ドクター・オクトパスがフューリーにナノ・ロボットを仕掛けて彼を支配し脱出。事件を知ったノバは若いヒーローたちとドクター・オクトパスを追跡、スパイダーマンはアベンジャーズのヒーロー、アントマンの力を借りることに。アントマンがピム・パーティクルズという物質を使えば体をアリの大きさに出来るため、体内に入りナノ・ロボットを倒そうと計画していた。ただし物質の効き目は30分。30分以内に任務を完了し、脱出しなければ命が危ない！

トライキャリア内に拘束されているライノは、自分が元の姿に戻ることはないと知り、怒りに震える。スパイダーマンとエージェント・ヴェノムは、ライノをなだめようとするが、ライノはエージェント・ヴェノムの正体がフラッシュと知り、怒り爆発。３人はトライキャリアの壁を突き破りニューヨークの街へ落下する。フューリーがシールドの全隊員にライノの捕獲命令を出そうとする間にも、ライノの怒りはおさまらず街を破壊し続けた。

若きヒーローはトリスケリオンのシールド・アカデミーで新たな訓練を開始。そんな中、アイアン・スパイダーは奇妙な信号を受け、資料室にある古いテレビに辿り着く。スイッチを入れない方がいいとスパイダーマンが注意するが、ブラウン管には顔が現れ「助けて欲しい」と訴える。この時、アイアン・スパイダーが不用意にアンテナを渡したことから、悪の組織「ヒドラ」のメンバー、アーニム・ゾラが復活。強大なパワーと戦うことに！

異次元を飛び回ったグリーン・ゴブリンが自分の世界に戻る。スパイダーマンは彼を止めることが出来ず、ゴブリンは集めたＤＮＡを取り込み強力なパワーを身につけてしまう…。この時、スパイダーマンは、エレクトロを使って異次元のスパイダーマンたちを呼び寄せていた。一方で、エレクトロはシージ・ペリルスから抜け出し、廃棄されたヘリキャリアで巨大ロボットを組み立てる。それを使ってニューヨークを吹き飛ばそうとしていた。

今回、中世ヨーロッパの村へ。スパイダーマンはすぐ魔女に間違えられて捕まるが、騎士の鎧を身に付けたスパイダー・ナイトに助けられる。そこへ現れたグリーン・ゴブリン。スパイダーマンはスパイダー・ナイトを守りきれず、ＤＮＡは奪われてしまう。続いて、現代のニューヨークに見える異次元の世界へ。スパイダーマンはグリーン・ゴブリンがその世界のスパイダーマン（マイルス・モラレス）のＤＮＡを狙っている現場に遭遇する。

スパイダーマンはグリーン・ゴブリンを追いモノクロの世界へ。この世界のスパイダーマン「スパイダーマン・ノワール」も加勢し、グリーン・ゴブリンをハドソン川へ落とす。スパイダーマンはスパイダーマン・ノワールを守ろうとするが、一向に受け入れてくれない。彼はずっと心を閉ざしていた。次にスパイダーマンが行き着いたのは漫画の世界。自分を冷たくあしらったブタが、この世界のスパイダーマン「スパイダー・ハム」だった。

スパイダーマンが追っていたゴブリンは「異次元に行き、さまざまなスパイダーマンの血液を採取する」と宣言し出発。スパイダーマンも巻き込まれて異次元へ。２０９９年の未来。戦いの末、ゴブリンに未来のスパイダーマンの血液を採られてしまう。次は現代のニューヨーク。ゴブリンはスパイダーガールの隙を突き、血液を採取して去って行った。一方、アルティメット・ノーマはゴブリンから薬を受け取り、強力なパワーを手に入れる。

ノバは、かつて宇宙のヒーローたちと共に戦っていたのに今のままでいいのか悩んでいた。そこにガーディアンズ・オブ・ギャラクシーの宇宙船が激突。話を聞くと、ノバのヘルメットを狙うタイタスを阻止しようとして船をやられ、オムニウム・ジェネレーターが壊れかけているという。それを入手すべく、ノバたちがトライキャリアに潜入。追って来たタイタスに「お前はヘルメットのわずかなパワーを使っているに過ぎない」と言われ…。

シールドのヒーローたちとニューウォーリアーズが合同訓練を開始する。その直後、一同の前にタスクマスターたちが現れる。彼はあっと言う間にトライキャリアを混乱に陥れる。また古株のヒーローたちはクロークによって別の場所に移されてしまう。こうしてスパイダーマンは、経験の浅いニューウォーリアーズを率いて戦うことになる。だが戦いはタスクマスターのペースで進み、最も厳重に警備されていた一角が解放されてしまう。

スパイダーマンはニューウォーリアーズのメンバーをスカウトするため、ウルヴァリンと共に南極の奥地「サベッジランド」へ向かう。今回スカウトするのは、サベッジランドのジャングルに住むと言われている謎のヒーロー「ケーザー」。ウルヴァリンの嗅覚のお陰で、ケーザーは程なく見つかるが、スパイダーマンたちはいきなり彼の攻撃を受ける。ケーザーの話しによると、よそ者が二人やって来て、彼の兄弟を連れて行ったらしい。