忍の里・木ノ葉隠れの里の少年・うずまきナルトは忍者学校（アカデミー）の超問題児。毎日いたずらばかりして、イルカ先生に怒られている。その上、学校では落ちこぼれで卒業もおぼつかない。だがナルトには、里の忍びの長（おさ）・火影（ほかげ）の名をついで、里一番の忍者になるという夢があった。 しかし、そんなナルトを見る里の大人たちの視線は冷たい。実はナルトには出生の秘密があった。12年前に里を苦しめた「九尾の妖狐（きゅうびのようこ）」が、当時赤子だったナルトの身に封印されていたのだ。学校の教官・ミズキに利用されて、火影のもとから「封印の書」を盗み出したナルトは、再び現れたミズキにそのことを知らされ、がく然とする。 イルカの助けもあって、ナルトは間一髪ミズキを倒す。ナルトの秘密を知りながらも、イルカがナルトのよき理解者であったことを悟り、ナルトは決意を新たにするのだった。 無事忍者学校の卒業を許されたナルトは、同じ生徒のうちはサスケ、春野サクラとともに、忍者としての第一歩を踏み出す！ あまたある国の中で5つの大国（火の国・水の国・雷の国・風の国・土の国）は軍事力を支える力として、それぞれが忍の里を有していた。「木ノ葉隠れの里」・「霧隠れの里」・「雲隠れの里」・「砂隠れの里」・「岩隠れの里」がそれである。国と里は対等の関係であり、強い忍者達がそれぞれの国の独立と安全を守っている。また五つの里の長（火影・水影・雷影・風影・土影）は「五影」と呼ばれ、全世界何万の忍者の頂点に君臨する存在でもある。 チャクラを練り、印を結びし後、発動！ チャクラとは忍が「術」を使うのに必要とするエネルギーのこと。人間の身体を構成する膨大な数の細胞一つ一つから取り出す「身体エネルギー」と、修行や経験によって蓄積した「精神エネルギー」の二種類から成り、この二つのエネルギーを練り上げ（これを「チャクラを練る」という）、術者の意思である「印を結ぶ」というプロセスを経て、忍者は「術」を発動することが出来るのだ。