カミツレとのジム戦を前にして対策を練るサトシ。カミツレの強力な電気タイプのポケモンに対抗するため、カミツレのポケモンにダメージを与えにくいピカチュウを外してジム戦のメンバーを立てることにした。やる気いっぱいのピカチュウはそんなサトシに不満な様子だ。
そして始まるジム戦。カミツレの"らいでんポケモン"ゼブライカに対し、サトシは"しんどうポケモン"のガマガルで対抗する。じめんタイプを持っているガマガルにはゼブライカの電気ワザは効かないのだった。サトシの作戦通りゼブライカに勝利するガマガル。しかし、次の相手"モモンガポケモン"のエモンガを前にして、1試合目で体力を使ったガマガルに疲れが見えてきたようで･･･！？

4個目のジムバッジをゲットしようとライモンジムに来たサトシたちとベル。ライモンジムは、電気タイプのポケモンを操る売れっ子モデルのカミツレがジムリーダーをつとめているという。
早速ジム戦にのぞもうとするベルだが、なんとバトル・フィールドではベルの父がベルを家に連れ帰るためにジムで待っていた。ベルは父になんとか旅を続けたいと説得を試みるが、父は全く聞く耳を持たないのだった。
そこで、カミツレは自分とベルのジム戦をベルの父に見てもらって、どれだけベルが成長したのかを見てもらうことを提案する。父の言葉から、カミツレとジム戦をして、負けたら家に帰ると父と約束をしてしまったベル。
そして、カミツレの"らいでんポケモン"ゼブライカとアイリスの"マイマイポケモン"チョボマキの白熱のバトルが始まる。

ライモンシティに到着した一行は、地下鉄でポケモンセンターへ向かうことになった。
地下鉄の運転席を大興奮で凝視していたメトロソムリエのデントだが、列車は緊急停止してしまう。窓の外の様子をうかがうと、すぐ隣の線路を見たこともない車輌が通り過ぎたのだった。
ライモンシティの地下鉄を管理するサブウェイマスターのノボリ、クダリと合流した一行。二人によると、最近ダイヤにない"幽霊列車"が現れるようになったのだという。
幽霊列車の正体が気になりながらも、ポケモンセンターに向かった一行。通常のポケモンセンターにはない、ポケモンたちの心と体を癒す特別なサービスがあると聞いて、サトシたちはすべてのポケモンたちを預けることにするが！？

ライモンシティを目指して、とある山へとやってきたサトシたち。嵐のせいで荒れている山道を進んでいると、"ひょうけつポケモン"のクマシュンが倒れていた。
クマシュンの元気を取り戻すために食べ物を探すサトシたちだが、やっと見つかった木の実を手に取ると、いきなり"とうけつポケモン"のツンベアーが現れた。そんな中、ニャースはニャゴシエーターとしてツンベアーの興奮を鎮めようとするが、ツンベアーたちは容赦なく"こごえるかぜ"を放って襲ってくるのだった。
山の保安官クリフのポケモン、"武術ポケモン"のコジョフーによって、何とか危機一髪でピンチを切り抜けた一行は、クマシュンをなんとか元の群れに戻そうとするが！？

ニャースを加えたサトシたちは、ライモンシティに向かっていた。途中で日暮れを迎えた一行はキャンプの準備を始め、ニャースは薪によさそうな木の枝を探すことに。ニャースがなかなか見つからない薪を探しているとすると、"ブレインポケモン"のオーベムが現れて薪の束を差し出してくれた。
「どんな望みも叶えることができる」というオーベムは、料理に足りない材料を出してくれたりと至れりつくせり。そんなオーベムに、デントはリゾートホテルのスイートルームで眠りたいという願いごとを言う。
オーベムについて行くサトシたちは、なにもないはずの森の中に立派なリゾートホテルを見つける。不思議に思いながらも一行はそこに泊ることにするが！？

