訓練のためとある渓谷へとやってきたカナタは、ノワールの力を借りずにエンダーズと戦おうとするも、危うくやられそうになってしまう。その時、遠距離から一撃でエンダーズを仕留めるクレイドルコフィンが現れる。「クラウディア」とそのメイガス「フラム」と名乗るコンビは、カナタにある相談をもちかけるのであった。

ノワールのマスターとなり、ドリフターとしての道を歩みはじめたカナタ。そんなカナタを一人前の男にしてやると言うトキオに、歓楽都市「デザイアネスト」に連れて行かれることに。そのことを知ったエリーとアンジェ、そしてノワールはカナタを連れ帰るためデザイアネストへと向かう。その頃、カナタは仮面を被った奇妙な人物と遭遇していたのだった。

「ノワール」と名付けられたメイガスは過去の記憶をいっさい失っていた。ノワールの手がかりを探るべく、彼女が眠っていたミュージアムを再訪するカナタ。そんなおり、バカラネストのマフィア「ランゲ」がロックタウンを訪れていた。そこでノワールは「シエル」という綺麗な歌声を持つメイガスと出会うこととなる。

ドリフターになることを夢見るカナタはある日、廃墟となったミュージアムを探索中、記憶を失った AI 搭載ヒューマノイド「メイガス」を発見する。そのメイガスは日常生活に必要なスキルが欠如したポンコツだったが、そこへ突如として人類の敵であるエンダーズが襲撃。カナタたちが住むロックタウンに危機がせまる。