2012年12月23日放送
ミザエルとのデュエルで身も心も傷ついた遊馬は、凌牙とともにケガの治療で入院していた。いつもの元気がない遊馬にイラ立つ凌牙。一方、アストラルも「バリアンズ・スフィア・キューブ」の影響によって傷つき、バリアンに対する脅威を感じていた。そんな時、「皇の鍵」が何者かに奪われてしまい!?
2012年12月16日放送
107番目のNo.を操るミザエルの猛攻に呆然とする遊馬とアストラル。このミザエルが召喚した「銀河眼」には、ホープすらも太刀打ちできず、もはや遊馬には成す術もなかった。もはや気力のみでデュエルを続ける遊馬の前に現れたのは、なんとカイトだった!!すると2人の「銀河眼」が共鳴し…!?
2012年12月9日放送
バリアンの強力な力を目の当たりにした遊馬は、アストラルを守ることへの不安を感じ始める。一方、目的の成果を出せないギラグたちに業を煮やしたバリアン世界のドルベは新たな使者「ミザエル」を送り込む。荒ぶるドラゴンを操り、圧倒的な力をもつミザエルが、遊馬に襲いかかる！
2012年11月25日放送
ナンバーズ倶楽部、最大の危機到来!!誰が「マスコットガール」になるかを巡り、メンバーみんなが大ゲンカ。困惑した遊馬は真月と解決策を考えるが、そこへ正体を隠したギラグが現れ、「スポーツデュエル大会」を提案する！ギラグの企みとは…？
2012年11月18日放送
バリアン世界の七皇に新たな動きが出ていた。なかなか成果を出せないギラグの前に現れたアリト。しかしこのアリト、人間界で出会った小鳥に恋をしてしまう。しかも良いタイミングでジャマに入る遊馬を「恋のライバル」として敵視し、デュエルを仕掛けてくるのだった！
2012年11月11日放送
凌牙の妹「璃緒」が学園復帰！途端に学園中の注目を浴び、各部は璃緒をマネージャーにと争奪戦を繰り広げる。そんな中、璃緒と遊馬たちは華道部を見学すると、バリアンに支配された部長の愛華が遊馬にデュエルを仕掛けてくるのだった…！
2012年11月4日放送
ハートランド学園で最も影が薄い漫画研究部、通称「漫研」。唯一の部員・有賀が遊馬をモデルに漫画を描きたいと申し出る。抜群に格好良いヒーローを想像した遊馬は大喜び！一方、まだ病状が回復しない妹を心配する凌牙に、妹がいなくなったとの知らせが入り…!?
2012年10月28日放送
なんと、遊馬がクラス委員長に！やる気まんまんの遊馬だが、「委員長」こと等々力は複雑な心境…。そんな等々力の前に憧れの生徒会長が現れ「特命風紀コマンダー」に任命する。風紀コマンダーは生徒たちの校則違反を厳しく取り締まり、学園中の生徒たちは大迷惑で…!?
2012年10月21日放送
遊馬のクラスに転校生がやってきた！その名は「真月零」。ＷＤＣで優勝した遊馬の大ファンだという。一方、学園ではみんなが憧れるプロデュエリスト・片桐の特別授業が行われていた。この特別授業を受けられずに悔しがる遊馬を見て、真月はサインをもらいに走り出す!!しかし、そんな真月を待っていたのは、バリアンに洗脳された片桐の「熱血指導」だった！
2012年10月14日放送
バリアン世界の切り札「RUM バリアンズ・フォース」を使い、カオス・エクシーズを召喚した風魔。
ホープの効果も封じられ、遊馬は絶対的なピンチに陥っていた。そんな時、バリアンからアストラルを守ろうとする遊馬の想いを知ったアストラルは、傷だらけになって闘う友のもとへと急ぐ！
2012年10月7日放送
遊馬とアストラルが優勝を手にしたWDCが幕を閉じ、平和が訪れたハートランド・シティ。しかしアストラル世界と敵対するバリアン世界の使者たちが最強の「切り札」を手に暗躍していた…！狙いはアストラルと、彼の記憶であるナンバーズ。カードの力で人々を洗脳し、遊馬たちに襲い掛かる！この危機に今までライバルとして闘ってきた遊馬、カイト、凌牙が再び手を取り立ち上がる!!