荒野で、街を捨てた住人達と再会したシュウは、人々から乃亜とイエラがハーディアンの巣に向かったと聞かされて動揺する。一方、ハーディアンの巣に連れ込まれていたイエラは、そこに無数の休眠状態のハーディアンが存在していることを知る･･･！
その時、突如、太陽が欠け始め、日食が始まる。周囲が暗くなったため、繭の姿で休止していたハーディアン達が活動を再開し、シュウ、そして人々を襲い始める。その戦いの中、シュウは変わらぬ正義の心で立ち向かうかつての同僚に出会う！

　目覚めると、そこはN.I.D.Fの訓練施設。冬音、亜久里、狼騎、樹、七生ら同じＮＥＳ隊に所属する同僚達の変わらない友情に囲まれ、今日も訓練に励むシュウ。ただ、最近由乃は研究に忙しく、なかなかデートの時間も取れないのがちょっと残念。施設には見習い扱いで乃亜、イエラも厨房に入っていた。――あれ、何か変だよな。オレは確か･･･。
　ひょんな事で、シュウが手に入れたペンダントのパーツ。それがN.I.D.Fのメンバーを混乱のるつぼに陥れる･･･！　果たしてここは？　そしてこれは現実？！

廃墟の街での巨大ハーディアンとの戦闘。敵の圧倒的な力に防戦一方のシュウたち。しかし、戦闘の最中、ハーディアンはいきなり苦しみだし、地中へと逃げ出す。突然の状況が理解できないシュウ達。そこに、巨大なスピーカーを搭載した車両が現れた。シュウ達を救ったのは、世界崩壊から生き延びた科学者達が作りだした、対ハーディアン音波装置、通称“アフラーシステム”だった。かつて“竜宮城”と呼ばれていたN.I.D.Fの海底基地を拠点に、人類が秘密裏に進めていた対ハーディアン戦の切り札である。人類反撃の希望に胸踊る乃亜とイエラ。
開発者の一人に、研究を手伝て欲しいと依頼される乃亜。果たして、乃亜が選んだ決断とは･･･！？

科学者達が開発した対ハーディアン用音波兵器“アフラーシステム”は成果を発揮し、反撃に向けて量産の準備を整えつつあった。一方、シュウは燻司令を追って、しもべ達と共に旅を続けていた。その最中、シュウに響く救けを求める叫び･･･。新たな戦いの幕が上がる！　　　
その頃、イエラ達が守る音波兵器の工場に、ハーディアンの攻撃が開始された･･･！すぐさまアフラーシステムを起動するが、巨大なハーディアンを簡単には倒せない。激しい戦闘の中、イエラと乃亜に無数のベルゼブ達が襲いかかる！　さらに炎の中から別な敵が･･･！？

音波兵器を手にした後も、執拗にハーディアンの攻撃は続いていた。アフラーシステムの量産ラインを確立しようと、廃工場に立てこもる乃亜とイエラ達。襲い来るハーディアンとベルゼブの襲撃から、必死に工場を守る２人！
一方、先の戦いで傷ついた樹もまた、燻司令を探して旅を続けていた。その彼女を追って、別の新たなるハーディアンの影が…！
そしてシュウもまた、しもべ達を連れて燻司令を追っていた。決戦の刻は近づく･･･。

アフラーシステムの大型化を可能にするデータの受信に成功したイエラたちは、反攻作戦のため人類の最終拠点「竜宮城」を目指す。しかしその途中、近くの港からのＳＯＳ信号をキャッチし、その発信源へと向かうのであった。一方由乃を救おうとする七生は、迫るハーディアン達の攻撃をかわし、治療手段を求めてバイオ関連施設を目指す！そしてシュウは玲と対峙していた。

玲の激しい攻撃を受け、満身創痍となったシュウとヴァルダ達。玲が逃げ去る前に残した言葉の真相を確かめるため、再びしもべ達を携えて旅立つシュウ。その途中、シュウは、ハーディアンと戦闘を繰り広げる樹に出会う。その頃、レジスタンスグループと別れた乃亜とイエラは、地下の巨大施設で２つの人影を見る。その人影こそ、乃亜が探し求めていた人だった！

人類とハーディアンの総力戦の日、伝承者となり、最愛の人を思い続け、復讐を誓ったシュウ。
同じ日、裏返り最愛の人を偽りながら守り続けていたシュウ。親友だったはずの二人のシュウの思いがすれ違い激突する。二人の激突の衝撃は床を崩し、その場にいた由乃達を巻き込んでしまう。
他の人たちとハグレてしまう乃亜達。そこでイエラの過去が明らかになる。

信じたくはない出来事を目の当たりにし、その場を後にした乃亜達は由乃を治療するために竜宮城を目指す。港湾施設で竜宮城に連絡を取ろうとするが、竜宮城にはつながらず、レジスタンスグループの船が港に激突する。
激突した船に生存者は存在せず、ベルゼブの大群に占拠されていた。船から出てきたベルゼブの大群が乃亜達に襲い掛かる！

竜宮城とサラディン号はベルゼブの大群に襲われる。七生は、巨大ハーディアンとの戦闘で深手を負い、樹達は船内に侵入してしたベルゼブの大群に対処しようとするが、船内と海上に大量に発生しているベルゼブに逃げ場を奪われ、絶体絶命の状況に陥る。一方、竜宮城に向かう途中に流されてしまった乃亜は京香に救われ、そこで京香から、人類を裏切った理由を聞かされる･･･！

死を覚悟した樹達の前に、封じられていたはずのシュウが降り立つ。シュウは由乃の元にいくため、海底に向かう。そこで見たものは竜宮城とレジスタンス艦隊を襲っている巨大ハーディアンと、捕われている瀕死の七生だった･･･。人類の存亡をかけたハーディアンとの最後の戦いが幕を開ける！

激戦が終わった。しかし、そこには哀羽シュウの姿はなかった。光に包まれたシュウは、見た事もない場所にいた。そこに現れたのは4人目のしもべだった。そしてシュウは、死者の書の、真の目的を知らされる！？

シュウが姿を消した後も、人々は希望を捨てず、その命をかけて最後のハーディアンに立ち向かっていた！伝承者の宿命と力を受けたネクロダイバー・シュウ。数々の仲間達との出会いと戦い…。その果てに待つ運命とは？そして、人類の存亡は？！人の、星々の、全ての、“命”の声がシュウを呼ぶ。今こそ世界は真の覚醒の刻を迎える…！