アルティメット・スパイダーマン VS シニスター・シックス

スパイダーマンとスカーレット・スパイダーは、エージェント・ヴェノムの行方をスパイダー・ジェットで捜査する。すると、ドク・オックの古いラボから、エネルギー反応が。

シールドにドクター・オクトパスのスパイがいるという噂を聞き、スパイダーマンは調査を始める。そんな時、フィッツとシモンズが更新した訓練プログラムが暴走してしまう。

スパイダーマンたちは港でバトロックを発見し、マイルスはバトロックを倒そうとする。スパイダーマンはすぐに戦いに介入するが、マイルスは過保護だと不満をあらわにする。

ドクター・オクトパスと悪い魔術師バロン・モルドが、異次元のグリーン・ゴブリンを呼び寄せる。異変に気づいたドクター・ストレンジが、スパイダーマンの元へ駆けつける。

アーニム・ゾラとオクタビアスが手を組み、トライキャリアはヒドラ・アイランドに改造され、トリスケリオンは破壊される。スパイダーマンは、たった一人で悪に立ち向かう。

順調な毎日を送るスパイダーマン。メイおばさんが、実はピーターがスパイダーマンだと知っていたことも分かる。そんな中、逃げていたドクター・オクトパスが、町に現れる。