シロナの別荘で特訓中のサトシたち。「自分もバトルをしたい」とメロエッタがミジュマルに挑戦状を！その時突然、サトシたちを悪党だと思い込んだ青年ラリーと“ゴーレムポケモン”ゴルーグが攻撃を仕掛けてきた！とっさにメロエッタがサトシをかばい、サトシたちは誤解を解くことができた。
なんと、ラリーとゴルーグはメロエッタを保護するために、各地を探していたのだという。元々、森の奥深くにある秘密の場所に住んでいたメロエッタは何者かに襲われ、偶然サトシたちに出会ったのだった。
と、その時！怪しげな監視メカを見つけたサトシたち！この場所も危険であることがわかり、メロエッタを守るため、大急ぎで別荘を出たが、なんと目の前に突如ロケット団のボス・サカキが現れ…！？

イッシュリーグ出場に向けてシロナの別荘でトレーニング中のサトシたち。ズルッグときあいだまの練習をしていると、森の向こうから悲鳴が聞こえてきた！そこにはケンカをしている“ヒナわしポケモン”ワシボンと“おむつポケモン”バルチャイの姿が…！きあいだまの練習で飛んだ岩のかけらが頭に当たってしまい、ワシボンの勘違いでバルチャイのせいになってしまったようだった！
するとそこにポケモン保育園の新米保育士レイラ先生が現れ、２体はいつもこの調子でケンカをしてしまうのだと嘆く。保育園に戻っても相変わらずケンカの絶えない２体…。デントは、ポケモンソムリエとして原因を探ることに！そんな中、レイラ先生に注意をされたバルチャイが保育園から逃げ出して…！？

ジュニアカップの会場で出会った少年：コテツの、８個目のバッジゲットに付き合うことを決めたサトシたち。セイガイハジムへ行くことになった一行だったが、道の途中で、サトシとコテツはデント・アイリスとはぐれてしまう！おっちょこちょいなトレーナーに苦笑いする“はもんポケモン”リオルとピカチュウ。さらなる数々の試練が待っていて…！？
そして、コテツの特技に助けられ、どうにかジムへ到着！そこには水タイプジムらしい、湾の中に作られたフィールドが広がっていた。ジムリーダー・シズイは“ふゆうポケモン”ブルンゲル、対するコテツは“とげだまポケモン”ナットレイでバトル！１０まんボルトでブルンゲルに大ダメージを与えるが、そのあと、予期せぬ事態が…！？

「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」で優勝したシューティーは、アデクのバッフロンとジャローダでバトル！自分の強さをアデクに証明するため、バッフロンの特性や弱点を研究しつくし、万全の体制で挑んだシューティー。対するアデクは、チャンピオンとして堂々とその全てを受け止めるのだった。そこには思いもよらない結果が待っていて…！？
そして、大会を終えたヒカリとポッチャマは、ミクリカップに出場するためにジョウト地方へ発つことを告げる。サトシは、まだ手合わせをしていないヒカリにバトルを申し込む！ピカチュウＶＳ“かざんポケモン”マグマラシ。お互いのことを知り尽くした相手同士の、旅の成果とも言えるバトルが繰り広げられるが…！？

遂に準決勝を迎えた「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！
サトシはワルビルで、アイリスのカイリューとバトル。ここにきて、ようやくカイリューとの息も合ってきたアイリスは、バトルをしている感触をつかんだ自信を持ち、順調にわざを仕掛けていく！一方、ドラゴンタイプと相性が不利なワルビルは、カイリューのわざを大量に浴びたため大ピンチに！！しかし、その時ワルビルの姿が…！？
そして、サトシとアイリスの白熱のバトルが続く中、シューティーは、どちらが勝ち上がったとしても通過点にしか過ぎないと余裕の表情だ。イッシュ地方チャンピオン・アデクに勝つことだけが目的のシューティー…。果たして、優勝は誰の手に！？

