Playmakerは仲間たちの想いを一身に背負い、イグニスを取り込んだボーマンと対峙する。だが、その一方で「LINK VRAINS」に閉じ込められたアバターが次々に倒れる謎の現象が起こり始める。すると突然、ボーマンは強大な「Data storm(データ・ストーム)」を巻き起こし、驚愕(きょうがく)のリンクモンスターを召喚する！

草薙仁を人質に取り、リボルバーの動揺を誘うライトニング。だが、その行為に失望したボーマンはライトニングを制止する。作戦に失敗したライトニングは、満身創痍(まんしんそうい)のリボルバーに向けて、鴻上博士にまつわる衝撃の真実を明かす…。２人の壮絶なデュエルがついに決着!!

それぞれのイグニスと人類がたどる未来に関してのシミュレーションにより、ライトニングの結果だけが人類とイグニス共に破滅の未来になるという真実を告げるリボルバー。デュエルにおいても優位に立ち、新たな「ヴァレルロード」を呼び出す。決着を付けようとしたその時、ライトニングは非道な手段に出る。

ライトニングを自分のもとに来るように仕向けたリボルバーによって、ライトニングが犯した罪とボーマンを作り出した本当の理由が明かされる。今まで冷静だったライトニングは怒りを露わにし、デュエルを挑む!!

人知を超える力を手にし、「運」すらも自在に操ると豪語するボーマン。一方で、Soulburnerと不霊夢は熱い絆を武器に、「転生炎獣(サラマングレイト)」でボーマンを追い詰めていく。そんな中、突然不霊夢に異変が起きる・・・

草薙との闘いで意識を失ったPlaymakerを守るため、ボーマンとのデュエルを開始するSoulburner。ライトニングの非道なやり方に怒りを爆発させるSoulburnerに対し、ボーマンは不気味な笑みを浮かべながらSoulburnerに語りかける…。

Playmakerのデッキを知り尽くしている草薙翔一は、弟・仁を守るため、容赦なく攻撃を仕掛ける。一方で、相棒を相手に攻撃出来ずにいたPlaymakerのライフポイントは、残りわずかになってしまう。そんな中、突然草薙が過去に２人で交わした約束について話し出す。

突如Playmakerの前に敵として現れたのは、なんとこれまで苦楽を共にした仲間である草薙翔一だった。ライトニングに弟・仁を人質に取られたことで、闘わざるを得なくなった草薙翔一はPlaymakerにデュエルを挑む。親友とのデュエルに、Playmakerの心は揺れ動き・・・

これまでの闘いのデータを元に、より強力な戦術を身に着けたボーマンは、進化した「ハイドライブ」でブルーメイデンをまたたくまに追い詰める。だが彼女はあきらめることなく、ボーマンの前に立ち続ける。決して折れることのない信念を胸に、ブルーメイデンが取った戦術とは…!?

ブルーメイデンの前に、次世代のイグニスになることを目指すボーマンが立ちはだかる。アクアはボーマンの思想を拒絶し、ブルーメイデンは美優の意識を取り戻すために勝負を挑む。ハルを失ったにも関わらず、不気味なほど冷静なデュエルを続けるボーマンに対して、ブルーメイデンはアクアと共に臆することなく突き進む。

ウィンディの「嵐闘機(ストームライダー)」が次々に襲い掛かり、絶体絶命のピンチへと追いやられるSoulburner。だが、Soulburnerの胸中の炎は消えてはいなかった。ウィンディが自身のパートナーに手をかけた理由を知り、激高するSoulburnerは不霊夢と共に意外な行動に出る…。

復活したウィンディは、リボルバーとの決着をつける前に、ライトニングの作戦を遂行するためSoulburnerへと襲い掛かる。人間に対する憎しみが増幅したウィンディの激しい攻撃を前に、Soulburnerはどう立ち向かうのか!?

ライトニングの「裁きの矢」を逆手に取り、エクストラ・リンクを見事に打ち破り戦況を逆転させるスペクター。「聖天樹(サンアバロン)」で覆いつくされた戦場で、スペクターはハノイの騎士の目的であるイグニスのせん滅に向けて、ライトニングへと猛進する！