ふっかつそうを求めて、豊穣の神“ほうじょう”ポケモンのランドロスに祈る雨乞いの儀式を始めたサトシたち。しかし、そこへ現れたのはランドロスではなく、島を激しい騒乱に巻き込む風の神“せんぷう”ポケモンのトルネロスと雷の神“らいげき”ポケモンのボルトロスだった！魔除けの役割をしていた石碑のくさびが、何者かによって破壊されていたのだ！
２体の戦いを鎮めようと、なんとかランドロスを召喚したサトシたちだったが、その戦いの途中で“きば”ポケモンのキバゴと“あやつり”ポケモンのゴチミルがひどく負傷してしまう。さらにロケット団が戦いで疲れ切ったボルトロス・トルネロス・ランドロスの３体の伝説のポケモンを捕えようと企てていて…！？

ふっかつそうを持ってきたらジム戦をしてもいいというヤーコンの言葉で、サトシたち一行はふっかつそうが取れる島ミロス島に向かうことにする。
ミロス島に着いたサトシたちはふっかつそうを相棒の“はなかざり”ポケモンのドレディアに協力して取って来てもらっているという青年、ユウトと出会う。ユウトによると、最近ミロス島の土地が痩せてきてしまったためか、草タイプのポケモンの元気が無くなり、さらにふっかつそうも枯れてしまっているのだという。
ユウトとサトシたちは、ミロス島の伝説にしたがって、豊穣の神“ほうじょう”ポケモンのランドロスに祈る、雨乞いの儀式をすることにするが、そこに風の神“せんぷう”ポケモンのトルネロスが突然現れて…！？

ホドモエジムでのヤーコンとのジム戦に向け、特訓に燃えるサトシ。だが、その前にデントの兄弟でサンヨウジムのジムリーダーの一人、ポッドが現れた。
ポッドはデントの修行の成果を知るために、ポケモンバトルをしたいといきなり言い出す。そこで始まる、兄弟バトル。ポッドは相棒の“こうおん”ポケモンのバオップで、一方デントは“くさざる”ポケモンのヤナップで勝負に臨み、見事デントが勝利する。
デントに負けたことをバオップのせいにしたことを責められ、その場を走りだして行ってしまうポッド。
どうやら、ポッドはジムリーダーとして戦い方のスランプに陥って、コーンとも喧嘩をして家出をしてきたようで…！？

ホドモエシティに到着したサトシたちは、ジム戦に挑戦すべくホドモエジムに向かった。しかし、ジムリーダーのヤーコンは何やら取り込み中らしい。そこでジムの再開を待つ間、ホドモエのマーケットを散策することにした一行は、バイク乗りのチャールズとその相棒“からぬけポケモン”のアギルダーと出会い、案内をしてもらうことに。
マーケットを散策中の一行は途中で泥棒と出くわすが、そこへこの町のローカルヒーロー“快傑ア☆ギルダー”とアギルダーが現れ、犯人逮捕に協力するのだった。“快傑ア☆ギルダー”のファンになったサトシ。
夜に港の倉庫街にアギルダーが現れるかも知れないという情報をチャールズから得て、倉庫街に行くことにするが…！？

ホドモエシティへと旅を続けるサトシ達は、途中でポケモンの育て屋のボビーと、3匹の“そぼうポケモン”のモノズと出会う。
3匹のモノズたちは、初めて育て屋に預けられてトレーナーを探すために脱走してしまったのだという。ドラゴンタイプの世話を経験したことが無く困っているボビーのために、竜の里出身のアイリスは世話の手伝いを申し出、サトシ達も一緒に手伝うことに。
早速世話を始めるサトシたちだったが、一匹だけ人見知りが激しく、育て屋に預けられて以来、ご飯を食べず元気のないモノズに苦戦する。アイリスはこの人見知りのモノズと何とか心を通わせようと奮闘するが…！？

ホドモエシティを目指す旅の途中、サトシたちは1体のゴチムとそのトレーナーのコハルと出会うが、コハルはわがままな"ぎょうしポケモン"のゴチムの言いなりになってしまっているトレーナーだった。ゴチムはサトシの"だっぴポケモン"のズルッグをすっかり気に入ってしまい、コハルはなんとかサトシからズルッグを譲ってもらおうと必死だ。
コハルはサトシにズルッグと自分の手持ちポケモンを交換するように迫る。しかし、拒否するサトシに、バトルをしてサトシが負けたらズルッグを譲るように迫るのだった。サトシはコハルの挑発に負けてしまい、ズルッグをめぐってのバトルが始まった。ズルッグの運命はいかに！？

ホドモエシティに向かうサトシたちは途中で寄ったポケモンセンターでポケモン専門のカメラマン「ポケモンフォトグラファー」のロバートと出会った。ロバートは同じくポケモンフォトグラファーだった祖父が撮ったという、四季それぞれ姿をした"きせつポケモン"のメブキジカが一か所に集まって写っている写真をサトシたちに見せてくれたのだった。ロバートは祖父と同じ場所に行って、春夏秋冬の姿をしているメブキジカが一か所に集まっている写真を撮ることを心に決めているのだという。そんな決意を聞いたサトシたちは、ロバートとともに、四季それぞれのメブキジカが集まる場所を探しに行くことにするが…。

ホドモエシティを目指し旅を続けていたサトシたちはとある町でダンスの練習をする"サボテン"ポケモンのマラカッチ達、「トリオ・ザ・マラカッチ」と、そのトレーナーのトビオと出会った。
トビオと「トリオ・ザ・マラカッチ」は、ライモンシティのポケモン・ミュージカルのオーディションに受かるべく、腕試しとしてこの町のポケモン・パフォーマンス大会に参加しようとしているのだと言う。
大会で優勝をするために、ダンスのクライマックスの大技を完成させようと練習を重ねてるトビオたち。しかし、なかなかクライマックスの技がうまくいかないマラカッチ達を見て、サトシたちは大技が決められるように手伝うことに決めるが！？

ホドモエジムに向けてライモンシティを旅立とうとしていたサトシたちは、パフォーマーストリートでライバルのシューティーと再会する。シューティーは子供のころにイッシュリーグチャンピオンのアデクと出会い、アデクを目標として強いポケモントレーナーになる決意をしたのだという。そのアデクが最近この近くに出現したという噂を聞いて、シューティーは探しているのだという。ついに、アデクと出会えたサトシとシューティーは早速アデクにバトルを申し込む。
そして始まったチャンピオンアデクとのバトル、アデクの"ずつきうし"ポケモンのバッフロンに対抗するため、サトシは最大の相棒ピカチュウで挑むが…！？

ジム戦を終えたサトシたちは跳ね橋が復旧するまで、ライモンシティで一日を過ごしていた。メトロソムリエのデントは地下鉄に乗って、すべてスタンプを集めるとサブウェイマスターと試合ができると言うサブウェイ・スタンプラリーをすることにした。一方サトシとアイリスはライモンシティの観光をすることにして、一同は別行動で一日を過ごすことになった。
ビッグスタジアムでの観戦やミュージカルの観賞などライモンシティの見物を楽しむサトシ達だったが、そこに一匹の迷子になった"キバポケモン"のキバゴを発見し、飼い主を探すことに。
そして、サブウェイ・スタンプラリーを続けていたデントは、大事な友達とはぐれてしまったという少女に出会い、友達を探す手伝いをすることになった。
サトシとアイリス、デントはそれぞれの探し物を見つけることができるのか！？