失った能力を取り戻すため、紀州へ向かうことになった蟲奉行。同行するのは江戸一番のキレ者と名高い大岡忠相。お供として指名された仁兵衞だったが、武士としての立ち振る舞いにダメ出しを連発されてしまう。その時、十傑蟲の一人、根津甚八が行く手をさえぎった！

猿飛佐助に続き、真田十傑蟲なる蟲人が次々と村を襲撃。一刻を争う事態に江戸城へ趣いた蟲奉行は、長福丸の部屋である秘密を発見する。そして仁兵衞の父・源十郎と母の若き日の出会いも明らかに。

突如現れた謎の人型蟲、猿飛佐助。江戸のピンチに市中見廻組は不在。寺社・武家見廻組が総出で戦いに挑むが、圧倒的な力の差を見せつけられてしまう。佐助の素早い猛攻に、もうダメかと思ったその刹那…！？

瓦版屋のお園は、みんながあっと驚くスクープを求めて日々邁進中！今回は蟲奉行所について取材すべく、女湯に潜入する！そこにはお春が、火鉢が、蟲奉行が！なんと！なんと！なんとっ！！

蟲狩との戦いで、自分の無力さを痛感した仁兵衞は、父と修行の旅に出る。相手は富士山！噴火を止められる期限は三日間。仁兵衞は、月島流奥義を習得することができるのか。

能力を失ってしまった蟲奉行。無涯、市中見廻組の応戦で退却するが、蟲狩の攻撃は止まない。気を失った仁兵衞を背負い、必死に逃げる蟲奉行に追手が迫る。絶体絶命と思われたその時、仁兵衞の様子が…。

蟲狩の強大な力の前に、成す術のない仁兵衛。しかし、ボロボロになりながらも必死に蟲奉行を守ろうとする姿に、彼女の魂（こころ）が揺れる。――蟲奉行の真の姿、黒揚羽降臨！

夏の到来。江戸に迫る巨大な蟲たち。蟲奉行は人々を守るため八丈島へお籠りに向かう。が、そこへ謎の集団「蟲狩」が追ってくる。武家、寺社、市中見廻り組が迎え撃つが、圧倒的な敵の力に仁兵衛たちは叩きのめされる。

蟲奉行の居場所を聞き出すため、仁兵衛に近づく蜜月。「私にかかればどんな男もメロメロよ！」魅惑の身体と巧みな言葉で人の心を惑わす彼女の罠に、仁兵衛が、お春が、危機に陥る。

季節は夏！隅田川の川開きで活気づく江戸の街と蟲奉行所のメンバー。江戸で見る初めての花火に心躍らせる仁兵衛だったが、いざ出発という時、庭に佇むひとりの美少女と出会う――。