バトルシティ決勝トーナメントの会場に向かう遊戯、城之内、舞たちの前に、リムジンが止まった。中から出てきたのは舞を迎えに来たという、ハリウッド・スターのジョン・クロード・マグナム。かつて舞とデュエルをしたマグナムは、舞の強さに惚れこみ、舞から「デュエルに勝ったら結婚してあげる」という約束を取り付けていたという。マグナムの挑戦を受ける舞だったが…。

バトル・シティ決勝トーナメント進出を決めた遊戯。デュエルで遊戯を葬れなかったマリクも決勝トーナメントへ向かう。一方、遊戯を仕留めることができたら千年ロッドをもらう約束をしていた獏良も、マリクから「自力で決勝に来い」といわれ、重傷の身でありながら病院を抜け出す。決勝進出を勝ち取るため闘う獏良は、かつてのバンデッド・キースの手下、佐竹・骨塚・高井戸と出会い…。

遊戯と、マリクに洗脳された城之内とのデスマッチは終盤を迎えていた。マリクは、ライフポイントが残り少なくなった遊戯にとどめを刺すよう城之内に命じる。しかし、遊戯の努力で次第に洗脳から目覚め始めた城之内は、もうマリクの言いなりにはならなかった。そして残り時間は１分。マリクは「デス・メテオ」のカードで遊戯を殺そうとする。その瞬間、城之内は「死ぬな、遊戯！」と叫び、完全に洗脳から覚めるのだった。

城之内がこれまでずっと共に闘ってきた「レッドアイズブラックドラゴン」を召還した遊戯。その結果、城之内への洗脳が少しずつ解け始める。マリクの命令に抗い、真紅眼の黒竜へ攻撃しない城之内。一方、本田と静香もグールズに追われ、御伽、舞と合流して、童実野埠頭にやってくる。

闇遊戯と、マリクに洗脳された城之内との生死をかけたデュエルは続く。城之内のデッキは、マリクにより禁止カードが入れられていた。闇遊戯に替わり、表の遊戯が前面に立ち、城之内との友情のカード「真紅眼の黒竜（レッドアイズブラックドラゴン）」を召喚。さらに自分が敗れた時のため、千年パズルをも城之内に託す。

童実野埠頭ではマリクに洗脳された城之内が待ち構えていた。しかも、遊戯と城之内には足かせがつけられ、足かせには巨大なイカリが繋がっている。勝負が決まればイカリが海に落下、勝者だけ助かるという。さらに杏子まで洗脳され、命の危険にさらされてしまう。確実にどちらかが海に引きずり込まれる非情のデュエルに遊戯は…。

仮面のレアハンターコンビを倒した遊戯と海馬。杏子に助けられたモクバとヘリコプターで、マリクの手に落ちた城之内のいる童実野埠頭へと向かう。そこで遊戯はマリクが千年アイテム保持者で、その目的は遊戯の抹殺であることを明かす。しかし海馬は、非科学的だ、と信じようとしない。遊戯は、実は今の自分は遊戯の中にいるもうひとつの魂なのだ、という話を語り始める…。

結束して闘うことに納得した海馬。彼は遊戯に切り札を使わせるため、ブルーアイズをオトリに使う。そして遊戯のマグネット・バルキリオンの合体で、優位に立つ。だが、光の仮面・闇の仮面のダッグは恐れていない。相手の策を察知した遊戯は、ブルーアイズの復讐にはやる海馬に言う。冷静に勝機を見極めろ、と。一方、モクバは無事に脱出したが、杏子たちは捕らえられたまま。そして本田と静香も童実野町へ。

グールズの光の仮面、闇の仮面のタッグを相手にした遊戯と海馬。タッグデュエルで勝利するためには、結束の力が必要だ！遊戯と海馬はコンボでブルーアイズの召喚に成功！しかもブルーアイズの力を上回る仮面魔獣を、墓地に置いた装備カードの力を加えて倒してしまう。しかし光の仮面は、仮面カードコンボで再び優位に立つ。相手の連携を乱すため、遊戯と海馬が結束することはできるのか？

タッグを組んで立ちはだかるグールズの刺客、光の仮面と闇の仮面。しかし海馬はあくまで「遊戯の力はいらない」と、ひとりで倒そうとする。遊戯は光の仮面の出した呪魂の仮面カードによりターンごとにライフを削られるピンチに！さらに敵は、いけにえ封じのカードで、上級モンスターの召喚をできなくしてしまうのだ！次々と手を封じられ、海馬に直接攻撃が襲う！