サトシ、ヒカリ、タケシの一行は、クロガネシティに向かう途中の山で、ケガをしたコノハナとジョーイさんに遭遇した。人間を恐れるコノハナは、ジョーイさんを威嚇する。タケシはポケモンブリーダーとしての経験を活かし、コノハナの警戒を解いてケガの手当をしてやる。そしてタケシは忙しいジョーイさんに代わり、このコノハナを住みかの巨木まで連れていくことにするのだが、何者かによってコノハナと自分のウソハチを連れ去られてしまう。

クロガネシティに向かう道中の森でサトシとムックルは、シンオウ地方最初のジム戦に挑戦するべく特訓にはげんでいた。そこで偶然出会ったのは、森の鳥ポケモンたちの観察や管理をしているユカリという女性。彼女の勧めで、とりポケモンの観察に挑戦するサトシ一行だったが、どうも様子がおかしい。ユカリによれば最近、森のとりポケモンの数が急に減っているため、原因を調査中だという。一行はその調査を手伝うことにするが、そこには思いも寄らぬ事態が待ち受けていた。

ポケモンコンテスト・コトブキ大会にしゅつじょうしたヒカリとサトシは、ぶじに１次審査（１じしんさ）をかちぬき、２次審査のコンテストバトルにかちすすんだ。「このままかちすすんで、クロガネジムのバッジもゲットしてみせる」とじしんまんまんのサトシだったが、それを聞いていた少女・ノゾミは、「ジムをめざすならコンテストに出ないでほしい」と言ってきて･･･。

コトブキシティで、はじめてポケモンコンテストにさんかすることにしたヒカリ。コンテスト用のドレスにきがえて、すっかりまいあがるが、だいじなアクセサリーをおとしてしまい、早くもこの先がふあんになってしまう。そのあと、コンテストにむけてサトシとピカチュウをあいてにとっくんをするヒカリとポッチャマだったが、それを見ていたエイパムがとつぜんとびこんできて、みごとなワザを見せ･･･。

サトシたちは、シンオウ地方（ちほう）でいちばんの大都会（だいとかい）、コトブキシティにたどりついた。ざっしを手にしてになにかをさがしはじめるヒカリ。どうやら、いまはやっている「ポケッチ」というなまえのべんりな時計（とけい）が、どうしてもほしいらしい。「ぜったいゲットしなくちゃ！」といきごむヒカリ。しかし、とつぜんポケッチが発売中止（はつばいちゅうし）になったと聞かされ、おちこむのだった。そのとき、目の前にやさしいピエロがあらわれて･･･。

サトシたちのたびの朝はあわただしくはじまる。ヒカリは「ねぐせがなおらない」とさわぎ、サトシはいたずらもののエイパムにとられたぼうしをとりもどそうとドタバタ。そんな中、ピカチュウがいきおいよく道に出たところ、ジュンサーさんの白バイとはち合わせ！あわや交通事故（こうつうじこ）というタイミングに、だれかがとび出して、ピカチュウをたすけてくれた。すごいジャンプを見せたその人のしょうたいは!?

ロケット団のニャースがコンビニから出てくると、入口のよこにふてくされたかおをしてすわっているきみょうなポケモンがいた。いっしゅん目があったニャースは、あやしいものをかんじて早くそこからはなれようとする。しかしそのポケモンは、かったるそうにニャースのあとをずっとついてくるのであった。ぶきみに思ったニャースは、スタスタとにげ出すが･･･。このナゾのポケモンのしょうたいは？

ポケモンコンテストちょうせんをめざすヒカリは、ポッチャマととっくんするが、なかなかうまくいかない。そこでポッチャマは、サトシやヒカリにかくれて、ひとりでトレーニングをはじめる。ところが、やっぱりしっぱいばかり。そんなポッチャマの目の前に、キズついたゴルダックをせおったヌオー、ウパー、ニョロモがあらわれた。ゴルダックはわるいポケモンに木の実をうばわれ、そのときにケガをしたらしい。それを知ったポッチャマは、「ボクにまかせて！」と言いはじめるが･･･。

あたらしいなかまのナエトルをゲットし、たびをつづけるサトシたちの前に、かつてバトルをした少年、シンジがふたたびあらわれた。彼はサトシとおなじくクロガネジムへのちょうせんをめざしていて、今はジム戦にむけて戦力（せんりょく）をふやしているのだという。そして、サトシはナエトルで、シンジはヒコザルでバトルをすることになる。ところが、その勝負のさいちゅうにロケット団がおそいかかってきたため、サトシたちははなればなれになってしまうが･･･。

コトブキタウンにむかうとちゅう、ロケット団の気球（ききゅう）につれさられてしまったピカチュウ。サトシは、ムックルのおかげで気球をおとすことにせいこうするが、おちたさきはとおいみずうみのほうがくだった。みずうみへむかって走るサトシたち。
いっぽうピカチュウは、おちた気球から野生（やせい）のナエトルにたすけられていた。ガッツにあふれるナエトルは、ピカチュウをかばってロケット団をおいはらうが、なんと、あとからかけつけたサトシまで敵（てき）だと思いこんでしまい･･･。

いっしょにたびをはじめたものの、なかなか息（いき）が合わないサトシとヒカリ。野生（やせい）のミミロルをゲットしようとはりきるヒカリに、サトシがあれこれと口出ししたため、２人はケンカになってしまう。そこへあらわれたのは「つぼみポケモン」スボミーをつれたポケモン吟遊詩人（ぎんゆうしじん）、ナオシだった。サトシに自分の力をみとめさせたいヒカリは、ナオシにポケモンバトルをもうしこむが･･･。

ヒカリはシンオウ地方にすむ10才の女の子。今日は新人ポケモントレーナーとして、ぼうけんのたびに出る日だ。まずはさいしょのポケモンをもらうために、となり町のポケモン研究所（けんきゅうじょ）をめざしてしゅっぱつしたヒカリだったが、道にまよってしまう。ちょうどそのころ、研究所では新人用ポケモンのナエトル、ヒコザル、ポッチャマがケンカをはじめて大さわぎ！さらにポケモンたちは、研究所からにげだしてしまい･･････。