いよいよバトルシティが開幕。闇遊戯は遊戯に「この闘いは自分を探す闘いになるはずだ」と告げる。舞、羽蛾、竜崎、梶木たちも姿を見せる中、海馬が開会を宣言！遊戯が最初に出会った相手は、城之内からレッドアイズを奪ったレアハンターだった!!

１週間後のデュエルモンスターズ大会を宣言した海馬。この町に強豪デュエリストが集結するのだ。参加資格となるニューディスクをなんとかを手に入れた城之内は、妹の手術に立ち会うために病院へと急ぐ。しかしその前に、レアカードを狙う集団グールズが立ちはだかる…！グールズの狙いは、城之内の持つ「真紅眼の黒竜（レッドアイズ・ブラックドラゴン）」だった！

自分が何者なのか知る決意をした闇遊戯は、杏子とともに古代エジプト展に向かう。そして地下展示場にある石版を見て、自分は古代に千年パズルに封印された王の魂なのだと確信するのだった。その頃、海馬はイシズから託されたオベリスクの巨神兵の力を試すため、最強デッキをセットされたデュエルロボとのデュエルを始めていた…！

表遊戯の計らいで、闇遊戯と杏子のデート。ダンサーになる夢を語る杏子に不良ダンサーが絡む。ダンサーとのデュエル勝負に勝った遊戯は杏子と共にエジプト展に向かう。

エジプト考古局のイシズが海馬を呼び出し、デュエルモンスターズの原点となった古代の壁画を見せる。海馬は古代エジプトでのデュエルのイメージを見る。さらにイシズは盗まれた神のカードのことを語る。

狂気に駆られたキースが、千年パズルをバラバラに壊してしまう。パズルが鎖に固定されているため、炎に囲まれながらパズルを組み立てようとする遊戯。はたして完成できるのか!?脱出できるのか!?

遊戯の千年パズルを奪い取り、デュエルを申し込む謎の占い師、実は何者かに操られたバンデット・キースだった！次々に繰り出される強力なレアカードに苦戦する遊戯。

遊戯は最も信頼するブラックマジシャンの召喚に成功。遊戯は勝利し、御伽は引き下がる。ＤＤＭはＤＭと並んで、偉大なるゲームデザイナー・ペガサスの遺産として評価される。

終盤戦。遊戯に新しいモンスターを召喚するためのスペースは残されていない。絶体絶命のピンチ。

遊戯は、ペガサスが残したもうひとつのゲーム「ダンジョン・ダイス・モンスターズ」での闘いに引き込まれる。御伽が勝ったら、遊戯は二度とデュエルモンスターズをプレイしないと約束する。慣れないゲームに苦戦する遊戯。