４回戦に進んだサトシは、コテツとバトルをすることに！４回戦は６対６のフルバトル！！コテツが予告していた秘密兵器とは“きょうぼうポケモン”サザンドラのことだった！！対するサトシは“こうせきポケモン”ガントルで勝負を挑む！パワーのあるサザンドラに正確にわざを当てにいくガントル！果たして…！？
そして、コテツの最後の砦にして良きパートナー“はもんポケモン”リオル。対するケンホロウはスピードで勝負するが、リオルはなんとケンホロウに乗っかってわざを出しまくる！避けきれないケンホロウは大ダメージを受けて大ピンチ…！一見はちゃめちゃに見えるコテツの指示だが、リオルとのコンビネーションは抜群だ！すると、リオルの様子が…！？

白熱のバトルが続くイッシュリーグ・ヒガキ大会！２回戦を勝ち進んだサトシは、遂に３回戦へと駒を進めた。迎える３回戦の相手は、なんとケニヤン！ドンバトルや願いの鐘バトル、ドンナマイト…、あらゆる大会で共に戦ってきたケニヤンとサトシ。お互いの手の内を知っている仲なだけに、選ぶポケモン、わざを互いに予想し、バトルに挑む！！ケニヤンのゼブライカの新しいわざを覚で予想外の展開となるが、サトシのガマガルも負けじと応戦！そして、ケニヤンの最強のパートナー“からてポケモン”ダゲキに対するは一度バトルをして体力を消耗しているワルビアル！あくタイプはかくとうタイプに不利…。この状況をサトシはどう覆すのか！？

イッシュリーグ・ヒガキ大会は早くも中盤戦へ突入。サトシたちは一度宿舎へ戻ることに。すると、ピカチュウが気づく…キバゴがいない！！なんとキバゴは、漂う風船を追いかけて、うっかりサトシたちとはぐれてしまったのだ！！アイリスは必死にキバゴを探す。
一方、小さな路地を中心にキバゴを探すピカチュウたち。そんな中、ミジュマルは箱いっぱいに入った果物を路地裏で見つけ、それを全部平らげてしまう。だが、それは路地裏に住む“ゴミすてばポケモン”ダストダスが近所の人にもらった食料だったのだ。果物がなくなり、悲しむ“ゴミぶくろポケモン”ヤブクロン。キバゴを見つけ、ほっと一息したピカチュウたちの下へ怒りのダストダスが…！一体どうなる！？

大激戦が続くイッシュリーグ予備戦、サトシのピカチュウＶＳシューティーのジャローダのバトル！ジャローダ得意の必殺技、ドラゴンテールとまきつくの連続攻撃が決まり、大ピンチのピカチュウ。10万ボルトで必死に応戦するも、ジャローダには秘策が…！？シューティーに今度こそ勝ちたい！サトシとピカチュウは勝利をもぎとることができるのか！？
そして、ライバルたちも予備戦で白熱のバトルを繰り広げる！本戦１回戦ではコテツとベルの対戦が決まった！ダイケンキＶＳシュバルゴのバトルでは、シュバルゴがてっぺきで防御力を上げ、ダイケンキの攻撃がなかなか決まらない。困ったコテツは、バンダナを引っ張って秘策を練ろうとするが、果たして結果は…！？

遂にイッシュリーグが開かれるヒガキシティに到着したサトシたち。ベルやケニヤン、シューティーや、バージルと再会する。無事に大会へのエントリーを済ませ、各々の宿舎へ戻ろうと歩いていると、林の中に見たことのあるテントが…！なんと、今度こそ遅刻しないようにと、コテツとリオルが３日も前から待機していたのだった。だが、よくよく話を聞くと、まだ大会にエントリーしていないのだという。驚いたサトシはコテツを連れて、受付終了のアナウンスが流れる中、急いでエントリー受付へ！果たして間に合うのか…！？
そして、いよいよ予備戦が開幕！因縁の対決再び！？サトシの相手はシューティーとジャローダだ！対するサトシが選んだポケモンは…！？

ヒガキシティ近くの峠にやってきたサトシたちは、岩でふさがれている道を無理矢理通ろうとして、崖から落ちてしまう。その時、“しんかポケモン”イーブイを連れた青年バージルと“たいようポケモン”エーフィに助けられる。バージルは、父や兄と共にポケモンレスキュー隊を組み、街を守っているという。バージルのチーム名は「チーム・イーブイ」。イーブイとその進化形７体と共に活動をしているのだ。そんな中、ダムで事件が発生。バージルの兄・デビーが現場へ急行するが、好戦的な“けっしょうポケモン”フリージオはダム管理室の扉を凍らせ、デビーを閉じ込めてしまう！さらなる緊急事態に、バージルとサトシたちは応援へ向かう。チーム・イーブイの実力発揮なるか…！？

