シュトロハイムの屋敷で顔を合わせる女将とシロー。知られざる兜家の過去がシュトロハイムによって暴かれていく。過去に芽生えたその因縁はDｒ.ヘルの介入によって想像を越えた新たなる憎しみの連鎖となり、渦巻いていく。衝撃の連続に絶句するシロー。そのさなか、あしゅら男爵が軍団を引き連れて屋敷に姿を見せる。

女将の前に、10年前の過去が怨霊のようによみがえる。過去の妄執に囚われる、女将やあしゅら達。憎しみが交錯する中、シュトロハイムが人生を賭けたドナウα１が始動する。マジンガーＺの前に立ちはだかるドナウα１。ローレライが悲しみを知った時、シローの心を震わせる悲しい戦いが始まる。

過去の真相に動揺を隠せない甲児とシローは「くろがね屋」を出て光子力研究所に住まいを移す。Ｄｒ.ヘルは侵略の手を緩めない。マジンガーＺは機械獣バルガＭ４とガルダＣ３を撃退するが、解析のために持ち帰ったガルダＣ３の残骸の中にはミケーネの遺物科学である新たな刺客が隠されていた。恐るべき刺客がマジンガーＺに襲いかかる！！

「全てを滅ぼす！」ケドラは光子力研究所だけに留まらず、仕掛けたＤｒ.ヘルにも猛威をふるい、さらには古代ミケーネの軍神が復活し、牙を剥く。Ｄｒ.ヘルはケドラを根絶すべく甲児に協力を申し出る。あしゅら男爵に案内され、「時の扉」をくぐるマジンガーＺ。そこは正しく神話時代の地球だった。甲児の見たミケーネの最後とは！？

甲児とあしゅら男爵、「くろがね屋」の面々は古代ミケーネの民や神々を目にする。そして、裏切り者のゼウスを討たんとし、行動を開始するゴーゴン大公。古代ミケーネの戦いの渦中へと導かれたマジンガーＺはゼウスと邂逅する。古代ミケーネで一体何が起こったのか！？また一つ、明らかになる衝撃の過去！！

ひと時の安らぎを取り戻したかに見えた「くろがね屋」。その夜、女将のつばさはあるものを見る。その日以来、悪霊にでもとりつかれたかのように死相を浮かべる女将。ピグマン子爵の呪法が兜家の秘密を再び解き明かそうとしていた。果たして女将が見たものとは！？一方、甲児とボスはある人物を救出した。

すべては"ゼウスの腕"から始まった。そこに出現したのは亡霊でも幻でもなく、現実に存在するエネルガーＺだった。Dr.ヘル、十蔵、つばさ、剣造、そして剣 鉄也の因縁が暴かれる時、マジンガーＺとエネルガーＺの死闘が始まる。同じ能力を持つ、二つの"Ｚ"。兜 甲児に勝機はあるのか！？

因縁を断ち切るかのようにエネルガーＺに戦いを挑む甲児。苛烈さを増す戦いの中、祖父・十蔵の残した秘密兵器が女将の叫びで空を舞う！だが、ブロッケン伯爵はエネルガーＺによる恐ろしい計画を企てていた！！熱海を、人々を守れるのか！？マジンガーＺ！！

度重なるＤｒ.ヘルの猛攻の残した傷跡はあまりに大きかった。くろがね屋の面々はこの後迎えるであろう、Ｄｒ.ヘルとの最終決戦に向けて準備に余念がない。それはボス、ヌケ、ムチャも同様であった。一方、ミケーネの時代より様々な死線をくぐりぬけてきた、あしゅら男爵もまた･･･。

味方のロボット軍団もマジンガー軍団としてパワーアップ。さやかの新しいロボット・ビューナスＡも完成！そして遂にDr.ヘルからの最終決戦への宣戦布告がなされる！その口火は、マジンガーＺとの一対一の決闘だった！！果たしてその相手とは！？

Dr.ヘル軍団による総攻撃がはじまり、総力戦と化していく。ピグマン子爵VS.光子力研究所。ブロッケン伯爵VS.マジンガー軍団。あしゅら兵士VS.くろがね屋。一方、多数の機械獣たちに囲まれたマジンガーＺは、苦戦を強いられながらも戦っていた。しかし、そこには甲児のやりきれぬ思いが響いていた･･･！！

女将と十蔵、弓教授による「バードス島攻略作戦」の真の内容が明らかになる！爆炎に包まれる光子力研究所。十蔵と共にマジンガーの元へ飛んでいくゴッドスクランダーとマジンガーＺが合体した時、新たな力が生まれる･･･！！そして弓の前に現れた謎の男。ミケーネ、バードス、光子力。人が創り出した、神にも悪魔にも劣らぬ力が今ぶつかり合う！！

遂にその姿を現すDr.ヘルの最後の機械獣。光子力の全てを奪わんと迫り来るその圧倒的なパワーの前に、マジンガー軍団は歯が立たない。愛する者を、ミケーネの全てを奪われたと、あしゅら男爵の悲痛な慟哭が響き渡り、事態は思わぬ方向へと進んでいく。驚愕のＺ編！混沌渦巻く運命に、甲児は、マジンガーはどう立ち向かうのか！？