大きな街・ミレニアムタウンでくらしているピチュー兄弟は、いつものなかよし。弟をリードするちょっと大人のお兄さんと、イタズラ大好きの弟。いっしょに遊ぶのが大好きな兄弟だ。

　さらに街には、なかよしのポケモンが４人いる。オシャレが大好きな女の子のムチュール。ちょっぴり気むずかしい男の子のブビィ。水遊びが大好きなウパー。のんびり屋で食いしんぼうのヒメグマ。みんな、ピチュー兄弟の友達である。

　ある日、いつものように６人で遊んでいると、ピチュー弟が、わがままを言い出した。それが原因ではじまる兄弟ゲンカ。そしてそのケンカはエスカレートし、兄弟の電撃が周囲をまきこんでしまう。そのさわぎの中、はぐれてしまったのはピチュー弟とウパー。２人の小さな冒険がスタートする。

　風船売りのおじさんを公園で発見した弟とウパー。イタズラ好きの弟は、こっそりと風船を手に入れることを思いつく。ところが、風船はむすび目がとれて急上昇。ヒモをつかんでいたピチュー弟は、空高く飛び上がってしまい…。