メガシンカを極め、最強の頂点の座を目指すアランの旅はまだまだ続く。

メガレックウザと共に消えた、伝説の巨石の行方を追うアラン一行とダイゴ達。

そこへ突如として海上にグラードンが現れたとの情報が入る。
現場へと急ぐ一行の前に、グラードンだけでなくカイオーガも現れ、更に天空からレックウザも降臨し、ついに伝説の３体が激突する！

果たしてホウエンの未来は！？アラン達は生き残れるのか！？

メガシンカ…紐解かれる新たな物語。
冒険の舞台は、カロス地方からホウエン地方へ。

メガシンカを極めるため、そして最強の頂点に立つため旅を続けるアラン。
ホウエン地方で彼を待ち受けていたのは、新たなメガシンカポケモン、そしてホウエン地方の頂点に君臨するチャンピオン・ダイゴだった。

立ちはだかるダイゴとの壮絶なメガシンカバトル。

激闘の中、突如あらわれた謎の男。

そして、ホウエン地方に眠る伝説の巨石。

全てのカギが揃い、メガシンカの謎が徐々に解き明かされていく。
そのルーツに触れしとき、はるか天空より伝説のポケモン・レックウザが出現！
ホウエンを揺るがす壮絶な戦いが幕をあける！！

この物語は１人の青年トレーナー・アランとそのパートナー・リザードンを中心に展開される。

「メガシンカを極め、全てのメガシンカポケモンを倒し、最強の頂点に立つ」
それがアランの旅の目的であった。

その目的を果たすため、強敵たちとのメガシンカバトルを繰り広げていく。
アランたちの戦いはカロス地方の四天王・ズミのメガカメックスとも……。

そして、旅をする中で新人トレーナー・マノンと出会い、共に旅をすることになる。