第1話「初出動！　ファイヤーコンボイ」　（2000年4月5日(水)スタート）
	ミレニアムの祝典にわき立つニューヨーク。 突如デストロンガーの鉄腕大帝ギガトロンが現われた。 地球侵攻の手始めに大西博士ら世界の優秀な学者たちを誘拐しようと襲いかかるギガトロンに、一台の消防自動車が体当たり。 消防車はサイバトロン戦士ファイヤーコンボイにトランスフォーム！ ギガトロンに正義の闘いを挑む。

第2話「高速バトル！ゲルシャーク」　（2000年4月12日放送）
	世界各地でエネルギーの強奪をすすめるデストロンガーたち。 副官・ゲルシャークが目をつけたのは、首都を壊滅させるほどのエネルギーを持つ爆弾だった。 爆弾を追って首都高速に出現したゲルシャークをカーロボ３兄弟が迎え撃つ。 だが、戦いの途中で爆弾の時限スイッチが入ってしまった。 コンボイは首都の危機を救えるのか!?

第3話「合体せよ！新幹線ロボ」　（2000年4月19日放送）
	人類に恐怖を植えつけるべく、ゲルシャークが新たにねらいをつけたのは、リニアモーターカー・RFGの初運転式だった。 RFGが通過する鉄橋を爆破して大惨事を起こそうというのだ。 ファイヤーコンボイとカーロボ3兄弟が鉄橋で交戦する中、チーム新幹線に出動要請がかかる。 果たして、暴走するRFGを止めることはできるのか!?

第4話「忍者ロボ・スパイチェンジャー参上！」　（2000年4月26日放送）
	デストロンガーは、交通管制システムを狂わせて道路を渋滞させ、高性能エネルギータンクを運搬中のトレーラーを襲った。 渋滞で足場の狭い戦いに苦しむカーロボ3兄弟。 そこに現われたのは、サイバトロンの忍者部隊・スパイチェンジャーだった。 タンクを奪って逃走するデストロンガーを神出鬼没の機動力で追い詰める！

第5話「決死のジャンプ！マッハアラート」　（2000年5月3日放送）
	東京湾沖の海底遺跡調査に向かったアクアトール二世号がデストロンガーの攻撃を受けた。 沖に向けて限界まで伸ばしたサイバトロンロードをジャンプ台に、アクアトール二世号へ向かうファイヤーコンボイたち。 そこで待っていたのはゲルシャークだった。 得意の水中戦に持ち込まれたコンボイ！ 絶体絶命の大ピンチを救うのは誰だ？

第6話「ギガトロンの襲撃！」　（2000年5月10日放送）
	デストロンガーが新宿を襲撃した。 だがその目的がわからず不審に思うファイヤーコンボイ。 実はその裏でゲルシャークが、カッパドキアの遺跡に隠された古代の情報を探索に向かっていたのだ。 しかしゲルシャークは、スピードブレイカーとユウキが遺跡に入るところを目撃し動揺する。 暗闇からゲルシャークの魚雷が2人を襲う！

第7話「スピードブレイカーの危機！」　（2000年5月17日放送）
	深夜の首都高速を疾駆する赤いスポーツカー。 実はギガトロンの変装で、後を追いかけていたスピードブレイカーは罠にかかって捕まってしまう。 デストロンガーは、それを人質にファイヤーコンボイをおびき出す作戦に出た。 弟の不始末が引き起こした危機に責任を感じたワイルドライドとマッハアラートは救出作戦を敢行する。

第8話「謎の兵器！D5」　（2000年5月24日放送）
	大西博士が吉本博士に託していたディスクがデストロンガーに強奪された。 吉本博士は、恒例の定期運転を行うD51に乗るのを楽しみにしていて、ユウキも一緒に乗ることになっていた。 チーム新幹線は、2人を護衛するべくD51に併走する。 そこに次々と現われ、襲いかかるデストロンガー。 しかし目的は吉本博士ではなく……。

第9話「カウンターアローの裏切り？」　（2000年5月31日放送）
	強い結束力を誇るスパイチェンジャー。 しかし、カウンターアローがデストロンガーを逃したことで メンバーから強く責められ、チームを飛び出してしまった。 やりとりを盗聴していたデストロンガーは彼に近づき、仲間に引き入れる。 スパイチェンジャーをおびき出す作戦に荷担するカウンターアロー。 裏切りは本心からなのか？

第10話「爆走！インディーヒート!!」　（2000年6月7日放送）
	世界各地のレースに出没する謎のインディカー。 その正体は新たなサイバトロン戦士・インディヒートだった。 しかしインディは、レースと聞くと飛び入りせずにいられない困った性分。 おりしも開かれた大陸横断レースにも、抜群のダッシュ力でコースに踊り出た。 インディをめぐって敵味方入り混じってのバトルレースが始まる！

