遊☆戯☆王ゼアルⅡ

Ⅳとの決闘で、CNo.（カオスナンバーズ）という新たなる闇の力を手にした凌牙。そんな凌牙の身を案じる遊馬だが、ついに２人の決戦の日が訪れた。しかし、遊馬の前に現れた凌牙はトロンの紋章の力に操られ、自らの手で復讐を終わらせるべく遊馬に猛攻をしかける！

大切なデッキを失くしたことに気付き、遊馬と仲間たちはデッキの在りかハートランドへの潜入を決行する。その時、ハルトの気配を感じたアストラルは遊馬とともに眠ったままのハルトの部屋へと向かう。しかし、そこに現われたのはカイトとハルトの父であり、ハートランドの創設者Dr.フェイカーだった！

決勝トーナメントも大詰め、デンジャラス・キャニオンのフィールドに降り立った遊馬とゴーシュ。自分のデュエル魂を呼び起こした遊馬のかっとビングに魅せられ、念願の戦いに闘志を燃やすゴーシュ。一方、遊馬は何としても次のステージに進むため守りを固めるのだった。そんな遊馬に失意を覚えたゴーシュは、遊馬の真のデュエル魂を取り戻すため、全身全霊のデュエルを仕掛ける！

全ては復讐のため…闘志に燃えたぎるⅣが痛恨のプレイングミス。フィールドに現われたトロンの幻影に追い詰められさらなる狂気に満ちていくⅣは新たなNo.「ディスティニー・レオ」を召喚する！オーバーレイ・ユニットが０となったとき、勝利を手にする圧倒的効果をもつモンスターを前に成すすべもない凌牙。その時、凌牙の心の中に突き刺さったあの「爪」がうずき始めるのだった。

遊馬たちが見守る中、ついに凌牙とⅣの闘いが始まった。互いにナンバーズを召喚し、それぞれの復讐に燃える2人のデュエルは、ターンを追うごとに激しさを増していく、しかし、Ⅳが繰り出したNo.「ヘブンズ・ストリングス」が驚異の猛攻撃を見せ、凌牙は大ダメージを受け、倒れてしまう…！
トロンの野望が渦巻くフィールドで、このまま凌牙の想いは断たれてしまうのか!?

圧倒的な能力を誇るダイソン・スフィアに対し、必死の攻防を続けるカイト。しかし、エースモンスター「銀河眼の光子竜」の攻撃さえ歯が立たず、更なる窮地に追い込まれる。遊馬、カイトそしてⅤ、それぞれの家族への想いが複雑に交差するこのデュエル、闘いの行方は未来へと進もうとする者が手にする運命のカードにかかっていた。

ドロワの想いを伝えようと、カイトのもとへ急ぐ遊馬。その頃カイトは、敵方であり、かつての師であるⅤとのデュエルを始める。早くもNo.9 ダイソン・スフィアを召喚するⅤ。しかし召喚したはずのダイソン・スフィアは姿を現さないばかりか、攻撃すら届かない。まだ見ぬ敵に苦戦するカイトに追い討ちをかけるかのように、ⅤはトロンとDr.フェイカー、そして一馬の過去を語り始める。

カイトの身を案じたドロワは、トロンをジャングルフィールドに誘い込み、8,000のLPでデュエルを挑む！ドロワが操る蝶デッキにはこの上なく好都合なこのフィールド効果は、トロンのLPを徐々に蝕んでいく。「カイトを守る」その誓いを胸に、攻め続けるドロワ。しかし、そんなドロワの気持ちをあざわらうかのように、静かにトロンの反撃が始まる…！

デュエル・コースターは次のステージで一騎打ちとなる相手を決める地下セクションへ。デュエリストたちは、それぞれの敵に狙いを定め、コースターのスピードを上げる。遊馬はこれからの闘いに備え、ギリギリまで削られたLPを取り戻そうと、罠ポイントで一か八かの賭けに出る！一方カイトは、弟ハルトを苦しめた憎き悪魔トロンのコースターを追うが、そこに思わぬ邪魔が入ってしまう。

「フォール・ガイズ」という謎の賞金稼ぎに襲われる遊馬。相手の３人の強力なチームワークは、容赦ない攻撃を遊馬に浴びせる。コースターをレーンチェンジさせ難を逃れようとするが、３人のフォーメーションに動きを固められ絶体絶命の大ピンチ！そんな遊馬を救ったのは、鉄道デッキを操る「アイツ」だった！

予選を勝ち抜いた最強デュエリストたちが、デュエル・コースターに乗り込む！次なる対戦相手はこのコースターの行方次第。遊馬も意気込み新たにスタートを切ろうとするが、肝心のハートピースを忘れてしまうというとんでもない凡ミスを犯してしまう。遅れをとり焦る遊馬だが、その背後には思わぬ刺客が迫っていた。

決勝トーナメントへの出場が決まり、絶好調の遊馬。そんな時、Mr.ハートランドが主催するパーティーの招待状が届く。小鳥たちと会場に乗り込んだ遊馬を待っていたのは、カイトや凌牙、そしてⅣ・Ⅴといったいずれ戦うであろう強敵たち。そしてついに悪魔の首謀・トロンが姿を現わす!!