遊☆戯☆王ゼアルⅡ

ベクターの卑劣な罠により、身動きがとれなくなった遊馬とアストラル。何の疑いもなく信じてしまったことが、アストラルたちみんなを傷つける結果となり、悔しさが増すばかり…！そんな遊馬を、小鳥たちNo.倶楽部のメンバーは懸命に応援する。アストラルも遊馬の過ちを受け入れ、2人はゼアルへと姿を変え攻撃を仕掛けるが、ベクターの発した言葉でアストラルの様子が一変してしまう…!!

異次元飛行艇でサルガッソにやってきた遊馬たちを待っていた、ベクターたちバリアン。そしてベクターへの怒りが頂点に達した遊馬のデュエルが始まった。同時に、カイトvsミザエル、そして凌牙vsドルベとのデュエルも始まる！このサルガッソに仕組まれたフィールド魔法「異次元の古戦場」は、遊馬たちのLPをどんどん削っていく。身も心も傷つく遊馬に、ベクターは衝撃的な事実で更なる追い討ちをかける！

凶悪なバリアン・ベクターに、自分の身代わりとなってさらわれた真月にショックを受ける遊馬。消えたベクターから「マスター・キー・ビートル」のカードを受け取ったアストラルは、このカードから不思議な力を感じるのだった。そんな時、遊馬のもとへ駆けつけたカイトと凌牙はこの事件にバリアンが絡んでいることを知り、すぐにでもバリアン世界へ乗り込もうとするが、その方法が見つからないでいた。

真月からの緊急連絡に駆けつけた遊馬。なんと真月がバリアンとデュエルで闘っていた。勝負がつけられないまま身を引いたそのバリアンの名はベクター。真月たちバリアンズ・ガーディアンを長年悩ませていた凶悪バリアンだという。そんなバリアンの出現に身を引き締めるが、ついに遊馬とベクターがデュエルで対峙する！しかも、この2人は以前対決したことがあったというが…!?

プロデュエリストのラブラブ夫婦とタッグ・デュエルで戦う遊馬とアンナ。自分にデュエルを教えてくれた海美がデュエルをやめることに激怒するアンナと遊馬のペアは、華麗な連携を見せる羽原ペアにどんどん追い詰められていく。しかし、海美はバリアンの力に洗脳されていた…！操られるがままに、遊馬とアンナに猛攻を仕掛ける海美。その時、アンナが昔海美に教えてもらった大切な何かに気付くのだった。

今日はハートランド学園の文化祭！遊馬たちのクラスも「モンスターカフェ」で忙しく働いていた。モンスターに扮装して楽しんでいた小鳥とキャットちゃんの顔を曇らせたのは…遊馬に会いにやってきたあのお騒がせ娘・アンナだった！ちょうどその場に、真月が「カップル・デュエル大会」の知らせをもってやってくる。相手になるプロ・デュエリスト夫婦の名前を聞いたアンナは、遊馬とペアを組み強引に出場するが…。

登校中にケガをした鉄男に優しく手を差し伸べたのは、凌牙の妹・璃緒だった。恐れ多くも璃緒の優しさに恋してしまった鉄男。遊馬とナンバーズ倶楽部のメンバーは、鉄男の初恋に大騒ぎ！まずは兄である凌牙に認めてもらおうとデュエルを挑む鉄男だったが、あっさり断られてしまう。それを見ていた委員長＆徳之助の発言が誤解を生み、ついに凌牙と璃緒、史上最悪の兄妹ゲンカデュエルが始まるのだった!!

カイトに命じられ、バリアンの調査を続けるオービタル７。ひと息ついたその瞬間、運命の出会いが訪れる！相手はオボミ！しかし、オボミが遊馬の家でこき使われていると勘違いしたオービタルは、カイトに内緒で遊馬とのデュエルを決意する！愛しのオボミを悪から救うため、カイトに匹敵するデッキを手に、遊馬とアストラルに全力で挑むオービタル。その熱い恋心に、勝利の女神は微笑むのか!?

バリアンズ・ガーディアンという真月の正体を知った遊馬は、アストラルに秘密にしたまま２人でバリアンの調査を進める。一方、皇の鍵の中でバリアンに関わる記憶を探るアストラルの前に、あのブラック・ミストが現われる！「アストラルには悪が必要」だと言うブラック・ミストを受け入れないアストラルに近づく巨大な黒い影。その声の主は「汝を試す」と、アストラルにデュエルを挑んでくるのだった。

ギラグが使った「バリアンズ・スフィア・キューブ」の力で倒れたアストラル。遊馬は真月と２人、ギラグに挑む。しかしギラグの秘孔デッキの効果で、ホープまでもが内側からダメージを受け破壊されてしまう。そんな時、自分を信じ守ってくれた遊馬のため、真月が想像を絶する奇跡を起こす!!

遊馬とのデュエルを終えたアリトが何者かに襲われた！怒りのギラグは、その犯人が真月であると考え、残りの「バリアンズ・スフィア・キューブ」を手に、真月にデュエルを挑む。しかし、遊馬は仲間である真月を守るため、一人でギラグへのデュエルへと向うのだった！

遊馬とアリト、全力でデュエルを楽しもうとする２人。バリアンズ・スフィア・キューブの影響を受け、弱り始めていたアストラルだったが、遊馬と心をひとつにゼアルへと姿を変える！遊馬・アストラルの本気の姿に胸を打たれたアリトも本来のバリアンの姿となり、カオス・エクシーズを召喚する！

いつものように真月と登校する遊馬。そんな二人の前に、バリアンに洗脳された無数のデュエリストが襲い掛かる！真月を守りながら必死に応戦する遊馬だが、なんと真月まで洗脳されてしまう。そんな最大のピンチに、バリアンの使者アリトが現れる！彼の目的とはいったい…!?