衝撃ゴウライガン！！

遂に地球に到達してしまった1000人兵。絶望する光人たちの前に真界皇が現れる。果たしてその真意は？そして「大いなる力」は発動するのか？叫べ魂で！見せてやれ！衝撃ゴウライガン!!

置き手紙を残し、失踪してしまったリンを探して町を彷徨うゴウ。ジンもまた、リンを探し求めていた。シンジの気持ちが自分にないと気付いたルリカは、恐ろしい憎悪を燃え上がらせる。その頃、ヒトミはリンを発見して…。

1000人兵の先遣隊・騎馬陰人が地球に到達した。迎え撃とうと光人たちを鼓舞するゴウだったが、光玉、そしてリンの件でライたちの信用を失ってしまっていた。己の行いを反省し、独り騎馬陰人に立ち向かうゴウだったが…。

光玉の件がライたちのチクリによって真界皇にバレてしまったゴウ。叱責を受けたゴウは、1000人兵が地球に到達する前にリンを探し出す決意を固める。リンの行方を探すゴウたちの前に先輩光人のハクが助けを求めてやってくるが…。

若林シンジとして行動しているジンは、シンジの生業である社長業でも頭角を現し始めていた。レジャー開発に関わる全ての事業を潰して行くシンジを疑問に思う神崎ルリカ。一方、光玉の一件でライたちに頭の上がらないゴウは、舎弟がやるべき仕事を押し付けられ憤慨していたが…。

おばあちゃんの発案で猫マタギ商店街の町おこしに協力することとなったゴウたちは、今流行の「ご当地ヒーロー」として町内の平和を守る使命を授かる。その直後、ホームレス山下とアサオカミレイママが、不気味な生物にさらわれて行方不明となる事件が発生する。早速、調査を開始するゴウたちご当地ヒーローだったが…。

猫マタギ商店街の福引きで特賞の温泉旅行を引き当てたゴウ。商店街のメンバー全員を引き連れて温泉旅館へと繰り出し、初めての温泉を満喫し大騒動を巻き起こす光人たち。ところが、メンバーの中にマギーが紛れ込んでいることが判明する。光人たちは気付かれぬよう密かに誰がマギーなのかを探り始めるが…。

遂に５人の光人が揃った。1000人兵を倒すには５人で発動させる「大いなる力」が必要不可欠。しかし、５人揃っただけでいい気になったゴウたちは「大いなる力」が発動するかどうかの確認もせず、まずはお祝いをしようとはしゃぎ出す。ホームレス山下の知恵や数々の情報を駆使して、ゴウたちが作ろうとしたものとは？

全てのマギーを悪と考える陰人のガンは、「絶対正義」の信条を掲げ、罪なきマギーまでも抹殺しようとしていた。同じ頃、ヒトミは友だちの佳代から、婚約者である良太を紹介されていた。しかし、良太の正体はマギー。ヒトミは結婚を反対するが、理由を知らない佳代と喧嘩になってしまう。そこに良太を狙うガンが現れて…。

美しいものに興味がある陰人のショウは、地球で１番美しい女の姿を手に入れようと、自称私立探偵の橘アキコらを巻き込んで騒ぎを起こしていた。その頃、ゲキまでも居候することとなり、店番に必要なことを教える係をヒトミが引き受ける羽目に。様々な美女の姿となって街を闊歩するショウは、遂にヒトミを発見して…。

亜力伯堂に住み込みで働くこととなったゴウとライ。しかし、店の手伝いばかりに精を出すゴウにライは呆れ顔。そんなある日、ゲームセンターの格闘対戦型リズムゲーム「ビートカイザーEX」で連戦連勝の凄腕が現れる。それこそが逃げ出した陰人のゲキだった。ゲキを打ち負かすべく、闇のゲーマーたちが集結するが…。

ジンの手引きにより地球へ向けて1000人兵が出撃したと知ったゴウは、地球を守るべく４人の陰人たちをねじ伏せて舎弟にしようと考える。一方、自由の身となった陰人のライは、大好きな酒と女をかき集めるために大暴れしていた。甘味屋で偶然ゴウと知り合ったヒトミだったが、ゴウの困った性分に振り回されて...。