第11話「駐車違反だ！レッカーフック」　（2000年6月14日放送）
	マッハアラート以上の厳しさで違法駐車の取り締まりに精を出すレッカーフックに、デストロンガーが悪の心を持つようになるチップを取りつけた。 路上にいるサイバトロンを片っ端から捕まえてギガトロンに差し出す作戦だ。 ワイルドライドやジェイセブンまでもがレッカーに捕まるが、チップの故障で連れて行く場所が変わり……。

第12話「究極！大仏トランスフォーマー」　（2000年6月21日放送）
	大西ハカセの夢に、大仏と火を吹く竜のイメージが現われた。 新しいトランスフォーマーの出現と色めきたつギガトロンは、場所の特定を命ずる。 その頃、ユウキのマイクロチップの分析でも竜門石窟の映像が映し出されていた。 各地に出没するデストロンガーの目的に気づいたファイヤーコンボイは、敵の裏をかく作戦に出る。

第13話「ギガトロンの野望を暴け！」（総集編）　（2000年6月28日放送）
	「わが名はギガトロン！今日よりお前たちの神となり、この星に君臨する！」突如として地球に現れ、侵略作戦をくり返すギガトロンら悪のトランスフォーマーたち。 サイバトロン戦士たちは今までの戦いを振り返りながら、ギガトロンが大西博士を連れ去った訳や、地球を狙う本当の目的を推理する。 さらに、新たな敵の存在も明らかになる!?

第14話「敵？味方？ブラックコンボイ！」　（2000年7月5日放送）
	エンジェルマウンテンの地中に眠るサイバトロンの宇宙船にはスキャン前のトランスフォーマーを収めたカプセルが入っていた。 ギガトロンがスキャンを行い、悪の心を送り込むと、生まれたトランスフォーマーはデストロンガーに加わっていく。 そんな中でタンクローリーとその暴走を止めようとしたファイヤーコンボイが同時にスキャンされてしまった。 生まれたブラックコンボイは敵か？味方か!?

第15話「5体合体バルディガス」　（2000年7月12日放送）
	コンバトロンは世界各地のダムを破壊してまわっていた。 今度の標的は世界有数の娯楽シティ上流の巨大ダム。 駆けつけたカーロボ3兄弟はコンバトロンに襲われ、ダムの底に叩き落されてしまう。 応援に来たチーム新幹線にもコンバトロンは合体で応じ、ほんろうする。 ファイヤーコンボイの奮闘空しく、ダムは破壊されてしまった。 そのとき、ダムの水流から出てきたものは……。

第16話「対決！ふたりのコンボイ」　（2000年7月19日放送）
	南海の火山島にデストロンガーが現われたという知らせを受けて急行するファイヤーコンボイとスパイチェンジャー。 ファイヤーコンボイはブラックコンボイの妨害の中、かろうじてブリザードストームで溶岩を冷却する。 それを見ていたゲルシャークは、この機会に2人のコンボイを亡き者にしようと、溶岩に攻撃を向ける。 再び活動を始めた溶岩を止めようとするサイバトロンの奮闘は実るのか!?

第17話「宇宙から狙え！シャトラー！！」　（2000年7月26日放送）
	スペースシャトルと入れ替わり宇宙に打ちあがったシャトラー。 宇宙からサイバトロン基地のありかを探ろうと、町中のサイバトロンにねらいをつける。 しかしどのサイバトロンも基地には向かわない。 新たな標的のスピードブレイカーもあちこちと移動を続けるばかり。 シャトラーの存在に気づいたファイヤーコンボイは一計を案じる。 指令を受けてスピードブレイカーの向かった岬には何があるのか!?

第18話「正義に目覚めよ！ブラックコンボイ」　（2000年8月2日放送）
	攻撃中のゲルシャークが背後からブラックコンボイの攻撃を受けた。 真意をはかりかねるファイヤーコンボイに、おりしもコンバトロンからの通信が入る。 デストロンガーを離れ、サイバトロンにつきたいというのだ。 彼らを信じたいファイヤーコンボイと、疑いの捨てきれないカーロボ三兄弟。 正義の心を証明しようと、ゲルシャークに攻撃を向けたコンバトロンだが……。

第19話「秘密作戦！ゲルシャーク」　（2000年8月9日放送）
	コンバトロンの活躍でデストロンガー・ナンバー2の座が危ういゲルシャーク。 コンバトロンの作戦を邪魔することにしたがうまくいかない。 作戦の計画をサイバトロンにもらしてもみるが、計画が直前に変更になり、ゲルシャークは大いに面目を失う。 最後の手はコンバトロンの先回りをして戦果を上げることだ、と意気込んで攻撃をしかける。 だが、そこにはすでにギガトロンがいて……。

