勝手にベイパークの鍵を持ち出しゼロジースタジアムで特訓していた蓮は、突然現れた獅々谷鷹ノ助（ししやたかのすけ）との勝負で完敗。続けてゼロに勝負を求める鷹ノ助に応じたのは何と忍！？
しかし自分本来の戦い方を見失っていた忍は鷹ノ助の前に苦戦を強いられる。しかしベンケイとゼロの叫びが彼の目を覚まさせた！！

海原兄弟と蓮が加わって再びベンケイ主催の猛特訓が始まった。しかしベンケイは特訓中のシンクロームを禁止し、個別にメニューを与える。それはシンクロームに頼る前にブレーダーとしてのレベルアップを図るためのものだった。特訓を通じてベンケイに弱点を指摘されるゼロたち。しかしゼロジースタジアムでの勝負にこだわる蓮は……。

ゼロと忍で最強コンビ結成だと盛り上がるマル。しかし忍はそれを良しとしなかった。
翌日バトルで盛況なベイパークに現れた少女ブレーダー、紅蓮。彼女は今日がゼロジースタジアム初体験だったが、何とあっという間にゼロと同じ必殺技をやってみせた！
それを見たゼロと忍は……。

海原兄弟の秘密兵器、それは何と２つのベイが合体した姿だった。カイトに１度は勝ったゼロも、再戦では合体ベイ“オロジャリヴァイザー”の前に為す術なく敗れてしまう。
その正体を教えてくれたのは翼とまどかだった。それは『シンクローム』と言い、固い絆を持った２人のブレーダーが力を合わせることで実現する新世代のシステムだったのだ！

特訓から戻る早々カイトの挑戦を受ける羽目になったゼロ。しかし忍を破った戦法は既に研究済みのカイトは鉄壁の防御でイフレイドを弾き飛ばす。このままではカイトの勝利は動かない……はずだったが、特訓の成果でゼロは見事に勝負を引っくり返す！そこで海原兄弟が繰り出した別の一手、それは？！

ベンケイ主催の野外特訓に参加するゼロとマル、そして忍。キャンプのような雰囲気に戸惑うも、ベンケイの挑発に乗った忍は全ての特訓を意地でゼロと引き分けてみせる。その中で忍は、自分が基礎をおろそかにしていた事を認め、改めて次は勝つことをゼロに宣言するのだった。一方、海原エイトの兄、カイトは着々と打倒ゼロの準備を進めていた。

前回の戦いとは比べ物にならない程レベルアップしたゼロに驚く忍だが、逆に本気を出せるとばかりに逆襲に転じサラマンダを追い込む。ゼロもまたエイトを倒した必殺転技で応じるが惜しくも決まらず、勝負は一進一退の展開に。だが長期戦はサラマンダに不利。その時ゼロが取った戦法とは……！？

バトルの中で学び強くなるゼロの姿に、ベイの新時代の息吹を感じる翼、まどか、ベンケイ。ならばと彼らは新たなステージを用意するべく、ワンディトーナメントの開催を決定した。火竜院忍へのリベンジ果たすべく参加したゼロは特訓の成果を生かして勝ち上がり、見事忍との決勝に臨むことに！

勝負に負けた相手に罰ゲームを強いるエイトに勝負を挑むゼロ。ゼロジースタジアムの特性を生かして攻めるエイトの前に苦戦するゼロだが、やがて相手の動きからスタジアムの特性を掴むと反撃を開始。それは特訓の成果があってこそのものだった。鍛えたパワーを受けてイフレイドが勝利に向け疾走する！

ゼロは偶然入ったハンバーガー屋の店長ベンケイとベイの話で意気投合。銀河を超えると言い切ったゼロを気に入ったベンケイは、彼に稽古をつけることに。
基礎体力を徹底的に鍛える内容に文句を言いつつもこなしていくゼロだが、ある日通りすがりの少年にその特訓を馬鹿にされてしまう。彼の名は海原エイト、腕の立つブレーダーらしいが……。

新型スタジアムでバトルロイヤルを挑むゼロ。そこへ現れ勝負を挑んだのは、無敵のサラマンダと呼ばれるブレーダー、火竜院忍だった。
冷静にスタジアムの特性を生かしてゼロを翻弄する忍。しかしゼロも負けじと忍の攻撃を利用して必殺転技を繰り出した。その軌跡はまるでかつての流星の如く……。

ネメシスクライシス……銀河たちと破壊神の戦いから数年後。世界はようやく復興し、ベイブレードもまた新たな時代を迎えていた。
そんな中、地元で１００連勝を達成した黒銀(くろがね）ゼロはベイ『サムライイフレイド』と共に武者修行の旅に出る。目指すはかつてベイブレードの聖地と呼ばれた街。そこでゼロが出会った相手とは？