ブルーメイデンの前に、次世代のイグニスになることを目指すボーマンが立ちはだかる。アクアはボーマンの思想を拒絶し、ブルーメイデンは美優の意識を取り戻すために勝負を挑む。ハルを失ったにも関わらず、不気味なほど冷静なデュエルを続けるボーマンに対して、ブルーメイデンはアクアと共に臆することなく突き進む。

ウィンディの「嵐闘機(ストームライダー)」が次々に襲い掛かり、絶体絶命のピンチへと追いやられるSoulburner。だが、Soulburnerの胸中の炎は消えてはいなかった。ウィンディが自身のパートナーに手をかけた理由を知り、激高するSoulburnerは不霊夢と共に意外な行動に出る…。

復活したウィンディは、リボルバーとの決着をつける前に、ライトニングの作戦を遂行するためSoulburnerへと襲い掛かる。人間に対する憎しみが増幅したウィンディの激しい攻撃を前に、Soulburnerはどう立ち向かうのか!?

ライトニングの「裁きの矢」を逆手に取り、エクストラ・リンクを見事に打ち破り戦況を逆転させるスペクター。「聖天樹(サンアバロン)」で覆いつくされた戦場で、スペクターはハノイの騎士の目的であるイグニスのせん滅に向けて、ライトニングへと猛進する！

次なる標的としてスペクターを選んだライトニングは、「天装騎兵(アルマートス・レギオー)」と「裁きの矢(ジャッジメントアローズ)」で作り上げたエクストラ・リンクでスペクターを追い詰める。絶望的な状況となったスペクターだったが、彼はライトニングの戦術を突破するために用意した驚愕(きょうがく)の秘策を披露する。

「ミラーLINK VRAINS」へ突入したPlaymakerたちは、ライトニングのもとへと突き進む。その一方では、ライトニングの指示を受けたハルがブルーメイデンの前に立ちはだかり、デュエルを開始する。

リボルバーから共闘を持ちかけられたPlaymakerたちだが、怒りに震え反発するSoulburnerはリボルバーとのデュエルを開始する。リボルバーへ憎しみを爆発させたソウルバーナーが「転生炎獣(サラマングレイト)」で怒涛の展開をみせる一方で、対するリボルバーは意外な行動に出る…。

リボルバーから話したいとの連絡を受けたPlaymakerは、仲間たちを招集し指定された場所へと向かう。そこでPlaymakerたちはリボルバーから共闘を持ちかけられる。だが、ロスト事件により心に深い傷を負ったSoulburnerはリボルバーに対して反発し、遺恨を晴らすために決闘を挑む。

変わり果てたGo鬼塚の猛襲をなんとか耐えしのぐPlaymakerは、スキルを発動し逆転への道を突き進む。だが、Go鬼塚の「アンチスキル」によってスキルが無効にされてしまう。絶体絶命のピンチとなったPlaymakerに残された手段はあるのか！？

ライトニングの動向を調べていたPlaymakerたちは、SOLテクノロジー社に捕らえられていたアースの痕跡を「LINK VRAINS」内で見つける。現場へと向かったPlaymakerたちだったが、そこにはＡＩと一体化したGo鬼塚が待ち受けていた。歪(ゆが)んだ勝利への渇望(かつぼう)を燃やしPlaymakerへと襲い掛かるGo鬼塚は、驚愕(きょうがく)のモンスターをリンク召喚する…。

ライトニングの戦術を抑え込み、優勢に立つブラッドシェパードだったが、ライトニングは次々にモンスターを呼び出し、「ドローン」を迎え撃つ。やがて拮抗する２人の闘いは、誰も予測できない境地へと達する。果たしてブラッドシェパードは、人類を敵とみなしたライトニングを止めることができるのか!?

暗躍するリボルバーの行動を警戒するライトニングは、単独でイグニスを捜索するブラッドシェパードにデュエルを挑む。AIのせん滅を目指すブラッドシェパードは、これまでとは違う「ドローン」の新戦術でライトニングを圧倒する！

SOLテクノロジー社に隠された衝撃の計画を知ったブラッドシェパードは、財前の元を去り独自にイグニスの捜索を始める。そんなブラッドシェパードの並外れたハッキング能力に目を付けたリボルバーは、彼の元へと向かいイグニスをせん滅するために共闘を持ちかけるのだが…。