ゼロの体内から飛び出してきたデイモンコアを持って帰ろうとするヒカルたちだったが、既に抜け殻と化したゼロの体を触媒としてビックバンを引き起こそうとするダークエレメントによって行く手を阻まれてしまう。その力に取り込まれてしまったリーとミミとの最終対決を迫られる。ヒカルたちはビックバンを食い止め、地球に帰還することができるか……!?

ゲノマの遺言を見たリーとミミは、不完全な思考プログラムをゼロにインストールすれば、その暴走を止められることを知る。一方、ゼンを失って一人戦うヒカルは、ゼロの放ったダークエレメントに飲み込まれてしまう。絶体絶命のピンチにヒカルはダークエレメントを弾き返し、ゼロを倒すことはできるのだろうか!?

ヒカルたちは、ついにデイモン星へとたどり着く。リーは、密かに一人で乗り込こもうとするが、誤って船のハッチを開けてしまい、デイモン星破壊壊置を宇宙へ流出してしまう。一方、ついにデイモン星へ乗り込んだヒカルたちは、デイモンダークキャノンを起動したゼロと対峙するのであった。

デイモンダークビーストとなった双子は、巨大なブラックホールを作り出し、周囲のすべてを飲み込もうとする。その圧倒的な強さになす術を失うヒカルたちだったが、瀕死の重症をおいながらも見事復活したリーと共に立ち向かうのだった。

突如アレクの船に双子のデイモン星人が現れる。「ゼロに追放されて命を狙われている」というその訴えに、警戒する一同だったが、リーはまんまと騙され、アリスから託されたデイモン星破壊装置を奪われてしまう。はたしてヒカルたちはデイモン星破壊装置を取り返すことができるのだろうか!?

ヒカルたちは、デイモン星の攻撃から逃れたアリスたちを救出する。ミミは、アリスたちが開発している爆破装置の密談を聞き、その目的を激しく問い詰める。だが究極の刺客ラムザの襲撃を受け、アリスの命がけの行動に疑念を捨てる。ヒカルたちは、そんなラムザとどう戦うのか……!?

ヒカルは、宇宙の運び屋スターロウから、デイモン星人に捕まっている娘を助けだして欲しいと頼まれる。それは、娘の身柄と引き換えに、伝説のアニマ人をおびき寄せようとするデイモン星人の罠だった。だが、疑うことなく必死で戦うヒカルに心を動かされたスターローは、ヒカルと共にデイモンテラビーストと戦うのであった。

算数のテストの点数があまりに悪かったヒカルは進級をかけて再テストを受けることになる。だがテスト当日、アレクの船は異常重力場におびき寄せられ、身動きできないままデイモンビーストの襲撃を受ける。さらにマリー先生の勘違いから、テストを受けながら戦うことになってしまったヒカル。ヒカルはデイモンビーストを倒し、落第を避けることができるのか!?

アニマ星のゴア遺跡と同じ建造物が地球で発見され、解読不能とされていたガルマ石板を読み解く鍵が現れる。ヒカルたちはその情報をもとに、ガルマ石板の伝承をひもとき、驚愕の事実を知る。だがヒカルたちは突如現れたゼロから襲撃を受ける。ゼロから解読なかばの石板を守りきることができるのだろうか!?

小惑星に不時着したヒカルたちは、卵を守ろうとするアホウワシの群れに攻撃されてしまう。リーはアホウワシに変身して説得を試みるが、ナノデバイスを失い、元の姿にもどれなくなる。そんな中、ヒカルたちはデイモン星人“００９０”の襲撃を受け、絶対絶命のピンチに陥ってしまう!?

ギララ星におびき寄せられたヒカルは、肉体強化型デイモン星人フォーエイトから、一対一の決闘を迫られる。それを受け入れたヒカルは、そのフォーエイトのフェアな戦いぶりに心を打たれる。だが、その様子見ていた双子の策略により、フォーエイトは無理矢理デイモンビーストにコンバインされてしまう……!?

ヒカルたちは、ゼロによって予告された地球消滅計画を阻止すべく、アレクと共にデイモン星を探す旅に出る。しかしヒカルたちは成層圏でデイモンテラビーストの襲撃を受ける。一方、一人地球に取り残されたタケは、ヒカルたちと共に宇宙へ行きたいという思いをゼンに打ち明ける。その時タケがとる選択とは……!?

全てのデイモン星人に残虐な侵略行為を行うようポゼッションしたのは、その誕生以来、最高権力者として君臨し続けてきたゼロだった。ゼロが送り込んできた最強の刺客にヒカルたちは苦戦を強いられる。仲間たちと協力し勝利することはできるのだろうか!?

ハイパーデイモンビーストと化した“４７０６”は、ヒカルたちの行く手に再び立ちはだかる。その裏にある双子の策略とは!?ヒカルたちはデイモンイレイサーを破壊することはできるのだろうか!?そこに地球とアニマ星との新たな時代の幕開けを迎えようとしていた。

ヒカルは、デイモンイレイサーを止めるべく、リーと共に月面基地へと急ぐ。だが、復讐に燃える“４７０６”の圧倒的な強さの前に、ピンチに陥ってしまう。残されたリーは、ヒカルを守るべく、“４７０６”に立ち向かうのだったが…。

ヒカルは、アニマ星人が侵略目的で地球にやってきたという衝撃の事実を知らされる。だが、彼らを仲間だと信じるヒカルの心は揺らぐことはなかった。そして、復活した“４７０６”を止める為、リーと共に月へと向かう。一方、ヒカルに心を動かされたデイビッドは、地球人の代表と接見するアニマ国王に対し、次期国王ラルーとして、大きな決断を下すのだった。

双子のデイモン星人は、国王によって捕えられていた“４７０６”を奪還すべく、アニマ星に忍び込む。ヒカルたちは、それを阻止しようと双子の前に立ちはだかるが、双子の放ったエレメントフィールドによって苦戦を強いられる。双子の奪還作戦によって“４７０６”は復活してしまうのだろうか!?

リーは、全てのデイモン星人の意識を支配する、ポゼッションプログラムの存在を突き止める。一方、アリスたちは最後の攻撃をしかけてくる。その戦いの最中、アリスは暴走したデイモンギガビーストに取り込まれてしまう。ヒカルはリーたちと共にアリスの救出に向かうのだった。

デイモン星人化プログラムを解かれたヒカルは、未だ目を覚まさずにいた。一方、アリスはヒカルを奪い返そうとヒカルの下に直接乗り込んでくる。だがリーの活躍よって正体を暴かれ、覚醒したミミとの戦闘に発展してしまう。アリスのヒカル奪還作戦はどうなってしまうのか!?

アリスたちの手によってデイモン星人にされてしまったヒカルは、自らデイモンビーストを作り出し、元気に地球を侵略しはじめる。そんなヒカルの脳天気さに激怒したミミがデイモンビーストに立ち向かう。ミミたちはヒカルを取り戻すことが出来るのだろうか!?