熱闘が続く「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」！
アイリスのカイリューは、ポケモンコーディネーター・ヒカリの“２ほんキバポケモン”マンムーと２回戦でバトル！１回戦でカイリューとのコンビネーションに大苦戦していたアイリス。序盤は指示を聞いていたカイリューだったが、今回のバトルもアイリスの思うようにはうまくいかず…！？一方は抜群のコンビネーションのヒカリとマンムー。次々にわざをヒットさせる！このバトル、果たしてどうなる！？そして、デントはシューティーとドンバトル以来、２度目のバトル！“ロイヤルポケモン”ジャローダＶＳイシズマイ！ジムリーダーとしての威厳を掛けたテイスティングやいかに…！？

ポケモン映画１５周年スペシャル番組！
ポケモン映画の名シーンの数々をランキング形式で振り返るぞ！

思わず笑ってしまう楽しいシーンから涙なしでは見られない感動のシーンまで、ポケモン映画の名場面をぎゅっと凝縮した豪華ラインナップ。

さらに、絶賛上映中の『キュレムVS聖剣士ケルディオ』
短編映画『メロエッタのキラキラリサイタル』の見所も一挙紹介！

さらにさらに、ポケモン映画を音楽で振り返る「ピカチュウ・ザ・ライブ ２０１２」の模様もお届け！

遂に「ポケモンワールドトーナメントジュニアカップ」が開幕。優勝者はイッシュ地方チャンピオン・アデクとバトルができるのだ。
大会の目玉の一つ、エキシビションマッチはシンオウ地方チャンピオン・シロナの“マッハポケモン”ガブリアスＶＳイッシュ地方四天王・カトレアの“てんたいポケモン”ゴチルゼルのバトル。熱気に包まれた会場は、第一回戦でさらに盛り上がる。アイリスの“ドラゴンポケモン”カイリューＶＳドラゴンバスター・ラングレーの“とうけつポケモン”ツンベアー、大きな体の二体は迫力満点のバトル！カイリューは相性の悪いこおりタイプのツンベアーの攻撃を、なぜか真っ向から受けまくるのだった！困るアイリスの指示をことごとく無視し続けて、一体どうなる…！？

シロナの別荘で、朝の支度をしているサトシたち。すると突然、サザナミタウンの町中が停電になってしまった。ほどなくして、ジュンサーがシロナを訪ねて別荘にやってきた。ジュンサーによると、この町で有名な暴れ者の“ドラゴンポケモン”カイリューが原因で停電が起こったのだという。
だが、その話を聞いたアイリスは「絶対にドラゴンタイプには悪い子はいない！」と言い放ち、変電所へと駆け出してしまう。
アイリスに続き、サトシたちも変電所内部へ入ると、翼に傷を負ったカイリューが奥の部屋でうずくまっていた。だが、人間を警戒しているカイリューは暴れてしまう！天井が崩れたその時！アイリス、ミジュマル、ポッチャマが部屋に閉じ込められてしまい…！？

サザナミタウンで合宿中のサトシたちは、“ひょうけつポケモン”クマシュンを探す少年クリスと出会う。なんでも、クマシュンが密室であるはずのポケモンハウスからいなくなってしまったというのだ。心配になったサトシたちは一緒に探すことに。デントはソムリエ探偵としての力を発揮して、森の中で怪しい足跡を発見。この足跡の持ち主が、クマシュンを連れ去ったのだろう、と推理する。キバゴが果物の食べかすを見つけたことで、犯人に確信を持ったデントは、さらに森の奥へと進む。すると、目の前に、鼻水を垂らしながら果物を食べている“とうけつポケモン”ツンベアーが！まさか！？このツンベアーはクリスの…！？事件の真相やいかに！？

サザナミタウン・シロナの別荘で、ジュニアカップに向けて特訓に明け暮れる日々のサトシたち。息抜きをしたいというヒカリの提案で、珍しい“いわへびポケモン”イワークがいるといわれる無人島へ遊びに行くことに。海岸沿いの洞窟を探検中に、突然イワークに襲われる。なんとか逃げ切れたものの、サトシたちはアイリス・ヒカリとはぐれてしまった。一旦海岸へ戻ることにした道の途中で、またもや巨大なイワークが襲い掛かってきた！！じめん・いわタイプのイワークに対して、みずタイプのミジュマルとポッチャマが力を合わせて撃退！だが、更にたくさんのイワークが飛び出してきた！！すると、メロエッタが歌を歌い始め、その姿が…！？