ゲームが好きな内気な少年・武藤遊戯が、逆四角錐の千年パズルを完成させると、少年の中に「名もなきファラオ」としてのもう一人の人格が目覚める。 時を同じくし、エジプトではこれと似て非なる、もう一つのパズルが共鳴する。その形は正四角錐。そして邪悪な影が永い眠りから目覚めた。「我はアヌビス。ファラオを滅ぼし、ファラオを生むものなり」。

遊戯の持つ３枚の「神のカード」により遊戯のデュエルに敗れた海馬瀬人は、神を超え、再びデュエリストの頂点に立つことを誓う。
海馬は、デュエルモンスターズの創始者であるペガサスを尋ねて、封印された1枚の「神をも超えるカード」を賭けてデュエルをおこなう。だが、ペガサスとのデュエルに勝利した海馬の手には「神を超える」ための2枚のカードが…。

一方、遊戯は、美術館に展示された「光のピラミッドのオブジェ」の前で不思議なビジョンを見る〜「光と闇交わるとき、光の王、闇の神獣を滅し、闇の王を消しさらん。光満ちしとき、破壊の王、蘇らん」という言葉とともに、遊戯・海馬が倒れ、邪悪な影だけが生き残る、謎のビジョンだ。

そして、海馬が遊戯に挑戦を仕掛けてきた。条件は３枚の神のカードをデッキに入れること。
ビジョンの意味と運命を考える遊戯。〜闇の王はもう一人の遊戯を意味し、光の王は海馬を指すのだろう、では、破壊の王とは何者だ？
このデュエルに邪悪な力を感じる遊戯。
邪悪な者と対峙するには、海馬とデュエルして勝つことしかない。予言された未来を変えることを決意し、海馬とのデュエルに臨む遊戯は…。