サトシたちが立ち寄った映画館で、驚きの出会いが！なんと"わるぎつねポケモン"ゾロアが現れたのだ！映画のヒロインに化けるのが大好きなこのゾロアを主役に、映画を撮っているというトレーナー・ルークの誘いを受け、サトシたちも一緒に映画を作ることに！サトシの役は、ゾロアが演じる姫を救出するため、海賊デントに立ち向かうポケモンナイト！慣れない演技に苦戦しながらも、伝説のドラゴンマスター、アイリスのもとで修業を積み、いざデントと決戦の時！というクライマックスシーンの撮影までこぎつけた。しかしその時、まさかの乱入者が現れ、映画が台無しの危機に･･･！

旅を続けるサトシたちのもとに、またもや騒がしいアノ人が･･･。ものすごい勢いでぶつかられたサトシは、いつものように川の中へ。ペコペコと頭を下げる少女、ベルだ！近くの町で開催される釣り大会にエントリーするため、急いでいたのだという。この話を聞いて眼の色が変わったのはデント！どうやら釣りソムリエの異名を持つ程の釣り好きらしい。気合十分のデントの勢いに負け、ベルと一緒に大会にエントリーすることに。川べりに用意された特設会場には、元気のいい水タイプのポケモンがたくさん！だが、この釣り大会にはあるヒミツが隠されていた･･･。

サトシたちは、とある町でアララギ博士とマコモ博士に再会する。２人の博士は『はねのかせき』から"さいこどりポケモン"アーケンを復活させようとしているところだった。巨大なマシンにかせきを入れてスイッチを押し、ムシャーナのエネルギーでその力を高めていくと、マシンの中からけたたましい鳴き声と共に、１体のアーケンが現れた！しかし、目が覚めて興奮状態のアーケンは『りゅうのいぶき』をあちこちに放つなどやりたい放題！そんなアーケンをなだめたのはサトシ。仲良くなったサトシとアーケンは、空を飛ぶ特訓をするが、そこにロケット団が現れ･･･。

旅を続けるサトシたちは、深い霧のたちこめる森の中で迷子になっていた。すると目の前に人影が･･･。道を尋ねようと近付いてみると、そこにいたのは"ヒヤリングポケモン"タブンネ！だが、何やらいつもと様子が違う。サトシたちを無視して、フラフラと歩いて行ってしまったのだ。急いで後を追おうとするが、その行く手を阻むようにジュンサーさんが現れる。しかも、なんとサトシたちを逮捕すると言い出した！何とかジュンサーさんの誤解を解き、詳しい話を聞くことに。それによると、町のいたるところのタブンネが突如姿を消しているらしい！この非常事態にサトシたちも協力を申し出る！しかし、この事件には思いもよらぬ結末が待ち受けていた･･･!!

ライモンシティへ向け旅を続けるサトシたちは、とある森で休憩中。そこに、１体の"マントルポケモン"ダンゴロが現れ、ところせましと大暴れ！そんな姿を見たサトシのゲット心に火がついた！さっそくミジュマル・ポカブでバトルをするが、まさかの惨敗！治療のためポケモンセンターへ向かう羽目に。立ち去るサトシたちを見つめるダンゴロ。どうやら暴れていたのには何か理由がありそうだ･･･。治療が終わり、ジョーイさんと話をしていると、そこに一人の男性が現れる。この男性は、急に水が出なくなってしまったポケモンセンターの修繕に来たらしい。だが建物には問題がなく、原因は洞窟の水源のようだ。そして、この水源にこそとんでもないヒミツが隠されていた･･･!!

ライモンシティへ向かう旅の途中、その前に突如立ちはだかる少女・ラングレー。お目当ては竜の里出身のアイリス！どうやらラングレーは『ドラゴンバスター』と呼ばれるこおりタイプの使い手で、アイリスとバトルをするため待ち伏せていたらしい。ラングレーからのひどい挑発に怒り心頭のアイリスは、このバトルを受けることに！ラングレーが送りだしたのは"とうけつポケモン"のツンベアー。対するアイリスは、当然キバゴを選んでバトル開始！だが、相性の悪さだけでなく、ツンベアーの圧倒的なパワーの前にキバゴはあっさり戦闘不能に。悔しさをあらわにするアイリスは、胸に秘めたある思いをサトシたちに語りだす･･･。

シューティーとのバトルの中で、ミジュマルの思わぬ弱点「水の中で目を開けられない」という事実を知ったサトシ。早速特訓をするため、大きな池のある場所にやってきた！他の仲間たちをアイリスにあずけて、つきっきりで特訓するサトシだったが、ミジュマルはなかなか目を開けられない。そんな中、サトシたちの帰りを待つアイリスがポケモンたちを遊ばせていると、草むらにひそんでいた"きのこポケモン"タマゲタケにズルッグが『ずつき』！すると、怒ったタマゲタケがみんなに向かって『どくのこな』を噴き出し、それを浴びたポケモンたちがどくにおかされてしまった！近くにポケモンセンターもないという危機的状況の中、頼れるのはミジュマルだけ･･･。一体どうなる！？