ソウリュウシティに到着したサトシたち。ソウリュウジム・ジムリーダーであるシャガとバトルをすることになったアイリスは気合十分。だが、苦手なシャガの事を思うといてもたってもいられない…。アイリスは心を落ち着かせるためにソウリュウシティ鉄塔へ登り、騒ぎを起こしてしまう。だが、ソウリュウ学園生活時代の寮母、マーサさんや、学園のポケモン、“あごオノポケモン”オノンドとの再会を通して、再び気持ちを奮い立たせるのだった。
初めてシャガとバトルをした時、アイリスの身勝手に対してドリュウズは心を閉ざしてしまった…。今度こそ、２人のコンビネーションで勝つ！アイリスは全力でシャガに立ち向かう！“ちていポケモン”ドリュウズが“あごオノポケモン”オノノクスとリベンジバトル…！！一体どうなる！？

イッシュリーグが開かれるヒガキシティへ向かうサトシたちは、途中、アイリスの故郷、竜の里に立ち寄ることに。
オババ様に旅の報告をし、アイリスの幼なじみ、ショウブにも再会。そこへショウブが育てている“らんぼうポケモン”ジヘッド２体も現れた。同じ日にタマゴからかえった兄弟分で、お兄さんの方は今日はなぜか元気がないという…。サトシたちがショウブの家でご飯を食べていると、弟分のジヘッドがなにやら慌てている様子でやってきた。ジヘッドについていくと、お兄さんのジヘッドが“きょうぼうポケモン”サザンドラへ進化！だが、サザンドラは自分の進化に驚き、突然暴れ始めてしまう！アイリスは「自分が何とかする」と言うが…！？

イッシュリーグが開かれるヒガキシティに向けて旅を続けるサトシたち。突然、“ゆうもうポケモン”ウォーグルと“もぐらポケモン”モグリュー、そのトレーナーの、ソラン＆リーク兄弟が現れ、サトシとデントにタッグバトルを挑んできた！！「ドリルウィング」、「ほーるバード」、「つばめクロー」など、誰も見たことのない、コンビネーション抜群の合体技を繰り出す２体！対するケンホロウとヤナップも負けじと合体技で応戦！果たして、結果は…？
そして、まだまだ強くなりたいという２人に、デントがポケモンソムリエとしてテイスティングを！大空と大地を制する彼らが、みずタイプのポケモンをゲットできれば、陸海空三拍子そろって世界最強に…！？一体どうなる！？

イッシュリーグの開催地がヒガキシティに決まり、シロナの別荘をあとにしたサトシたち。
森の中で、花園歌劇団のマヤと“スカーフポケモン”チラチーノ、ミズキと“はなかざりポケモン”ドレディア、シオンと“ブーケポケモン”ロズレイドと最悪な出会いを果たすことに。
チャオブーとミジュマルのケンカに巻き込まれたエモンガはマヤにぶつかってしまう。するとマヤは、エモンガ、さらにはツタージャをも「ぶちゃいく！」とののしり、アイリスはカンカンに！！
立ち去る３人をギャフンといわせるためにと、サトシとデントもドレスアップして、彼女たちの男子禁制の寮に向かう。「咲いてこそ華、負けて散ったら泥の中」！とんでもないバトルが幕を開ける…！？

イッシュ地方制圧計画「オペレーション・テンペスト」。ロケット団によって、海底の神殿に捕らわれてしまったメロエッタとサトシ、ピカチュウ。なんと、サカキはトルネロス・ボルトロス・ランドロス伝説の３体を使ってイッシュ地方を制圧しようと企んでいたのだった…。「うつしかがみ」の力で召喚された伝説の３体は、霊獣フォルムへとフォルムチェンジし、サカキの指示のもと暴走を始める！！なんとか脱出を果たしたサトシとピカチュウは、悲鳴を上げ、苦しみ続けるメロエッタの救出に向かう！！仲間のメロエッタを救うために、ピカチュウから放たれたエレキボールはとんでもないことに…！？サカキと、サカキの元に集うロケット団、サトシたちのイッシュ最大の戦いが始まる！！