決勝トーナメント第３戦、マリクの中に潜んでいた残虐な人格と孔雀舞が戦う。遊戯や城之内らは舞を応援しようとするが、意地を張る舞は本心とは裏腹に応援を断ってしまう。するとマリクは、舞が本当は最も恐れている「孤独」をかけた闇のゲームに舞を引きずり込む。

城之内とマリクに扮するリシドの戦いは続く。マリクに命じられ、リシドは聖獣セルケトとライフポイント半分を生け贄に、「ラーの翼神竜」を召還。しかし、リシドの「ラーの翼神竜」はコピーカードだった。このためリシドと城之内は神の怒りの雷に打たれ倒れる。先に立ち上がって勝利したのは城之内だった。そのとき、マリクのなかのもうひとつの人格が目覚める。

一度はリシドを追い詰めた城之内だったが、リシドが召還したモンスター「聖獣セルケト」に自分のモンスターを食べられてしまい、なすすべがない。デュエルが進むにつれセルケトはさらに城之内のモンスターを喰らって攻撃力を吸収、強力になっていく。城之内は負けを覚悟しながらも、ライフがゼロになるまで諦めずに闘うことを宣言。そしてリシドの正々堂々とした闘いぶりから、リシドがマリクでないことを直感する。

城之内とマリクに扮するリシドの戦いは続く。リシドのデッキにはトラップモンスター「アポピスの化身」が隠されていた。城之内は「スケープゴート」を伏せカードにして攻撃を受けきろうとするが、逆にリシドのカウンター攻撃にあい、ライフポイントがわずか２００ポイントになってしまう。弱気になった城之内は、降参寸前にまで追い込まれるが、舞と静香に励まされ、再び戦う勇気を取り戻し…。

バトルシティ決勝トーナメント第２戦は、抽選により城之内とマリクを名乗るリシドの対戦。リシドをマリクだと信じている城之内は、自分を洗脳した憎きマリクを倒すと意気込む。リシドは徹底的にモンスターを出さず、トラップカードでワナを張る戦術に出る。対する城之内は、リシドがトラップカードを出し切った時　「ハリケーン」のカードでフィールドからカードを一掃し、モンスターで総攻撃をかける作戦を考えるが…。

バトルシティ決勝トーナメントで遊戯に敗れ、獏良は昏睡状態に。一方、遊戯の前にはシャーディが現れ、神のカードの呪われた歴史を語る。エジプトの古代遺跡をもとに３枚のカードを作ったが、制作に携わった人間には次々と不幸がおきていた。強引に神のカードを完成させたペガサスも、結局、墓守の一族に返したという…。

Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！さらに怨霊がさまよう暗黒聖域では遊戯に打つ手はない。遊戯に残された唯一の手は、神のカード・オシリスの天空竜を引き当てること。しかも卑怯なことに、マリクは獏良の命を盾に遊戯を脅迫する。

高度千メートルを飛ぶバトルシップ上部での天空デュエル。闇獏良のフィールド魔法・暗黒聖域の効果で、遊戯のモンスターは怨霊に憑依され遊戯自身のライフポイントが削られていく。さらに獏良はウィジャ盤を召喚。Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！

バトルシティ決勝の会場、童実野市上空を飛ぶバトルシップ。いよいよ始まる決勝トーナメントの１回戦の対戦は、獏良と遊戯だった！決勝は高度千メートルを飛ぶバトルシップ上部での天空デュエル、外部にむき出しのリングで行なわれる。そこで闇の獏良の正体を指摘する遊戯に対し、獏良もついに千年リングに宿る闇の住人の人格であることを認める！

バトルシティ決勝トーナメントへ向け童実野スタジアムに予選通過者が集まり始める。海馬瀬人、遊戯、城之内、孔雀舞、ナムに変装したマリク、マリクと裏で取引をしている獏良、そしてマリクと名乗るリシドの７名が現れた。前回、遊戯を倒せなかったマリクは打倒遊戯を誓い、一方の遊戯は、失われた王の時の記憶を取り戻そうとしていた。そして７人の前に、決勝の舞台、飛行船「バトルシップ」が現れる。