第20話「熱血戦士！ビルドマスター」　（2000年8月16日放送）
	南極へスクランブルしたカーロボ3兄弟が大きな地下空洞に落ちてしまった。 そこは建設車ロボ、ビルドマスターがマントルトンネルを工事していたところだった。 ファイヤーコンボイに頼んで、初出動を果たしたビルドマスターだが、初陣の功をあせったリーダーのビルドボーイがゲルシャークの人質になってしまう。 ビルドマスターは引き換えにサイバトロンネットの地図を渡そうと言うが……。

第21話「四体合体！ビルドキング」　（2000年8月23日放送）
	サイバトロンの機動力の大きな後ろ盾、サイバトロンネット。 コンバットロンはそこに目をつけ、端末コンピューターの基盤をすりかえて目的地にたどり着けないようにした。 サイバトロンネットとビルドマスターに不信の目が向けられている隙を狙って、ギガトロンが北方のエネルギー研究所を急襲する。 氷上での戦いで苦戦するカーロボたち。ビルドマスターの奥の手とは……。

第22話「正義の味方?ゲルシャーク」　（2000年8月30日放送）
	テレビに映って目立とうと言うこんたんでモニュメントタワーを襲ったゲルシャークたち。 展望台にユウキたちがいると知ると、今度は人質をとってサイバトロンにおどしをかけようとする。 しかし、取り引きのためにはタワーが倒壊しないように支えていなければならない。 タワーを支えるために動けないゲルシャークたちをしりめにブラックコンボイがオーパーツを強奪しようとする。

第23話「狙われたビルドマスター」　（2000年9月6日放送）
	工事現場の建設車を破壊して、ビルドマスターへの挑発を繰り返すコンバットロン。 一連の事件を隠し続けていたファイヤーコンボイだが、ことに気づいたビルドマスターは、サイバトロンネットを自分の手で混乱させ、コンバットロンに一対一の戦いを挑む。 しかし、戦いに熟達しているコンバットロンにはかなわない。 地下に逃れたビルドキングも追い詰められ、絶体絶命！

第24話「登場！ゴッドマグナス」　（2000年9月13日放送）
	戦闘中のカーロボたちの前に、サイバトロンマークをつけたカートレーラーが現われた。 報告を受けたファイヤーコンボイはふと思い当たり、1人駆けつける。 コンバットロンたちと交戦していたのはゴッドマグナスだった。 しかしゴッドマグナスはファイヤーコンボイにも攻撃を向ける。 彼が狙っていたものはファイヤーコンボイのエネルゴンマトリクスだった！

第25話「強制合体！ゴッドファイヤーコンボイ」　（2000年9月20日放送）
	ゴッドマグナスの攻撃とコンバットロンの追い討ちで深手の傷をおったファイヤーコンボイ。 さらに治療中のところにデストロンガーの総攻撃がかかる。 窮地の中差し伸べられたゴッドマグナスの救いの手。 しかしそれはゴッドファイヤーコンボイへの強制合体を導くものだった。 ゴッドマグナスは意識を乗っ取ることでエネルゴンマトリクスを手に入れようとしたのだが……。

第26話「集結せよ！新戦士たち」(総集編)　（2000年9月27日放送）

第27話「絶対絶命！カーロボ3兄弟」　（2000年9月27日放送）
	ゴッドマグナスを仲間に引き入れようと接触を図るゲルシャーク。 誘いに乗ったフリをするゴッドマグナスだが、尾行していたカーロボ3兄弟が捕まり、ファイヤーコンボイがおびき出されるのを知ると、責任を感じてカーロボ3兄弟を救出し、ファイヤーコンボイの援軍に向かわせる。 コンバットロン相手に苦戦におちいるカーロボ3兄弟。 それを見ていたゴッドマグナスの胸から緑の光が……！

第28話「発動！ダブルマトリクス」　（2000年10月11日放送）
	手を組もうと言うブラックコンボイの申し出も断ったゴッドマグナス。 戦闘に助太刀するカーロボ3兄弟だが、パワーアップは長時間保つものではなかった。 消耗したパワーをお互いにかばおうと逆に戦況を不利にしてしまう。 援軍に来たファイヤーコンボイも孤立。 ゴッドマグナスはファイヤーコンボイの正義の心に鼻白みながらも、カーロボ3兄弟のためと言って合体に手を貸す。

