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イグニスがトリガーダークに変身してしまった！？
大混乱の事態の最中、ヒュドラムが姿を現し、さらには全てを喰らい尽くす伝説の魔獣メツオーガまでが出現してしまう！！ 事件が次々に起こる狂乱の中で、ケンゴたちは一体どうなってしまうのか！？　

強敵・アブソリュートディアボロを倒すため、リブットからグリッタートリガーの力を使いこなす手ほどきを受けるケンゴ。
そして、封印されていたナースデッセイの真の力を解放するため、奮闘するアキトとGUTS‐SELECTの面々！
一方その頃、特訓中のケンゴは―――何でダンスしてるの！？

宇宙から飛来した新たな脅威。それは黄金に輝く謎の巨人！
グリッタートリガーの力を使いこなせなければ、勝ち目はない…。だがその方法がわからないケンゴは、敗北を喫してしまう。更なる危機が訪れようとした時、現れたのは、新しいウルトラマン！？

タツミ隊長が行方不明に！？　ナースデッセイ号艦内に残された謎の痕跡。怪しい人影。
これは事件の匂いだ！！――と張り切るマルゥルと、事態に困惑する隊員たち。マルゥル探偵の”迷“推理が冴えわたる！！
メトロン星人の名にかけて！！

闇のトリガーと向き合うケンゴの前に、衝撃の真実が訪れる―――。それは運命に翻弄されたの超古代の記憶そのもの。
さらに、3000万年の悠久の時を超え、ユザレの願いが現代で光の奇跡を起こす！！　そして覚醒する最強のトリガーの姿とは！？

闇の巨人たちの猛攻が始まる！　カルミラはトリガーに執拗に迫り、その呪術でトリガーが闇に蝕まれていってしまう。ケンゴは必死に抵抗するが、その時！時空の狭間が生まれ、時間を超えて過去に飛ばされてしまう。たどり着いたのは、3000万年前の超古代！？

石板から今まで隠されていた新たな情報が見つかる！　だがそんな中、ユナにはダーゴンの魔の手が迫ろうとしていた！ ユナの危機を救うため駆け付けたケンゴとアキトだが、なんだかダーゴンの様子が普通じゃない…
えぇ！？　ダーゴンがユナに恋をした！？

ユナの１８歳の誕生日がやってきた！　でもそんなおめでたい日なのに、石化闇魔獣ガーゴルゴンが超古代から蘇ってしまう。怪獣が迫る中現れた謎の黄色い戦闘機、ついに語られるシズマ会長の過去、そしてユナの出生に隠された秘密とは一体！？

街で次々と電子機器に異常が起こる怪現象が多発する！！
それは世界中の重要施設にまで侵入し、影響を及ぼし始める。そして遂にはナースデッセイ号のシステムまで奪われてしまう！？
ナースデッセイ号を取り戻すため、ケンゴとハルキ、そしてGUTS-SELECTの仲間たちが共に立ち上がる！

ある日突然、空から正体不明のロボットが落ちてきた！
それに続くように次々とやってくる来訪者達。変な鳥を肩に乗っけた宇宙人、GUTS-SELECTとは違う謎の防衛隊員。そして……別のウルトラマン！！
トリガーとGUTS-SELECTの新たな戦いが始まる！？