旅を続けるサトシたち。ランチタイムにふとしたことから、ガマガルをゲットしようと"しんせつポケモン"バニプッチでバトルをしていたシューティーに遭遇！だが、サトシのせいで逃げられてしまう。あきれたシューティーはその場を去ろうと背を向けるが、サトシはバトルを申し込む！断ろうとするも、アイリスに「逃げるの？」とからかわれたシューティーはこの挑戦を受け、３対３のバトルをすることに！サトシが最初に出したのはツタージャ！一方シューティーはツタージャの進化形、ジャノビーを送り出す！３度目のライバルバトル、勝つのは一体どっちだ！？

ライモンシティへの長旅に備え、ゆっくり眠っているサトシたちの元に、突如謎の飛行物体がものすごい光を発しながら飛んできた。その動きはまるでＵＦＯのよう･･･。夜が明けてすぐ、その謎の飛行物体の情報を聞いて回ることにしたサトシたちは、イモリという名の博士が町外れの研究所に住んでいると聞かされる。話を聞くため、研究所に向かおうとしたサトシたち。だが、目の前まで来たところで３人を不思議な現象が襲う！突然頭の中に、見たこともないイメージが浮かんだのだ！急なことに不安がる３人。そして、その様子を物陰から見つめる影が。指先のライトを不規則に点滅させる"ブレインポケモン"リグレーだ･･･！

サトシたちがいつものようにバトルの特訓をしていると、１体の"わたたまポケモン"モンメンが現れた。デントが言うには、この時期になるとモンメンは集団で行動し、カップルになって飛び立っていくらしい。このモンメンはその群れからはぐれてしまったようだ。しかしそれには理由があった。ズルッグが草の茂みの先でもう１体モンメンを見つけたのだ！どうやら最初に出会ったモンメンは、このモンメンのことが好きで追ってきたようだ。カップル成立のためには自分の強さを見せつけなければいけないのが、モンメンたちのルール。だが、最初に出会ったモンメンはバトルにあっさり負けてしまう。悔しそうに追いすがる姿を見たサトシたちは、バトルの特訓をすることに･･･。

ライモンシティへ向け旅を続けるサトシたちの前に"たいでんポケモン"シママを連れたトレーナー・ケニヤンがバトルを挑んできた！このバトルに名乗りをあげたのは、なんとみずタイプのミジュマル！自慢のホタチでどんな攻撃もはじき返して見せるとやる気十分。バトル序盤はでんきタイプのわざを華麗にかわすミジュマルだったが、シママの強烈な「にどげり」を受けたその時、大事なホタチが遥か彼方に飛ばされてしまった！慌てて探しにいくミジュマルとサトシ。しかしホタチはどこにも見当たらない･･･。最大の武器を失い、がく然とするミジュマル。そんなミジュマルのためにサトシたちは、ホタチの代わりになりそうなものを探し始めるのだが･･･。

キバゴとズルッグのバトル特訓中、森の茂みの中からポケモンの雄叫びが聞こえてきた。その声の主は"ほらあなポケモン"クリムガン！しかもいきなり『きあいだま』で攻撃をしかけてきた！あわててかわすサトシたち。するとクリムガンの後を追うように一人のトレーナーが。エミーという名の少女はクリムガンのトレーナーで、突如暴れ出したクリムガンを見失っていたらしい。ドラゴンタイプのポケモンにひと際興味津々のアイリスが、近付いて様子を見てみると、クリムガンの足に太いワイヤーが絡まっていた。どうやらこれが原因で暴れていたらしい。そんなアイリスの姿を見ていたエミーは、ドラゴンタイプのポケモンの育て方を教えてほしいとアイリスにお願いする･･･。

ライモンシティを目指して旅を続けるサトシたちは、急な雨に降られ雨宿りできる場所を探していた。何とか丘の上の洋館にたどりついたサトシたちは、少しだけ休憩させてもらうことに。だがその時、棚や花瓶がひとりでに動き出し、サトシたちめがけて襲いかかってきた！慌てて逃げながらも、ピカチュウの１０まんボルトで何とか振り払おうとするサトシたち。実はこれ"ろうそくポケモン"ヒトモシの仕業！それに気づいたサトシたちは何故こんなことをするのかと問いただす。そんな様子をモニター越しに見つめる影が･･･。この屋敷に隠された恐ろしいヒミツが明らかになる！