第29話「浮上！サイバトロンシティ」　（2000年10月18日放送）
	大西博士のチップを解析して、新都心の地下深くに眠る遺跡の存在を知ったサイバトロン。 デストロンガー側も、博士の夢から同じ情報を掴んでいた。 遺跡の発する幻に苦しめられつつも、地下大空洞に到達し、遺跡を巡る戦闘に入る両陣営。 そんな中、ブラックコンボイは遺跡に近づこうとして緑色の光に拒絶されるが、その脳裏には過去の記憶が蘇る！

第30話「JRX対バルディガス」　（2000年10月25日放送）
	近い席は地球のガイアエネルギーを守るシステムとして設置されたものであった。 ブラックコンボイは、それを発動させ宇宙征服のために使おうともくろみ、地下大空洞へ向かう。 しかし、近い席はビルドマスターによって移設されていた。 ゲルシャークも遺跡の謎を解明しようと大西博士を秘密裏に連れ出すが、ばったりユウキに出くわして……。

第31話「ゲルシャークの罠」　（2000年11月1日放送）
	世界各地の遺跡に隠されたオーパーツの探索を急ぐカーロボたち。 ゲルシャークは、ニセのオーパーツをサイバトロンに掴ませようとするが、手際が悪く、本物ばかりを回収されてしまう。 ついに業を煮やしたギガトロンが出撃、ビルドボーイを人質にして、サイバトロン側に全部集まったオーパーツとの交換をファイヤーコンボイに迫る！

第32話「最後の鍵？　さよならアイ」　（2000年11月8日放送）
	オーパーツが結んだ光球の中に、アイが入り込み、解析を始める。 光球が示す砂漠の遺跡に向かうサイバトロン。 地下ピラミッドに眠るジュラの地球儀は、光球と融合して地下遺跡の起動に必要なヘッドオンシステムの存在を伝えるものだった。 地球儀をめぐるゴッドファイヤーコンボイとギガトロンの死闘はギガトロンの敗北に終わったと見えたが……。

第33話「奪われたプラズマ」　（2000年11月15日放送）
	ヘッドオンシステムの頭部となるプラズマがデストロンガーに奪われた。 プラズマの覚醒に呼応して、隠していた地下遺跡の場所も突きとめられてしまった。 復活したデビルギガトロンのもと、攻勢に転じたデストロンガーは、ついにヘッドオンシステムの起動に成功する。 しかし、巨大な戦士ブレイブマキシマスの破壊的な攻撃は無差別に向けられ……。

第34話「ブレイブマキシマスの謎」　（2000年11月22日放送）
	ブラックコンボイは、スキャン時に取り込んだ人間の心を自分の中から呼び出し、ブレイブマキシマスの操縦に成功した。 サイバトロンとデビルギガトロンの双方に牙を向け、宇宙征服の野望をあらわにするブラックコンボイ。 ところが、サイバトロンネットで集められた世界中の子どもたちがブレイブマキシマスに必死の呼びかけを行うと……。

第35話「ゲルシャークの憂鬱（ゆううつ）」　（2000年11月29日放送）
	総集編です。

第36話「ブラックコンボイの野望」　（2000年12月6日放送）
	ヘッドオンシステムの起動の謎を解明すべくユウキを誘拐しようとたくらむブラックコンボイだが、失敗に終わる。 ところが、ゲルシャークが間違えて誘拐してしまったケンタの真剣な呼びかけに応じ、ブレイブマキシマスは起動してしまう。 子どもの心こそが起動のカギとにらんだブラックコンボイは、ブレイブマキシマスを横取り、デビルギガトロンの目の前で反旗をひるがえす！

第37話「ブレイブマキシマス起動！」　（2000年12月13日放送）
	悪の心をふたたび植えつけられたコンバットロンは、改めてデストロンガーの配下につき、サイバトロン基地に通じる地下駐車場近辺を爆撃する。 プラズマとともに基地を出て、決戦場に向かうファイヤーコンボイ。決戦場となった湖畔には、デストロンガー要塞が現れ、サイバトロンを圧倒する。 しかし、勝利をあきらめないビルドボーイの熱い心がプラズマを再び発動させた……！

第38話「逆襲！デビルギガトロン」　（2000年12月20日放送）
	倒されたかに見えたデビルギガトロンガ、ブレイブマキシマスのエネルギーを吸い取って復活した。 コウモリ型の小さなメカ・ナノバットを世界中の子どもたちに取りつけ、人質にとってしまう。 サイバトロンネットに撤退したサイバトロンたちを追撃するデストロンガー。 地下で爆発するマグマとともにサイバトロンを一気に葬り去ろうとするデビルザウラーだが……。