人類に恐怖の警告を送ったのは、人類を脅かす宇宙生命体・スフィアであった！怪獣ジオモスと化して地球に侵入したスフィアは、大阪の街を大パニックに陥れた。ジオモスは、脱皮して更に凶暴化する。街を、人を救うため、スーパーＧＵＴＳは、ティガと共に戦ったＧＵＴＳ隊員たちと共同戦線を組む！

アークベリアルの猛威に限界まで追い詰められるゼロと仲間たち！だがギリギリまであきらめない勇気が奇跡を起こす。みんなの心の中の勇気が光となってバラージの盾があらわれる！その光の中でゼロは伝説の戦士・ウルトラマンノアと出会う。ノアの力を受け、ウルティメイトイージスを装備したゼロはついにアークベリアルを倒す！この宇宙に光がよみがえる！

仲間たちとの絆の力でウルトラゼロアイを取り戻し、変身するゼロ！炎上する要塞上でついにベリアルとの一騎撃ちがはじまる。ミラーナイトは宿敵アイアロンと激突！ダークゴーネの猛攻で危機に陥ったジャンバードは、エメラナ姫の決死の行動とナオの勇気で巨大戦闘ロボ・ジャンボットへと変形する！だが、カイザーベリアルは最強の姿アークベリアルへと変貌！ゼロ絶体絶命！

バラージの盾のあるという「鏡の星」に来た一行。その湖底で、ベリアルの闇に侵された鏡の騎士ミラーナイトが自らを封印していた。ランはゼロへと２度目の変身をし、闇の戦士へと変貌してしまったミラーナイトを救う。だが鏡の星にもベリアル軍の猛攻が！ウルトラゼロアイを奪われ、変身できずに帝国軍の要塞内に囚われてしまったラン！そこに巨悪・カイザーベリアルが現れた！

ラン（ゼロ）とナオはエメラナ姫の宇宙船ジャンバードに乗って、伝説の秘宝「バラージの盾」を求め炎の海賊と出会う。だが、炎の海賊の用心棒・炎の戦士グレンファイヤーが立ちはだかる！ランはウルトラゼロアイを着眼しウルトラマンゼロに変身！そこに暗黒参謀ダークゴーネが率いるベリアル宇宙艦隊が出現！ゼロとグレンは力を合わせてこれに立ち向かう！

Ｍ７８星雲「光の国」にダークロプス軍団が来襲！ウルトラマンゼロはウルトラセブンとの親子の絆でこれを撃退する！敵の正体をさぐるためウルトラ兄弟たちの力を受けて単身で別の宇宙へと挑むゼロ！その宇宙では復活したベリアルが銀河帝国を築き人々を苦しめていた。ゼロは勇敢な青年ランと一体化し、ベリアル銀河帝国の脅威に立ち向かう！

火星にある前線基地では新兵器“スペシウム砲”のサンプルが完成していた。スーパーGUTSのアスカとマイの両隊員は、その受領の任務に就く事になった。しかし、地球人の武力増強を快く思わない宇宙人・レギュランが妨害工作とばかりに先制攻撃を仕掛けてきた。人類の平和を守る総力戦が開始される！

特殊チーム・ナイトレイダーの孤門一輝は、スペースビーストと戦うため“ウルトラマン”と呼ばれる巨人に変身する姫矢准や、やがて彼の後を継いで“ウルトラマン”となり戦う千樹憐らを支えていく。そして強大な悪の巨人・ダークザギが姿を現した時、遂に孤門に“ウルトラマン”となって戦う力が託された。誰よりも“ウルトラマン”の使命を知る孤門は、最強の巨人へと変身する。その名は…!!

人類は宇宙開発に希望を求め、火星に前線基地をおいた。だがこの基地が突如、謎の宇宙生命体に襲われる。その時、光の巨人・ウルトラマンダイナが、特捜チーム・スーパーGUTSの隊員・アスカと一体化して戦い、基地を救った。だが、アスカは突然授けられた未知の力の大きさに思い悩む。一方、基地を襲撃した謎の球体が、地球にも飛来し、怪獣として出現する！

ウルトラマンティガが敗れた！人々の悲しみが天を焦がす。ガタノゾーアによって光を奪われ石像に戻されたティガを救うため、GUTSはマキシマ・オーバードライブのパワーを、かつてイーヴィルティガであったマサキが開発した光遺伝子コンバーターで変換して照射する作戦を実行する。 果たして光はティガに届くのだろうか？！

世界各地に出没した空飛ぶ怪獣ゾイガーのため、世界中は大混乱に陥った。そして、超古代の遺跡の底から最強の悪魔・ガタノゾーアが出現、この世を真の闇に閉ざそうとする。このまま、人類は闇に飲み込まれてしまうだけなのか？ダイゴはウルトラマンティガに変身して、ゾイガー・ガタノゾーアとの死闘を繰り広げるが…！

平和な山間に怪獣が出現！ボランティア員トウマ・カイトは行方不明の少年を探しに向かう。対怪獣防衛チーム「DASH（ダッシュ）」の戦闘機も不時着を余儀なくされる。そこに居合わせたカイトは、負傷したミズキ隊員に代わって戦闘機に乗り込み怪獣に戦いを挑む。しかし怪獣の攻撃で戦闘機は操縦不能に！
その時、天空から飛来した赤い光が墜落寸前の戦闘機を包んだ。その不思議な空間でカイトは光の巨人と出会う。

大都会・メトロポリスの上空に天使が出現し、人々の話題になっていた。だが、ＧＵＴＳの隊員たちは天使の裏に不吉な影を見る…。それは、地球人を扇動してウルトラマンティガを地上から抹殺しようという、キリエル人の恐るべきリベンジであった！さらにおぞましく強力な姿に変化したキリエロイドに、ティガは大苦戦を強いられる！