ひょんなことから一緒に旅をすることになったニャースと旅を続けるサトシたちは、1匹のチョロネコと遭遇する。
"しょうわるポケモン"チョロネコの可愛らしさに一目で夢中になってしまった、ニャースとミジュマル。二匹はなんとかチョロネコの気を引こうとやっきになって、アピール合戦をしている。チョロネコはそんな二匹に、「自分の友達が洞窟に閉じ込められている」と助けを求めてきたのだった。
昔チョロネコにひどい目にあわされたというデントは、チョロネコの言うことを信用していない様子。
だが、サトシ・アイリスとニャースとミジュマルはチョロネコを信じ、洞窟へとチョロネコについて行くことに決めて･･･！？

サトシたちは、4個目のバッジゲットを目指して、次のジムのあるライモンシティに向けて旅を続けていた･･･が、ボロボロになって倒れているロケット団のニャースと遭遇する。
サトシたちの手当てのおかげで、意識を取り戻したニャース。ニャースは、作戦を失敗して本部からクビを宣告され、ムサシ・コジロウと別れて、身も心もズタボロになってあちこちをさまよっていたのだという。そんなニャースをみて、一緒に旅をしようと提案するサトシ・アイリス・デント。ニャースはもう悪いことはしないと約束して、一緒に旅をすることに決める。
そんな時、ギバゴがズルズキンに誘拐されてしまって･･･！？

ドンジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」。着々と勝ち上がったサトシは決勝戦へと進んだ。
つづく準決勝第2試合はアイリスＶＳルーク。
大会での初バトルに臨んだアイリスのキバゴは、ルークのゴビッドの連続攻撃から、逃げるほかに術がないピンチに追い込まれる。しかし、キバコが土壇場で繰り出した新たな技により見事ルークのゴビッドを破り、アイリスは決勝戦への切符を手に入れる。
そして、迎えた決勝戦、サトシとアイリスの白熱のバトルが始まる！サトシ・アイリスが決勝戦で選ぶポケモンは！？運命のバトルを制して、ドンバトルの優勝者になるのは一体！？

ライモンタウンのポケモンバトルクラブのドンジョージが主催するバトル・トーナメント「ドンバトル」。サトシは2回戦でドラゴンバスター・ラングレーと激突し、絶体絶命のピンチに追い込まれる。ラングレーのコマタナの鋭い攻撃に苦しむ、サトシのツタージャ。サトシはこのピンチを抜け出し、準決勝に進出することができるのか･･･！？
そして続く、デントＶＳルーク、アイリスＶＳケニヤンのバトル。デントのマッギョとルークのメラルバ、アイリスのエモンガとケニヤンのダゲキが激しい火花を散らして衝突する！白熱のバトルの末に準決勝に勝ち残るのは、果たして･･･！？

いよいよ始まったライモンシティでの「ドンバトル」。ポケモンバトルクラブのドンジョージが主催するこのバトル・トーナメントで、サトシはカベルネと対戦！ガマガルの活躍により見事１回戦を勝ち抜いた。だが、デントＶＳシューティー、ベルＶＳケニヤンを始め、１回戦から白熱のバトルはまだまだ続く！ラングレー、アントニオ、サトシに続き、２回戦に進めるのは果たして･･･？
そして発表される２回戦の対戦カード。明らかになったサトシの対戦相手とは意外にも･･･！そしてツタージャに危機が迫る！？強敵を打ち倒し、サトシはドンバトル準決勝に進むことができるのだろうか？そして最後にドンバトルで優勝するのは一体･･･？

映画を完成させたサトシたちは、ドン・ジョージ主催のバトル大会「ドンバトル」へ出場するため、ルークと共にライモンタウンへやってきた。そこには今まで旅で出会ったたくさんのトレーナーが集まっていた！アクセントが難しいケニヤン。ポケモンソムリエールのカベルネ。ドラゴンバスターのラングレー。お騒がせ娘のベル。そして、ライバル・シューティー！さらには、デント、アイリス、ルークも参加を決め、サトシのやる気は最高潮！ドン・ジョージの開会宣言もそこそこに、１回戦のカードが次々と決まっていく。そしていよいよサトシの対戦相手発表の時。モニターに映し出されたのは、なんと･･･！