Aiに関する情報が記されたデータを受け取ったSoulburnerの元に、リボルバーが現れる。彼は自身の手でイグニスとの因縁を終わらせるため、Aiのデータを奪おうとする。Aiの情報をかけて、これまでのデュエルでは決着を付けられなかったSoulburnerとリボルバーによる２度目の対決が始まる。

Soulburnerとのデュエルを通し、進化していくロボッピは、変幻自在(へんげんじざい)の戦術でSoulburnerを追い詰める。「機塊(きかい)」の軍勢による激しい攻撃を耐えしのぐSoulburnerも、負けじと反撃の一手に出る。互角の闘いが続く中、ロボッピにある異変が起こる。

Aiの居場所を突き止めるためにロボッピとデュエルする事となったSoulburnerは、人間と共に歩む道を探すようにロボッピを説得する。だが、不気味な笑みを浮かべるロボッピは、Aiを苦しめている原因は不霊夢(フレイム)を守れなかったSoulburnerにあると言い放つ…。

閉鎖されていたはずの「LINK VRAINS」が突然開放され、Den Cityの人々が一斉にログインを始める。一方で、SOLテクノロジー社を乗っ取ったAiの手がかりを探すため、「LINK VRAINS」内の調査を始めたSoulburner。そして彼は、見たことのない孤島を発見し、そこに築かれた家電の国でロボッピと遭遇する。

財前とブルーメイデンは、お互いの戦術を駆使してAiの布陣を突破するが、Aiは新たな切り札を呼び出して再び２人を追い詰めていく。激しさを増すAiの猛撃を受けてもあきらめずに立ち向かう兄妹の強い絆は、やがて新たなエースモンスターを呼び起こす力となる！

ネット空間で財前とブルーメイデンを発見したAiは、SOLテクノロジー社のシステムを掌握(しょうあく)するために、彼らへデュエルを挑む。Aiの猛攻に対して、互いを守り合いながらしのぐ財前とブルーメイデンは、それぞれの想いを一つにして反撃に出る！

自らの計画を遂行するためにPlaymakerの仲間たちを次々に襲撃するAiは、ついに財前が避難している場所を特定する。そんなAiの動きを察知したリボルバーは、財前を守るためAiの行く手にパンドールを出撃させる。

施設の子供たちを守るために、復活したGo鬼塚は「剛鬼」による怒涛の攻撃で奮闘するも、Aiが呼び出した強力なモンスターにより一掃されてしまう。だが、不屈の闘志を燃え上がらせるGo鬼塚は、何度でも立ち上がりAiに挑み続ける。そんな姿を見たAiは、Go鬼塚に仲間を失った想いを口にする…。

ゴーストガールとブラッドシェパードを相手にトリッキーな戦術で２人を追い込むロボッピ。窮地(きゅうち)に立たされたゴーストガールは、ブラッドシェパードと協力して新たな切り札を呼び出し、反撃の態勢を整える。その一方で、Go鬼塚がオリジナルのAiを発見し、デュエルを開始する。

Aiと戦う決意を固めたPlaymakerは、財前を狙うAiを捜索する。しかし、見つけたのは時間を稼ぐために作られたコピーのAiだった。ほかの仲間たちも、現れたコピーAiとの戦いを繰り広げる中、ブラッドシェパードとゴーストガールは対戦相手を探していたロボッピと遭遇し、タッグデュエルを開始する。

SOLテクノロジー社の最高執行者・クイーンを襲撃したAiは、SOL社のシステム内部への侵入に必要なコードキーを奪うために財前に犯行予告する。これまで激闘を共にしたAiが人間を襲い始めた事実に、Playmakerは複雑な想いを抱く。一方で、リボルバーは対イグニス用AI「パンドール」を導入し、Aiとの決戦へと向かう。

Playmakerたちの活躍により、平穏が訪れた「Den City」。だが、その一方でAiはロボッピと共にSOLテクノロジ－社の船へと潜入し、最高幹部であるクイーンへの接触を試みる。Aiの目的とは…。

世界の命運をかけたボーマンとの激闘を終えたPlaymakerは、奪われた仲間たちの意識が解放されたことに安堵(あんど)する。だが、闘いによって力を使い果たしたAiや、ボーマンに取り込まれたイグニスたちが戻ることはなかった…。