち。さっそく横浜新都心スタジオで撮影が開始するが、監督はなんだか怪しい外国人。さらに撮影されるシーンや衣装は、選ばれしドライバーのイメージとはほど遠いものだった。

アルカディアグランプリに突如乱入してきたイレイザー四天王たち。この事態に、アルカディアは大会を中止し、観客の避難を急ぐ。だがみんなが楽しみにしていた大会を守るのも選ばれしドライバーの役目だと信じるカケルたちは、イレイザー四天王たちのチーム『イレイザースターズ』に戦いを挑む。だがイレイザーエースの華麗なドライブテクニックの前に圧倒されてしまうのだった。

アルカディアグランプリの予選が続く中、会場でイレイザーらしき人影を目撃したカケルたちは手分けしてその行方をさがす。そんな中、物販コーナーにやってきたソウタは１人のお婆さんと鉢合わせてぶつかってしまう。お婆さんは物販店の店主だが、転んだ拍子に腰を痛め、商品のダンボールを運べなくなってしまう。責任を感じたソウタはイレイザー探しを中断し、お婆さんを手伝うが、その頃、会場に紛れこんだイレイザーはあるものを運び込んでいた。

横浜新都心に誕生したバーストコロシアムで、ジャイロゼッターが３対３で戦うバーストファイト『アルカディアグランプリ』が開催される。大会の優勝チームは、カケルたち選ばれしドライバーと戦うことができるとあって、全国から数々のチームが参戦。そんな中、早く戦いたくてウズウズするカケルは、たまたまトイレで会ったリカコから彼女の率いるチーム『横浜プリティデビル』のメンバーが風邪で来られなくなったことを知る。困り果てているリカコが、お守りとして持っていたデビル三世のマスクを見たカケルは、あることを思いつく。

バーストファイト大会の訓練合宿のため、無人島にやってきたカケルたち。夏の海にハイテンションの一同は、ビーチバレーや浜のかけっこなどで盛り上がる。そんな中、恥じらいながらも水着に着替えようとしたりんねだったが、偶然更衣室にいたカモメがそれを持ちさってしまう。カモメが飛び立ったのは、沖に浮かぶ小さな島。買ったばかりの水着をなんとしてでも取り戻したいりんねは、カケルとともに新型の「ドルフィーネTA（トリプルアクセル）」に乗り込み、島に向かう。しかし、なぜかそこにはバカンスを楽しむトーマとハルカもいた。

新型のコングローダーとアヌビアが完成するまで、休暇をかねて京都にやってきたカケルたちと赤名。日本の古都を満喫しようと楽しみにしていたが、宿泊予定のサトリの実家で出会ったサトリの祖父・カクセイに、裏山の寺で座禅や大掃除などをさせられることになってしまう。一方、大人の休日を満喫するため、ひとり京都の茶屋に訪れた赤名はある男性と出会う。それはなんとゼノンのマカベだった。

ついにタイムマシンを作りあげたゼノンは、未来に通じる時空の穴をふたたび開け、そこから大きな翼を持ったジャイロゼッターを呼びだした。しかしそのジャイロゼッターは、ゴートたちの命令を聞くどころか暴走を始め、タイムマシンすら破壊し、どこかへと飛び去っていってしまう。そんなことを知るよしもないカケルたちは普段通りの日常を過ごしていたが、謎の怪物が町で目撃されたという報告をうける。怪獣退治とばかりに、選ばれしドライバーたちとともに調査に向かうことにするが、監視カメラがとらえたその怪物の映像を見て驚くカケルとりんね。それはかつて、カケルとりんねが未来に行った時に戦ったジャイロゼッター『アルバロス』だったのだ。

1999年夏以来14年ぶりに『時の鐘流星群』が訪れる今夜。そんな大イベントにカケルたちも盛り上がっていた。カケルは流星群を見るために、ケンゾウから聞いた穴場スポットに行こうとアルカディアメンバーたちに持ちかける。その場所は流星が1番綺麗に見られるという穴場スポットなのだが、実は14年前の1999年、まだ若かったケンゾウが当時高校生だったナナコとはじめて出会った思い出の場所でもあったのだ。一方、ゼノンのトーマも流星群に思いをはせていた。14年前の流星群のその日は、トーマにとっても運命の変わった特別な日だったからだ。