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「人間」が持つ繋がりの大切さと「ＡＩ(エーアイ)」が求める絶対的なもの。お互いの意思を再認識したPlaymakerとAiは、闘いの終わりに向けて残された力を解放する。果たして二人のデュエルがたどり着く未来とは…。

イグニスを失った事によるAiの深い悲しみを知ったPlaymakerは、Aiに闘いを止めるように説得する。だが、決心したAiの気持ちは変わることはなかった。そして２人がしのぎを削るなか、AiはPlaymakerにある提案をする…。

次々に繰り出される攻撃を紙一重でかわすPlaymakerは、Aiの戦術の隙を突いて攻撃を仕掛ける。しかし、Playmakerを知り尽くすAiにとって、全ての行動は想定内だった。そして、Aiはイグニスたちの想いを集約させ、究極の「サイバース」を降臨させる。

Aiの居場所を知った遊作は、Den Cityの郊外にある島へと１人で向かう。そこでSOLテクノロジー社の開発する「ソルティス」を使い、自身のコピーを作り始めていたAiは、人々を襲った目的と内に秘めた想いを口にする。そして２人は世界の未来をかけた、最初で最後の闘いを始める…。

せめぎ合う２人の闘いが激化するなか、リボルバーはSoulburnerが抱える心の迷いに気付き失望する。その様子に激高したSoulburnerは、ロスト事件で受けた心の傷、不霊夢(フレイム)を失った悲しみ、全ての迷いを断ち切り右手に劫火(ごうか)を宿らせる！

Aiに関する情報が記されたデータを受け取ったSoulburnerの元に、リボルバーが現れる。彼は自身の手でイグニスとの因縁を終わらせるため、Aiのデータを奪おうとする。Aiの情報をかけて、これまでのデュエルでは決着を付けられなかったSoulburnerとリボルバーによる２度目の対決が始まる。

Soulburnerとのデュエルを通し、進化していくロボッピは、変幻自在(へんげんじざい)の戦術でSoulburnerを追い詰める。「機塊(きかい)」の軍勢による激しい攻撃を耐えしのぐSoulburnerも、負けじと反撃の一手に出る。互角の闘いが続く中、ロボッピにある異変が起こる。

Aiの居場所を突き止めるためにロボッピとデュエルする事となったSoulburnerは、人間と共に歩む道を探すようにロボッピを説得する。だが、不気味な笑みを浮かべるロボッピは、Aiを苦しめている原因は不霊夢(フレイム)を守れなかったSoulburnerにあると言い放つ…。

閉鎖されていたはずの「LINK VRAINS」が突然開放され、Den Cityの人々が一斉にログインを始める。一方で、SOLテクノロジー社を乗っ取ったAiの手がかりを探すため、「LINK VRAINS」内の調査を始めたSoulburner。そして彼は、見たことのない孤島を発見し、そこに築かれた家電の国でロボッピと遭遇する。

財前とブルーメイデンは、お互いの戦術を駆使してAiの布陣を突破するが、Aiは新たな切り札を呼び出して再び２人を追い詰めていく。激しさを増すAiの猛撃を受けてもあきらめずに立ち向かう兄妹の強い絆は、やがて新たなエースモンスターを呼び起こす力となる！

ネット空間で財前とブルーメイデンを発見したAiは、SOLテクノロジー社のシステムを掌握(しょうあく)するために、彼らへデュエルを挑む。Aiの猛攻に対して、互いを守り合いながらしのぐ財前とブルーメイデンは、それぞれの想いを一つにして反撃に出る！

自らの計画を遂行するためにPlaymakerの仲間たちを次々に襲撃するAiは、ついに財前が避難している場所を特定する。そんなAiの動きを察知したリボルバーは、財前を守るためAiの行く手にパンドールを出撃させる。