高次元捕食体ボガールとの戦いで倒れたツルギは、まばゆい光に包まれ、ウルトラの母とともに姿を消した。それから数日後、宇宙怪獣ディノゾールが再び地球に飛来し、強化復活を遂げる。地球防衛組織CREW GUYSは新たなマケット怪獣・ウインダムを投入するが作戦は失敗、メビウスも窮地に立たされる。その時、再び青い巨人が現れた！その姿はツルギ･･･いや！！

地球に現れ、命あるものを次々に捕食してしまうボガール。出現のたびにパワーアップし、ついに生ける火薬庫と化したボガール。地球防衛組織CREW GUYSは、ボガールを無人島の磁場フィールド内に追い込み爆破する作戦を決行した。メビウスも加勢し作戦成功と思われた時、作戦に巻き込まれた青き巨人ハンターナイトツルギが瀕死の重傷を負って倒れてしまう！

ある街で、突然一般市民が凶暴化するという謎の事件が多発していた。対怪獣防衛チームDASHも加わり捜査が進められていくうちに、加害者が共通して最新型のアンテナを備えた携帯電話を使用していたこと、さらに数十年前、同じ自販機のタバコを吸った人間が凶暴化する今回と似た事件（ウルトラセブン第8話「狙われた街」）があったことが判明。果たしてこの事件の黒幕は？！

以前メラニー遊星で出会った仲間・珍獣ハネジロー。地球平和連合TPCの生物工学研究所でそのハネジローとの再会を喜ぶスーパーGUTSのアスカ隊員とナカジマ隊員。だが直後、研究所のオオトモ博士がハネジローと共に失踪してしまう。博士の消息を追ったアスカたちは、地図にも載っていない孤島を発見、二大怪獣の死闘を目撃する！オオトモ博士の狙いとは一体？！

怪獣が町を破壊する中、助け合う幼い兄弟を発見したウルトラマンレオ＝おおとりゲンは、兄弟を救って病院へと運ぶ。だがその間に怪獣による被害が広がってしまった！レオに変身したゲンだったが、そこに弟の怪獣が出現、病院をかばいながらの不利な戦いに絶体絶命に陥る！ その時、宇宙から赤い光の球が飛来した。 レオの弟・アストラの登場だ！

かつて消息不明になっていた船舶や飛行機が突如出現するという怪事件が発生。地球平和連合TPCの特別捜査チームGUTSのヤズミ隊員は、同じ現象によって過去から現れた少女の調査を命じられた。折しもこれらの怪事件のすべては、時空間を操る超能力を持った怪獣の仕業である事が判明。世界を時空界へ呑みこもうとする怪獣の撃退作戦が始まる！

高次元捕食体ボガールの度重なる出現に幾度もピンチに陥っていた地球防衛組織CREW GUYSとウルトラマンメビウス。このピンチに駆けつける謎の青い巨人・ハンターナイトツルギ。ツルギからボガールの脅威を教えられたヒビノ ミライ＝ウルトラマンメビウスは、またもや出現したボガールに立ち向かうが、ツルギはメビウスもろともボガールを葬ろうとする！

トロヤ小惑星帯で起こった超巨大爆発。それは反物質との接触によって起こったものだった。出現した反物質は地球目掛けて接近！このままでは、太陽系全てが消滅してしまう。ウルトラマンガイア＝高山我夢は防御のためのシステムを開発して人類を守ろうとするが、その矢先にウルトラマンアグル＝藤宮博也が立ちはだかる！

深夜、対怪獣防衛チームDASH司令室のエイリアンスキャナーが反応した。場所はとあるスタジアム。ウルトラマンマックス＝カイト隊員とミズキ隊員が調査に向かうと、人間に化けていた宇宙人・スラン星人が姿を現す！地球を自分たちの第二の故郷にするというスラン星人。必死の応戦も空しく、カイトとミズキは宇宙船に捕らえられてしまう！

ウルトラマンエースに、ゾフィーが登場した名エピソード。
女性のＯ型血液を好む超獣アリブンタが地中で発見された。北斗星司はＯ型の南夕子の協力を得て地中へと向かったが、そこにはウルトラマンエースを抹殺しようとするギロン人の罠が待ち受けていた！ピンチを知らせるウルトラサインをキャッチした宇宙警備隊・隊長ゾフィーが、エースのもとへと駆けつける！

突如地球に接近してきたメラニー遊星。遊星が地球に似た自然環境が整っている事を知った特捜チーム・スーパーＧＵＴＳは調査におもむく。この時不思議な生物を見つけて後を追ったアスカ(＝ウルトラマンダイナ)たちは人工の洞窟を発見。その奥底で静かに眠る怪獣の姿を見る！そして、遊星の自然がホログラフィーである事を知ったその時…！

怪獣による絶対的危機を迎えた地球に、ウルトラマンメビウスが降臨。怪獣は撃退された。一度は全滅した防衛チーム・ＣＲＥＷ ＧＵＹＳも、新隊長が就任、そして新生クルー第１号にしてメビウスの人間態であるヒビノミライを中心に、チーム再編に動き出す。しかし、思うようにクルーが揃わず、さらにはＣＲＥＷ ＧＵＹＳ不要論まで飛び出す中、またしても怪獣が出現する！

かつてない最悪の敵、ハイパーゼットンに対し、ダイナやコスモスと力を合わせて戦うウルトラマンゼロ。ウルトラ戦士はこれまでも仲間と力を合わせ数々の敵と戦ってきた。最強合体獣、異形生命体、究極超獣…。ハイパーゼットンにも引けを取らない強敵たちを前に、絆の力で戦うガイア、コスモス、メビウス。ウルトラ戦士のコンビネーションバトルを見逃すな！