日本のとある街に住む能天気な１１才・玉賀必人（タマガヒット）。
能天気な明るさだけがとりえで、不幸を絵に描いたような少年であった。

二人暮しをしていたビーダマンの研究者である父は数ヶ月前に家を出て行ったきり帰って来ず、親戚の家の敷地内の掘っ立て小屋での貧乏暮らし中。せっかくの１１才の誕生日も誰も祝ってくれなかった・・・。同じ敷地に住むいとこのナナを除いては。

そんな必人のもとに失踪中の父親から誕生日プレゼントが届く。
「やっぱり父ちゃんは覚えてくれていたんだ！」
プレゼントの中身は“クラッシュビーダマン”。必人がとても欲しかったものだった。

クラッシュビーダマンを組み立て終えた必人はそれを持って街の“ビーパーク（ビーダマンの対戦場。ゲームセンターのような場所）”に行く。ひょんなことから受けたバトルが彼の運命の扉を開けたのだった。

父親からのプレゼントに添えられたメッセージ、「逆境を打ち破れ！」。
その言葉を胸に刻み、必人は次々に襲いかかる困難を父親からもらったビーダマンを駆使して乗り越えていく！

仲間やライバルとの出会い。
ビーダマンの謎。
少しずつ姿をあらわしていく闇の組織。
父の失踪の謎とは！？

目の前に立ちはだかるさまざまな障害を文字通り“打ち破り”ながら必人は成長をしていく！