イーストイッシュ、サザナミタウンに到着したサトシたち。先客がいるというシロナの別荘に向かう車中で突然“せんりつポケモン”メロエッタが姿を現した！どうやらメロエッタはサトシを気に入って、ついてきたようだった。そして、別荘で待っていたのは、ヒカリと“ペンギンポケモン”ポッチャマ！実はヒカリはポケモンコーディネーターとしての腕を磨くために、イッシュ地方へ上陸していた。ジュニアカップに向けて共に合宿をすることになったサトシたち！そこでデントは「ポケモンコーディネーターのポケモンのテイスティングがしたい」とヒカリにバトルを挑む！その様子をロケット団が監視をしていて…！？

イッシュリーグが３ヵ月後に開かれることを知ったサトシたちは、デントの提案で、タチワキシティの名物・ツンベアーアイスを食べに行くことに。すると、なんとそこでシンオウ地方のチャンピオン・シロナと出会う！シロナは、カゴメタウンで開かれる「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」のエキシビションマッチに参加する予定だという。シロナのバトルが直接見られるだけでなく、その大会で優勝すれば、イッシュ地方チャンピオンのアデクとバトルができることを聞いたサトシたちは参加を決意。シロナと一緒にサザナミタウンへ向かう。その途中、とても珍しい“せんりつポケモン”メロエッタが目の前に現れる。だが、傷だらけのメロエッタは突然倒れてしまい…！？

イッシュリーグ出場をかけた８個目のバッジゲットのために、遂にタチワキジムの門をくぐったサトシ。ジムリーダーは、スーパーパンクバンド「ザ・ドガース」のホミカ！ジムは、なんとライブ会場兼バトルフィールドだった！バトル＆ライブ好きな観客に囲まれてアウェーな空気が漂うが、サトシはピカチュウの１０万ボルトでさらに会場を盛り上げる。そしてなんと！自信満々なホミカから、サトシは６体、自分は３体でバトルをしよう、ととんでもない提案が…！ホミカはカントーでゲットしたという“どくガスポケモン”ドガース！対するサトシは、ケンホロウでドガースの素早さに対抗するが、「ヘドロばくだん」を受けてしまいどく状態に！その後も容赦ないどくの攻撃が続く…！果たして、どうなる！？

遂に、ジムがある港町へと到着したサトシたち。デントによると、この町には古くから映画の撮影所があり、最近では映画のアミューズメントパークも完成したのだという。そこで偶然、ルークと“わるぎつねポケモン”ゾロアと再会を果たす。映画監督を目指すルークは、そのアミューズメントパークのプレイベントに招待され、映画コンクールへ参加するためにこの町を訪れていた。コンクール参加者は、その施設の中の同じ設備・同じ設定で映画を作り、出来栄えを競うのだそうだ。ルークの提案で、サトシたちも映画づくりに協力することに。主人公は、イッシュ防衛隊・サトシ、ピカチュウ、チャオブー！主演女優のアイリスは、涙を流すのに大苦戦で…！？

船着場へ向かうサトシたちは、偶然、ドラゴンバスター・ラングレーと“ブリザードポケモン”バイバニラに出会う。ラングレーは「ポケモンの能力を高めるコケ」をもらうために、テッシード研究所へ向かう途中だった。興味をひかれたサトシたちも研究所へ行くことに。コケは“とげのみポケモン”テッシードが岩や石の成分を体内に取り込むことによって作られていた。すると突然、電気石で実験中の部屋からコケが大量発生！研究所を覆い尽くしてしまう！！慌てて避難したサトシたち。だが、アイリスがキバゴ、ミジュマル、苦手なこおりタイプのバイバニラと共に、研究所の屋上に取り残されてしまった！バイバニラと迫りくるコケにおびえるアイリス…！一体どうなる！？

残り１個のバッジをゲットするため、ソウリュウジムへ出発する準備をしていたサトシたち。すると、デントを探していたという男が現れ、３人は突然車の中へ押し込まれてしまう。サトシたちはチカクノタウンのお金持ち、ハットリ邸に到着。聞けば、ハットリ氏の愛娘モモッチが初めてポケモンを持つことになり、優秀なAクラスポケモンソムリエに、パートナーを選んでほしいというのだ。そこにもう１人招かれていたのはピノ・ノワール。“ねっこポケモン”チュリネがパートナーにふさわしいと断言するが、浮かない表情のモモッチ…。デントはモモッチの香りをヒントに吟味をする。そこへ、Sクラスポケモンソムリエ・タベルネが乱入！！なんだかどこかで見たことがあるような…！？

７個目のバッジをゲットするため、セッカジムの門を叩いたサトシ。目の前には氷のバトルフィールドが広がっていた！ジムリーダー・ハチクはこおりタイプのポケモンの使い手だ。“ひょうせつポケモン”バニリッチに対するは、こおりタイプと相性の悪いワルビル！バニリッチは、反撃のスキすら与えず攻め続ける…！相当のダメージを負ったワルビルは一旦モンスターボールへと戻った。だが、こおりタイプに相性の良いかくとうタイプのズルッグが、ジム戦初出場にして大健闘！最後に迎えた敵は、白き氷の王・ツンベアー！サトシはワルビルの「絶対に負けない」という気持ちを買って勝負を掛ける！ツンベアーにライバル心を抱くワルビル！果たして…！？

セッカシティ近くの山を旅するサトシたち。危うく崖から岩が落ちて来たところを、山のふもとで修業をしていたハチクと“とうけつポケモン”ツンベアーに救われる。実は彼らは、有名な映画「氷の三部作」に出演していた映画界の大スターだった。さらにハチクたちの修行風景も見せてもらい、映画ソムリエのデントは大興奮！
すると、突然山が暗雲に覆われていく…。心配になったハチクとサトシたちが山へ向かうと、ポケモンハンター・リンゾーが“ふゆうポケモン”ブルンゲル２体を率いて、山の守り神である“たいようポケモン”ウルガモスを捕獲していた！サトシはワルビルでバトルを挑むが、ワルビルも捕まってしまう！一体どうなる！？

アスチルベタウンのバトルクラブで一休みをするサトシたち。そこで出会ったスワマという少年は、サトシのポカブの元トレーナーだった！なんと、「バトルの才能がない」という理由でポカブを捨てたスワマ。自分勝手な行動を非難したサトシに対し、スワマは「いかにポカブがダメなやつか、俺がダブルバトルで証明してやる！」という。一方ポカブは昔の思い出に浸り、バトルに気が進まない様子。ポカブの活躍ぶりや日々の努力を知るツタージャは、自分もバトルに出たいと申し出る。相手はほのおタイプの “アリクイポケモン”クイタランと、ポカブの最終進化形“おおひぶたポケモン”エンブオーだ。ツタージャは、不利な相性に負けじと気迫でバトルに挑む！その時ポカブが…！？

「時の門」と呼ばれし、ネジ山に存在する時空のゆがみ。ロケット団は、「時の門」から過去の世界にタイムスリップすることを計画していた。絶滅したとされる過去のポケモン達を大量にゲットし、戦力を増強させてイッシュ地方の征服を目論んでいたのだった！！その「時の門」を安定させるには“こだいがめポケモン”プロトーガの生体エネルギーが必要なのだ…。
遂に、ロケット団の化石復元装置によって、プロトーガは現代の世界に復活させられてしまった。戸惑い、逃げ出すプロトーガ。サトシたちはプロトーガを保護し、森の中へ逃げ込むが、再びロケット団に襲われてしまう！すると突然プロトーガが光り始めて…！？一体どうなる！？

セッカシティに向かうためにネジ山の洞窟を抜ける途中、迷子になってしまったサトシたち。何かを打つ音がする方向を頼りに歩いた先で、フジオと出会う。フジオは大きな岩を持って興奮した様子。なんと！アマチュアポケモン考古学者として長年研究を重ねてきた、“こだいがめポケモン”プロトーガの化石を発掘したのだった。大昔に絶滅した、と云われるプロトーガ。だがフジオは、子供の頃、生きているプロトーガと遊んだことがあるという…。ネジ山の探検中に、突然、プロトーガのいる世界へタイムスリップした不思議な経験を持っていた。興味津々で話に聞き入るサトシたち。と、その時、ロケット団にプロトーガの化石を奪われてしまい…！？

セッカシティに向かう途中のサトシたち。サトシのクルマユ、アイリスのエモンガのバトルの練習中に、なんと、クルマユが“こそだてポケモン”ハハコモリに進化をした！ハハコモリは、挨拶代わりに葉っぱで服を作る習性を持つ。まずはピカチュウたちに葉っぱの服を作り、大喜びのキバゴには葉っぱの仮面も作ってあげたのだった。
その後、サトシたちはお昼寝をすることにしたのだが、キバゴがアイアントにさらわれてしまう。どうやら葉っぱの服を着たキバゴを食料と間違えてしまったらしい！キバゴを探すため、ハハコモリの糸を頼りに迷路のような巣窟を進むサトシたち。だが、そこには大量のアイアントが…！どうなるキバゴ！？

ますますヒートアップする肉弾戦バトル・トーナメント「ドンナマイト」。準決勝対戦カードは、ベルのエンブオーＶＳケニヤンのダゲキ。パワーが持ち味のエンブオーに対するは、スピードのダゲキ！ビルドアップにより攻撃力が増したダゲキは、得意のからてチョップでエンブオーに襲い掛かる…！
さらに、サトシＶＳマサオミのバトルが幕を開ける。マサオミのパートナー・ナゲキの気迫に圧倒されるサトシのズルッグ。ズルッグは、まだコントロールが完璧ではない「きあいだま」で勝負を掛ける！さらにズルッグの得意な接近戦に持ち込み、とびひざげりでナゲキのパワーに挑むが…！？どうなるサトシ！？決勝に勝ち上がり、優勝を手にするのは誰だ！？